לשם הקמת מסוף חדש בנמל התעופה בן-גוריון (להלן - מסוף 3) הכינה רשות שדות התעופה (להלן - הרשות) תכניות מתאר ארציות (להלן - תמ"א) והתחייבה לשפות מי שייפגעו מהתכניות. התכניות אושרו בידי הממשלה. ההתחייבויות עוגנו בכתבי שיפוי שנתנה הרשות ל-22 ועדות מקומיות לתכנון ולבנייה. הרשות הסתמכה, בין היתר, על "רשת ביטחון" שהבטיח לה ביוני 1994 שר האוצר דאז, אשר הודיע לרשות שאם לא תוכל לעמוד בתשלום פיצויים שיידרשו מהמקורות שיעמדו לרשותה באותה העת, הוא יפעל להגדיל את מקורותיה הכספיים. בשנים 1999-2000 הוגשו נגד הרשות כ-6,000 תביעות לפיצוי, בסך של כ-5 מיליארד ש"ח במחירים שוטפים, על ידי גורמים שלטענתם נפגעו מהתכניות.
ביוני 1994 התחייב מנכ"ל הרשות דאז כלפי המדינה בשם הרשות, כי הרשות תשפה אותה, את המועצה הארצית לתכנון ולבנייה ואת הוועדות המחוזיות לתכנון ולבנייה, אם ייתבעו על ידי גורמים שייפגעו מהתכנית. רק בינואר 1995 דנה מועצת הרשות בכתב השיפוי לראשונה ואישרה אותו, וזאת בטרם נעשתה הערכת הסיכונים ואומדן הסכומים שהיא עשויה להיות מחויבת לשלם לגורמים שייפגעו מהתכנית.
התחייבות המדינה, שניתנה בנוסח שאפשר לפרשו פרשנויות שונות, לא עוגנה בהסכם כתוב ולא קיבלה את ביטויה בתקציב המדינה.
ברשות לא עשו עבודת מטה להערכת סיכונים ולאומדן היקף התביעות הצפויות עקב אישור התמ"א לפני שקיבלו עליהם את ההתחייבויות לשיפוי. רק ביולי 1996, כשנתיים לאחר התחייבותו של מנכ"ל הרשות כלפי המדינה, הוגש למועצה הארצית לתכנון ולבנייה סקר כללי ובו הוצגו הערכות הסיכונים ואומדן סכומי הפגיעות וסכומי ההשבחות במקרקעין הגובלים עם נתב"ג כתוצאה מהתמ"א.
ביוני 1995 אישרה הממשלה את הצעת תקציב ההשקעה במסוף 3, בסך 1,680 מיליון ש"ח במחירי דצמבר 1994, אולם בהצעת התקציב לא הוזכרו העלויות העקיפות הצפויות עקב אישור התמ"א, ולא הוזכרה התחייבותו של שר האוצר בדבר "פריסת רשת ביטחון" לרשות.
בספטמבר 1997 חתמו מנכ"ל הרשות דאז וחשב הרשות על כתבי שיפוי שהיו שונים מההתחייבות שאישרה מועצת הרשות בינואר 1995 וחשפו את הרשות לתביעות נוספות.
רק בשנת 2002 החליט משרד התחבורה כי יש לגבש תכנית אסטרטגית לאומית בעניין תביעות שהוגשו בגין התמ"א ולהיערך להתמודדות עם התביעות על הפגיעה במקרקעין עקב הקמת מסוף 3. מאז ועד סוף 2004 לא גיבשו משרד התחבורה ומשרד האוצר תכנית שכזו.