אגף השיקום שבמשרד הביטחון (להלן - האגף) מופקד, בין היתר, על הטיפול במשפחות שכולות של מערכת הביטחון, ובמי שהפכו לנכים בתקופת שירותם ועקב שירותם בצה"ל, במשטרת ישראל, בשירות בתי הסוהר, במשמר הכנסת, או בכל שירות אחר, ששר הביטחון הכריז עליו ברשומות כעל שירות צבאי. ייעודו של האגף הוא, בין השאר, לפעול לסיוע ולשיקום בני המשפחות השכולות, באמצעות מתן שירותים (סוציאליים וכלכליים) ותגמולים; ולהחזיר את הנכה לכושר תפקוד מיטבי בחברה, באמצעות מתן שירותים (רפואיים, סוציאליים וכלכליים) ותגמולים. בשנת 2003 הסתכם תקציב האגף בכ-3.4 מיליארד ש"ח.
בחודשים אפריל עד דצמבר 2003 ערך משרד מבקר המדינה ביקורת באגף, שבחנה היבטים הקשורים לפעולתה של הוועדה להענקת זכויות לפנים משורת הדין בנושאים פרטניים (ועדת למ"ד), והסדרים כלליים למתן זכויות לפנים משורת הדין. נערכה גם ביקורת מעקב אחר תיקון הליקויים שהועלו בדוח 51א (להלן - הדוח הקודם). כמו כן, נבדק תהליך היישום של החלטת מנכ"ל משרד הביטחון לאמץ המלצות שהוצגו בדוח של בודק, שמינה מנכ"ל משרד הביטחון (להלן - דוח ורדי). הדוח, שפורסם מאוחר יותר, בחן את האגף בהיבטים של תפיסת הארגון והתפעול, ובכלל זה את דרכי הפעולה הנהוגות בו.
להלן עיקרי הליקויים שעלו בביקורת:
א. בדיונים שהתקיימו במשרד הביטחון ובמשרד המשפטים בשנת 2002, הועלו ספקות באשר לחוקיות פעילותה של ועדת למ"ד, הפועלת למעלה מ-20 שנה ללא מקור בדין, ומעניקה הטבות גם לכאלה שעל פי החקיקה הרלוונטית אינם זכאים לכך. בספטמבר 2002 קבע המשנה ליועץ המשפטי לממשלה דאז, כי שאלת חוקיות ועדת למ"ד תיבחן, אולם עד יוני 2004, שאלה זו טרם הוכרעה.
ב. עד נובמבר 2003 פעלה ועדת למ"ד ללא כללים כתובים.
ג. כפי שעלה בדוח 51א של מבקר המדינה, נמצא גם בביקורת הנוכחית, כי לא חל כל שינוי בנושא המעקב והבקרה על הניהול התקציבי של החלטות ועדת למ"ד, ועדיין לא קיימים מעקב ובקרה בנושא זה: למשרד הביטחון אין מידע בנוגע למשמעות התקציבית הרב-שנתית של החלטות הוועדה; ההחלטות של ועדת למ"ד המתבטאותבסכומים כספיים, נרשמות בחלק מהמקרים בסכום כולל, ללא הפרדה בין הסכום לו זכאי התובע על פי דין לבין הסכום הניתן לו לפנים משורת הדין.
ד. משך שנים נקבעו גם על ידי שרי ביטחון הטבות לקבוצות אוכלוסייה, שלא נכנסו לשערי הזכאות של החקיקה הרלוונטית; שאלת תוקפם של ההסדרים שנקבעו, טרם הוכרעה.
ה. הביקורת הקודמת העלתה, כי בניגוד לעיקרון הנהוג במשרד הביטחון, אין למעשה באגף השיקום הפרדה בין "גוף דורש" לבין "גוף רוכש". שלוש שנים לאחר הדוח הקודם, הפרדה זו מתבצעת רק בחלק קטן מהנושאים.
ו. כשנתיים לאחר שמנכ"ל משרד הביטחון אישר את המלצות דוח ורדי, טרם הסתיים הטיפול ביותר ממחצית ההמלצות, לרבות המשמעותיות שבהן, שנועדו לטיפול בשלב הראשון, וטרם החל הטיפול ביתר ההמלצות.