האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים (להלן - האקדמיה) הוקמה בשנת 1961, על פי חוק האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, התשכ"א-1961 (להלן - חוק האקדמיה). החוק הגדיר את מטרותיה ואת תפקידיה, ובהם ריכוז טובי אישי המדע תושבי ישראל, טיפוח וקידום של פעילות מדעית וייעוץ לממשלה. מנוסח חוק האקדמיה ומדברי ההסבר להצעת החוק עולה שתכלית החקיקה הייתה להקים גוף שלא יהיה תלוי ברשות המבצעת ובדרג הפוליטי, שיהיה מנותק משיקולים פוליטיים ומשיקולים אחרים, שיעמוד לגמרי ברשות עצמו ויהיה לו מעמד משפטי עצמאי, מבוצר ומובטח.
אחד הסימנים לעצמאות ולאי-תלות של האקדמיה הוא שהיא בוחרת בעצמה את חבריה. נמצא, כי הפרוטוקולים של הישיבות שהמועמדים נדונו בהן אינם משקפים את העמדות שהביעו משתתפי הדיון בכל הנוגע לבחירת המועמדים או לדחייתם; אין התאמה בין הרכב חברי האקדמיה ובין התפלגות חברי הסגל הבכיר באוניברסיטאות השונות, ובולט במיוחד היעדרם של חברי סגל מאוניברסיטת בן-גוריון ומאוניברסיטת בר-אילן; אין באקדמיה ביטוי הולם לייצוג הנשים, בניגוד למתחייב מחוק שיווי זכויות האשה, התשי"א-1951.
האקדמיה לא התקינה נהלים שיסדירו את יחסי הגומלין בין המוסדות המנהלים שלה - האסיפה הכללית והמועצה המנהלת את ענייניה השוטפים - ובין שתי החטיבות שהיא מורכבת מהן ו-23 ועדות המשנה הפועלות בה, ולא עיגנה את תהליכי קבלת ההחלטות בנהלים או בהסדר קבע. חובותיהם של החברים לא הוגדרו ולכן לא מופק המרב מכישוריהם ומיכולותיהם להגשמת מטרותיה ולמילוי תפקידיה של האקדמיה.
רוב פעולות האקדמיה שתכליתן טיפוח וקידום של פעילות מדעית לא הוסדרו ולא עוגנו בתקנונים, הוראות או נהלים: בשנת 1997 הוקם ביוזמת האקדמיה ובהשתתפותה הפורום לתשתיות לאומיות למחקר ולפיתוח. הפורום נועד לתמוך בהקמת תשתיות למחקר ולפיתוח באמצעות איגום המשאבים של הגופים המרכיבים אותו, הנמנים עם הגופים העיקריים העוסקים במחקר ובפיתוח בישראל. אף על פי שחשיבותו של הפורום לקידום פעולות המדינה בתחום התשתיות למחקר ולפיתוח גדולה, הוא פועל מאז הקמתו באופן וולונטרי ופעילותו לא הוסדרה במסגרת מסודרת ומחייבת.
בחוק לא הוגדרה בבירור מהות הייעוץ שאמורה האקדמיה לתת לממשלה, ועד היום לא מוסדו קשרי הגומלין בין השתיים. הממשלה לא קבעה תהליך ונוהלי עבודה למתן הייעוץ בידי האקדמיה, והייעוץ שנתנה לה האקדמיה בנושאים בעלי חשיבות לאומית היה מועט מאוד. הממשלה לא עשתה אפוא שימוש יעיל במשאב חשוב העומד לרשותה, דהיינו המדענים הבכירים של המדינה.
משנת 1999 ואילך ממונה שר המדע והטכנולוגיה על ביצוע חוק האקדמיה. אף על פי שיש למשרד המדע ולאקדמיה תחומי פעילות קשורים ואפילו חופפים, לא קבעו השר ומשרדו והאקדמיה נוהלי עבודה מחייבים, שיבטיחו קיומו של שיתוף פעולה תוך שמירה על עצמאותה ואי-תלותה של האקדמיה. יתר על כן, חילוקי דעות לא מעטים שהתגלעו ביניהם פגעו בשיתוף הפעולה שלהם ועיכבו את התקדמותם של תהליכים שונים. בינואר 2004 מינה שר המדע והטכנולוגיה דאז, מר אליעזר זנדברג, ועדה שתבחן בין היתר את פעילותה ואת סמכויותיה של האקדמיה ותגיש דוח עד יוני 2005, אולם למנהלי האקדמיה נודע על הוועדה רק מהעיתונים.
מאז שנת 1958 פועלת המועצה להשכלה גבוהה (להלן - מל"ג). מל"ג היא המוסד הממלכתי לענייני השכלה גבוהה, ויש לה, על פי דין, תפקיד משיק לתפקידי האקדמיה. יחסי הגומלין, שיתוף הפעולה וקשרי העבודה בין מל"ג ובין האקדמיה לא הוסדרו בחוקים, בתקנונים, בכללים או בנוהלי עבודה מחייבים. היחסים הלא סדירים ביניהן פוגעים בפעולות ובתחומים המשותפים לשתיהן ועלולים להחליש את התפקוד ואת המעמד של כל אחת מהן.
בחוק המועצה הלאומית למחקר ולפיתוח אזרחי, התשס"ג-2002, נקבע שתקום מועצה לאומית למחקר ולפיתוח אזרחי, והיא תייעץ לממשלה בתחומים הקשורים למחקר ולפיתוח אזרחי ובתחומי המדע והטכנולוגיה. גם האקדמיה אמורה לעסוק בתחומי מחקר ותכנון מדעי ובפעילות מדעית. מאחר ששני הגופים האלה אמורים לייעץ לממשלה באותם נושאים, לא ברורים ההבדלים ביניהם ואף נראה שיש כפילות מסוימת בפעילותם.
תקצוב האקדמיה לא הוסדר במפורש ולא הוגדר בכתובים. משנת 1974 ואילך מועברות הקצבות המדינה לאקדמיה בסעיף התקציבי "השכלה גבוהה", שהאחראית להקצאתו היא הוועדה לתכנון ולתקצוב של המל"ג (להלן - ות"ת). ות"ת קיבלה מהממשלה סמכות בלעדית לקבוע מה יהיה הסכום שיקבל מוסד להשכלה גבוהה מתקציב המדינה, והיא קובעת את תקציבה של האקדמיה כמו את תקציב המוסדות להשכלה גבוהה, אף כי הדבר לא נאמר במפורש בהחלטת הממשלה. לאחרונה פנה משרד המדע והטכנולוגיה למשרד האוצר וטען שהקצבות המדינה לאקדמיה צריכות להיעשות באמצעות תקציבו. משרד האוצר דוחה טענה זו.
בשנים האחרונות נכללו בתכנית התקציבית "השתתפות בתקציב האקדמיה הלאומית למדעים" שבהצעות תקציב המדינה סכומים שהיו גדולים בשיעור ניכר מהתקציבים שאישרה ות"ת לאקדמיה, וגם מהסכומים שהעבירה לאקדמיה בפועל. תקציב האקדמיה שהוגש לאישור האסיפה הכללית שלה ולאישור ות"ת, ודוחות ביצוע התקציב שלה לא שיקפו את כל פעילותה.