עד שנת 1988 הייתה רכבת ישראל (להלן - הרכבת) יחידת סמך במשרד התחבורה (להלן - המשרד). בשנת 1988 צורפה הרכבת לרשות הנמלים (להלן - הרשות). ביולי 2002 החליטה הממשלה להעביר את פעילות הרכבת מהרשות לחברה ממשלתית שתוקם, ובדצמבר אותה שנה אישרה הכנסת את חוק רשות הנמלים והרכבות (תיקון מס' 11) , התשס"ג-2002 (להלן - התיקון), בדבר הפרדתה של הרכבת מהרשות והפיכתה לחברה ממשלתית. ביולי 2003 החלה הרכבת לפעול כחברה ממשלתית עצמאית (להלן - חברת הרכבת).
בהחלטת הממשלה מיולי 2002 הוטל על שר התחבורה ועל שר האוצר לעשות תיקוני חקיקה בפקודת מסילות הברזל [נוסח חדש], התשל"ב-1972 (להלן - פקודת מסילות הברזל), שיסדירו בין היתר את מתן הרישיונות לפעילות הרכבת, את הפיקוח על הענף ואת חלוקת הסמכויות בין הגופים האחראים. עד מועד סיום הביקורת, אוגוסט 2004, לא קידמו משרדי האוצר והתחבורה את תיקון פקודת מסילות הברזל. הרישוי להפעלת רכבות, הרישוי לעובדי רכבת וקביעת כללי בטיחות בענף נעשים בידי חברת הרכבת, ולמעשה אין גורם מחוץ לרכבת האוכף סמכויות של בקרה ופיקוח בענף. לדעת משרד מבקר המדינה, אין זה ראוי שהמשרד ישאיר זמן כה רב את חלוקת הסמכויות בעניינים אלה ללא הסדרה ואת הפיקוח בידי הרכבת עצמה.
שר התחבורה מינה את המפקח על התעבורה ל"מנהל" כהגדרתו בפקודת מסילות הברזל, לעניין מסילת ברזל של מי שאינו הרשות, ואולם מנכ"ל הרכבת הוא ה"מנהל" בפועל לעניין מסילת הברזל של חברת הרכבת למרות שלא הוענקו לו סמכויות מנהל על פי דין.
העברת נכסי מקרקעין ומיטלטלין של הרכבת מהרשות לחברת הרכבת עשויה להיחשב "מכירה" החייבת במס לפי סעיף 88 לפקודת מס הכנסה [נוסח חדש], התשכ"א-1961. ואולם הרשות לא פנתה לשר האוצר לברר עניין חבותה במס, ובמידת הצורך קביעת הסדרים או פטורים ממס בכל הנוגע להעברת הנכסים. ב-31.12.02 הסתכם שווי הנכסים שהועברו לחברת הרכבת ב-5.7 מיליארד ש"ח, מהם 2.7 מיליארד ש"ח השקעות הרשות ו-3 מיליארד ש"ח השקעות המדינה. במאזן החברה הוצגה מול נכסים אלה קרן הון, וצוין כי החברה תקצה למדינה מניות כנגד סכום זה. ואולם עד מועד סיום הביקורת לא הוקצו המניות.
דמי הנסיעה ברכבת נקבעים במסגרת תקנות מסילות הברזל, (דמי נסיעה), התשנ"ז-1997. בהחלטת ממשלה מיולי 2002 נקבע, כי יוטל פיקוח על תעריפי הרכבת לפי חוק פיקוח על מחירי מצרכים ושירותים, התשנ"ו-1996 (להלן - חוק הפיקוח). על פי חוק הפיקוח ניתן להחיל את החוק באמצעות צו של שרי האוצר והתחבורה, אולם הדבר לא נעשה. בהחלטת ממשלה מספטמבר 2004 נקבע שיוכנסו שינויים בחקיקה כך, שייקבע בהם כי תעריפי הרכבת יפוקחו על פי חוק הפיקוח.
באפריל 2004 חתמו הממשלה וחברת הרכבת על הסכמי עקרונות לפיתוח רב-שנתי של הרכבת ולסבסוד פעילותה השוטפת. בהסכם עקרונות הפיתוח נקבעה המסגרת הכספית שתקצה הממשלה לפיתוח הרכבת ולסבסוד ההון המושקע בה. נקבע, שסכום ההשקעה בפיתוח יהיה 20 מיליארד ש"ח, שימומנו כדלקמן: 11.1 מיליארד ש"ח מהמדינה כנגד הון מניות של החברה; 2.4 מיליארד ש"ח כהלוואת בעלים מהמדינה; 6.5 מיליארד ש"ח הלוואות שתיטול החברה מגורמים שונים. כמו כן התחייבה הממשלה לשלם לחברה סובסידיה הונית של עד 10.5 מיליארד ש"ח הכוללים החזרי קרן, ריבית נורמטיבית ופחת על ההלוואות בסך 6.5 מיליארד ש"ח. נמצא, שלחלק מהפרויקטים שנכללו בתכנית הפיתוח לא נעשתה בדיקת כדאיות כלכלית, ולא נקבע סדר קדימויות לביצועם ולשילובם במערך הרכבות על פי כדאיותם או על פי שיקולים אחרים. כמו כן לא נמצאו מסמכים שמהם ניתן ללמוד כיצד נקבעה הסובסידיה ההונית.
בתכנית הפיתוח המקורית לא נכלל הקו לאילת. ואולם בהסכם עקרונות הפיתוח צוין, כי הקמת הקו לאילת תמומן מכספים שיצטברו לזכות חברת הרכבת בעקבות החזרים או פטורים ממסים, אם יהיו, ומעודפי כספים שייוותרו מפרויקטים אחרים. הביקורת העלתה, כי לא נבדקה הכדאיות הכלכלית של הפרויקט.
בהסכם העקרונות בעניין המקרקעין קיבלה הרכבת זכויות חכירה בשטח אחיד של כ-1,500 מ"ר בכל אחת מתחנותיה (חוץ מבשלוש תחנות גדולות, שבהן קיבלה 3,000 מ"ר ושתיים נוספות שיוסכם עליהן בעתיד) לשם מתן שירותים נלווים. לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי שלפני חתימת הסכם מפורט תינתן הדעת לצורכי כל תחנה והשטח הנדרש לכך בהתבסס על סקר צרכים שמסקנותיו יובאו לידי ביטוי, בין היתר, בתכנית העסקית של חברת הרכבת.
התכנית לפיתוח הרכבת לא נבחנה כלל מההיבט התחבורתי-כלכלי כדי להתאים את פיתוח הרכבת לביקושים ולהשתלבות עם מערכות התחבורה האחרות, כנדרש בנוהל שהוציא משרד האוצר בשנת 1994 לבדיקת כדאיותם של פרוייקטים בתחום התחבורה (נוהל פר"ת).
באוגוסט 2004, מועד סיום הביקורת, טרם נחתם הסכם מפורט בין הממשלה לבין חברת הרכבת בעניין סבסוד פעילותה השוטפת של החברה. בהסכם העקרונות שנחתם בעניין זה נקבע, בין היתר, כמדד התייעלות, מדד התפוסה של הרכבות אשר יחושב על ידי חלוקת מספר הנוסעים בשנה נתונה במספר הקילומטרים שנסעו הרכבות באותה שנה. ואולם מדד זה אינו מביא בחשבון בין היתר את מספר הקרונות שנסעו אותו מרחק, ומכאן שהוא אינו יכול ללמד על התפוסה האמיתית של הרכבות.
משנת 1989 שבה נחתם הסכם בדבר מעבר עובדי הרכבת לרשות, לא הגיעו המדינה והרשות להסכם בדבר בחירת קרן הפנסיה שבה יבוטחו העובדים ותנאי הצטרפותם אליה, ולפי שעה מופרשים בעבורם כספים לקרן הפנסיה "נתיב" בלא שהמדינה חתמה עם הקרן על הסכם. לפי מסמכי הרכבת, בשל פער בין שכר העובדים שהיו עובדי מדינה לבין שכרם כעובדי רשות, נוצר מצב בו סך ההפרשות לקרן נמוך מסך התשלומים המגיעים לעובדים שפרשו ויגיעו לעובדים שטרם פרשו. לפי חישובי הרכבת הסתכם החוב האקטוארי בינואר 2003 ב-270 מיליון ש"ח. עד מועד סיום הביקורת לא פעלו המדינה והרשות להביא להסדרת פערי התשלומים האמורים.