בשנים 1997-2002 יזמו ממשלות ישראל הקמת יישובים חדשים רבים. מרבית היישובים החדשים הם קהילתיים ונועדו ל-150-3,000 דירות. הממשלה הטילה את האחריות לקידום התכנון והפיתוח של מרבית היישובים על מינהל מקרקעי ישראל (להלן - המינהל) ועל משרד הבינוי והשיכון (להלן - משרד השיכון). עד אוגוסט 2004 נעשו עבודות פיתוח ואכלוס בשבעה יישובים חדשים, ו-18 יישובים היו מצויים בשלבים שונים של הליכי תכנון.
1. עבודת מטה: מרבית היוזמות להקמת יישובים חדשים בשנים האחרונות מקורן במינהל ובמשרד השיכון (להלן - המשרדים היוזמים). הממשלה אישרה את היוזמות על פי הצעות להחלטות בנדון שהביאו השרים המופקדים על משרדים אלה. הממשלה נסמכת בהחלטותיה על עבודת המטה אשר המשרדים היוזמים אמורים להכין ומכאן חשיבותה ליצירת בסיס ראוי להחלטות. לעבודת המטה של המשרדים היוזמים יש היבטים תכנוניים, תקציביים, סביבתיים, חברתיים ועוד, והיא צריכה להיות מושתתת על תכנון אזורי, בייחוד אם מדובר בהקמת מקבצי יישובים חדשים, על סקרי היתכנות לכל יישוב ועל אומדנים כספיים ראשוניים. הועלה, כי עבודת המטה שהכינו המשרדים היוזמים הייתה חלקית בלבד ולא נסמכה על הנדבכים שצוינו לעיל: היו מקרים שבהם איתור היישובים לא נבע מתכנון אזורי או סתר תכנון אזורי שעשה המינהל, במקרים רבים לא הוכנו סקרי היתכנות ואומדנים כספיים לקביעת המקורות התקציביים להקמת היישובים.
בתהליך קבלת ההחלטות יש חשיבות מרובה לבחינת חלופות, המאפשרת הערכה והעדפה של פתרונות. התברר, שהמשרדים והשרים שהציעו הקמת יישובים לא הציעו לממשלה חלופות התיישבותיות (כגון עיבוי יישובים קיימים סמוכים) או אחרות להשגת מטרותיה, ותהליך קבלת ההחלטות לקה בחסר.
לממשלה יש "תקנון לעבודת הממשלה" הנוגע לסדרי עבודתה. התקנון קובע, כי על שר המציע לממשלה החלטה לנמק ולהסביר את הסיבה להצעתו. דברי ההסבר יאפשרו למטות המקצועיים של משרדי ממשלה הנוגעים בדבר לגבש את דעתם בנדון. הועלה, כי דברי ההסבר שהגישו השרים לממשלה קצרים וכוללניים ואין בהם כדי להסביר את הצורך ביישוב בכלל ובמיקומו הספציפי בפרט.
ניסיון העבר מורה, כי הקמת יישובים חדשים בפריפריה שאינה מלווה בפתרונות תעסוקה פוגעת בהצלחתם של היישובים החדשים. הועלה, כי החלטות הממשלה אינן מתייחסות למתן פתרונות תעסוקה לרבים מהיישובים החדשים שאותרו בפריפריה.
הקמת יישובים חדשים, בייחוד בפריפריה, מחייבת הוצאות כספיות ניכרות בגין בניית היישובים עצמם ובגין הקמת תשתיות-העל ההכרחיות (כגון: דרכים ומכוני טיהור לשפכים). על פי התקנון לעבודת הממשלה, הצעה להחלטת ממשלה הכרוכה בהוצאה או בהתחייבות כספית שאינן כלולות בתקציב, על השר המציע לבקש בעבורה את חוות דעתו של שר האוצר. מי שעשו את עבודת המטה להקמת יישובים לא שיתפו בה את משרד האוצר ולא לקחו בחשבון את ההוצאות הכרוכות בכך או את העול התקציבי המתחייב מכך וגם לא התייחסו להיבטים הכלכליים של היוזמות. במועד קבלת החלטות הממשלה על הקמת יישובים לא היה בידי השרים מידע על עלויותיהן הצפויות.
הועלה, כי מרבית יוזמות הממשלה להקים יישובים אינן עולות בקנה אחד עם התכנון הלאומי ומחייבות עשיית שינויים רבים בתכניות מתאר ארציות. המועצה הארצית לתכנון ולבנייה (להלן - המועצה הארצית) היא, בין השאר, גוף מייעץ לממשלה. אשר על כן ראוי היה שהממשלה תיוועץ עם המועצה הארצית קודם להחלטותיה בנדון. הועלה, כי על אף התמורות הרבות שהממשלה חוללה בתכנון הלאומי כשאישרה הקמת עשרות יישובים חדשים, היא לא נועצה במועצה הארצית קודם להחלטותיה וגם לא הורתה למינהל ולמשרד השיכון לעשות כן.
היועץ המשפטי לממשלה קבע, כי יש לנסח את החלטות הממשלה על הקמת יישובים בזהירות ובאופן שלא יפגע בשיקול הדעת המקצועי המוקנה לגופים שונים, לרבות למוסדות התכנון. משרד מבקר המדינה העלה, כי מרבית החלטות הממשלה על הקמת יישובים מנוסחות כך שניתן לראות בהן החלטות קונקרטיות (בשונה מהחלטות של מדיניות התיישבותית), ויש בהן התייחסות לנקודת הציון שבה יוקם היישוב ולמבנהו הארגוני, דבר שעלול לפגוע בשיקול הדעת העצמאי של מוסדות התכנון המופקדים על האישור הסטטוטורי של תכנון היישובים.
סקרי ההיתכנות להקמת יישובים חדשים הם חלק בלתי נפרד מעבודת המטה. הועלה, כי חלק מהיישובים החדשים ששרים הציעו לממשלה להחליט על הקמתם, אותרו בתוך שטחי אש או בתוך שמורות טבע, דבר שהקטין את סיכויי הקמתם.
יישובים רבים שעל הקמתם החליטו הממשלות כלל לא הוקמו או הוקמו מקץ שנים רבות.
משרדי ממשלה מחויבים להחלטות חוזרות ונשנות של הממשלה אשר לפיהן הצעות להקמת יישובים חדשים יידונו ויוחלט בעניינן בממשלה. הועלה, כי המינהל ומשרד השיכון קידמו את הקמתם של יישובים חדשים אחדים ללא החלטות ממשלה.
משרד ראש הממשלה הקים במאי 2001 ועדה בין-משרדית ליישובים חדשים ומתחדשים (להלן - הוועדה), וזו פעלה עד אוגוסט 2003. המלצותיה שימשו בסיס להחלטות ממשלה על הקמת יישובים חדשים. הועלה, כי בוועדה לא שותפו נציג המועצה הארצית או נציג מינהל התכנון במשרד הפנים ונציג המשרד לאיכות הסביבה. בכך נשלל ייצוג ראוי של היבטים תכנוניים וסביבתיים בעבודת המטה שהוועדה הייתה אמורה להכין כבסיס להמלצותיה.
הוועדה, אשר פעלה ללא כתב מינוי אשר מגדיר את תפקידיה וסמכויותיה, קבעה לעצמה את עיקרי פעולתה. הועלה, כי היא לא גיבשה מדיניות התיישבות וסדרי עדיפויות משלה אלא הציגה כמדיניות אוסף של יוזמות של המינהל, של משרד השיכון ושל מועצות אזוריות ויזמים פרטיים. הוועדה לא תיאמה את עבודתה עם מוסדות התכנון; היא התמקדה בעיקר בהקמת יישובים חדשים במקום עיבוי יישובים קיימים סמוכים שבמצוקה (יישובים מתחדשים) ועל חשבונם, בניגוד למוסכמות התכנון הלאומי; בשל אי הכנה ראויה שונו תדיר חלק מהמלצותיה; הוועדה גם החליטה על אי-קידום של יישובים חדשים אשר הממשלה החליטה על הקמתם, מבלי שביקשה את אישור הממשלה לעשות כן.
2. קונפליקטים תכנוניים: בין הממשלה ובין המועצה הארצית מתקיים שיווי משקל מסוים בכל הנוגע להחלטות על הקמת יישובים חדשים. מאז 1990 קבעו היועצים המשפטיים לממשלה, כי לנציגי השרים בוועדות התכנון יש שיקול דעת עצמאי, ואין הם כפופים להחלטת ממשלה, שהיא שיקול חשוב אך הוא שיקול במגוון של שיקולים. משרד מבקר המדינה בדק שני קונפליקטים תכנוניים (ביישובים חרוב הגליל ויששכר במחוז חיפה וביישוב רמת ארבל במחוז הצפון) שנוצרו על רקע זה, והעלה את הממצאים האלה:
ביישובים החדשים חרוב הגליל ויששכר נוצר קונפליקט בין מי ששללו את הקמת היישובים משיקולים תכנוניים-סביבתיים ובין מי שחייבו את הקמתם למניעת השתלטות על אדמות לאום באותו אזור. הוועדה המחוזית חיפה, אשר דנה בתכניות ליישובים אלה, החליטה לשוב ולדון בתכניות לאחר הכנת תסקיר השפעה על הסביבה ולאחר שיוגשו לה חלופות למיקום היישובים. עובדים בכירים במשרד ראש הממשלה פירשו נוסח החלטה זה כדחיית הקמת היישובים ופעלו להורות לנציגי השרים בוועדה המחוזית לשנות את הצבעתם. הפניות נעשו בניגוד להנחיות היועצים המשפטיים לממשלה, בניגוד לתקשי"ר ובניגוד לכללי מינהל תקין ונשאו אופי של הפעלת לחץ לשינוי החלטה תכנונית קונקרטית.
הוועדה המחוזית צפון שללה ברוב דעות גדול את היוזמה של יזמים פרטיים להקים את היישוב החדש רמת ארבל על קרקעות שמרביתן בבעלותם. הוועדה הבין-משרדית ליישובים חדשים ומתחדשים המליצה לממשלה להחליט על הקמת היישוב, אך מבלי שהביאה לידיעת השרים כי הוועדה המחוזית כבר פסלה את הקמתו. גם לאחר החלטת הממשלה על הקמת היישוב החזיקה הוועדה המחוזית צפון בדעתה כי יש לשלול הקמת יישוב זה מטעמים רבים. אולם, בדיון חוזר של הוועדה, לאחר החלטת הממשלה, חייבו כל חבריה (למעט אחד) את הקמת היישוב, אף שלא חל שינוי בעובדות ובנימוקים שבעטיים שללו את היישוב קודם לכן. בדיון הפומבי והפנימי של הוועדה המחוזית השתתף יועץ ראש הממשלה לענייני התיישבות - בניגוד להוראות התקשי"ר.
3. מינהל מקרקעי ישראל: משרד מבקר המדינה בדק את הליכי התכנון של שני יישובים (יתיר ורוגלית) שמקדם המינהל ואת סדרי הקמתם, ולהלן ממצאים אחדים: רעיון הקמת היישובים לא נבע מתכנון אזורי שמצדיק את מיקומם, את קיבולתם ואת השתלבותם באזורם; לא נבדקה ההשפעה התקציבית של ההקמה, לרבות של תשתיות-העל המחויבות; בשני המקרים ניסו היזמים המופקדים על הקמת היישובים, בגיבוי של המינהל, להכפיל את קיבולת הדירות בכל יישוב, בניגוד להחלטות מוסדות התכנון ובניגוד להוראות של תכניות מתאר, והתוצאה הייתה שיהוי בהקמת היישובים; בשני היישובים שיווק המינהל את הקרקע במכרז לקרקע בלתי מתוכננת (מקב"ת), בניגוד להחלטת מועצת מקרקעי ישראל.
רשות הטבע והגנים יזמה תכנון של שמורת טבע שחלקה חופף את תחום תכנון היישוב החדש יתיר. הרשות השתהתה במסירת תכנית השמורה למינהל לצורך תיאום בין היוזמות. כתוצאה מכך מעוכב תכנון היישוב יתיר יותר משנה.
המינהל פרסם מכרז לשיווק קרקע ביישוב החדש רוגלית ומסר לזוכה, שלא עמד בתנאי הסף של המכרז, הרשאה לתכנון היישוב ולהקמתו. לצורך כך הגמיש המינהל את דרישותיו במכרז כדי שהזוכה יקבל לידיו את התכנון, הפיתוח והבנייה של היישוב. למינהל גם לא היה מידע על יכולותיו ועל ניסיונו הקודם של היזם אשר היה בהם כדי להצדיק להפקיד בידיו את הקמת היישוב החדש הכולל בניית 500 בתים, מבנים לתעסוקה ותשתיות.
4. משרד הבינוי והשיכון: משרד השיכון העסיק חברה פרטית לניהול קידום התכנון, ההקמה והאכלוס של היישובים החדשים שבאחריותו. אולם, על פי הרקע המקצועי וניסיון העבר של בעלי החברה ועל פי משך קיומה ותחומי עיסוקיה הקודמים מחד גיסא, ובהתייחס לדרישות שנקבעו בנוהלי המשרד מאידך גיסא, לא עמדה החברה בדרישות הסף של המשרד לביצוע מטלה זו כפי שהן באות לידי ביטוי בנְהליו, ולא היה אפוא מקום למנותה כמנהל פרויקט היישובים החדשים בכל הארץ.
משרד השיכון חתם עם החברה הפרטית על ארבעה חוזים שונים לניהול פרויקט היישובים החדשים, אך באלה לא פורטו המטלות אשר היה עליה לבצע. אי-הבהירות בניסוח החוזים הולידה בעיות כגון: (א) חפיפה בין משכי החוזים של החברה; (ב) החברה הפרטית עבדה בחפיפה עם חברות אחרות לניהול פרויקטים אשר פעלו באותם יישובים; (ג) המשרד העניק לחברה סיווג של "מנהל פרויקטים" לבנייה עד 1,000 דירות. בפועל, המשרד מסר לחברה טיפול בכ-7,000 דירות; (ד) מנהל פרויקט מטעם החברה לא היה אקדמאי, בניגוד לנוהלי המשרד, אך הוא קיבל שכר טרחה בתעריף של "אקדמאי בכיר".