אגף ניהול ספקטרום ורישוי תדרים (להלן - האגף) שבמשרד התקשורת אחראי לחלוקת התדרים לשידורים לציבור. אחת היחידות באגף עוסקת בפיקוח האלחוטי (להלן - יחידת הפיקוח). היא מטפלת בתלונות על הפרעות לתקשורת האלחוטית, ומפקחת על ביצוע החוקים, התקנות והנהלים הקשורים לתדרי הרדיו.
תחנות רבות מספקות שידורי רדיו לציבור בלא רישיון ובתדרים שלא הוקצו להן (להלן - תחנות פירטיות). מספר המשדרים שהתחנות הפירטיות מפעילות עלה מכ-30 בשנת 1995 לכ-150 בשנת 2004. לעתים תחנות אלה מפריעות לשידורי הרדיו החוקיים, לתקשורת בין מכשירי רדיו-טלפון נייד, למערכות הקשר בצה"ל ולקשר בין מגדלי הפיקוח ובין המטוסים, והן עלולות להביא לתאונות אוויריות ולסיכון חיי אדם. התחנות אינן משלמות למדינה אגרות בעד רישיון הנדרש על פי דין לתחנת טלגרף אלחוטי, אגרות בעד הקצאת תדרים, וכן דמי זיכיון ותמלוגים לרשות השנייה לטלוויזיה ולרדיו. בשנת 1999 נסגרו בידי המשטרה, חלקן על פי סמכותה וחלקן על פי צו בית משפט, 38 תחנות פירטיות משום שהפריעו לקשר האווירי, ובשנת 2003 נסגרו 83 תחנות כאלה. חלק מהתחנות שנסגרו חזרו לשדר, והדבר מעיד שפעולות ההרתעה והאכיפה אינן מספיקות.
אף שליחידת הפיקוח יש מכשור המתאים לאיתור מקורם של שידורי רדיו פירטיים, נמצא, כי בדרך כלל היא לא פעלה, כפי שראוי היה שתעשה, להפסקת פעילותן של תחנות פירטיות מיוזמתה, אלא בעקבות תלונות על הפרעות. כשקיבלה תלונה על שידורים המפריעים לקשר האווירי ולשידורי רדיו חוקיים היא פעלה לאיתור התחנה ותדר השידור, ולאחר מכן הגישה תלונה למשטרת ישראל כדי שתפעל לסגירת התחנה.
פעילות המשטרה כנגד תחנות פירטיות שאינן מפריעות לתעופה אורכת זמן רב. מתוך 731 תיקי חקירה שנפתחו בין ינואר 2000 ליולי 2004 בשל שידורי רדיו פירטיים, גנזה המשטרה 516 תיקים (70%), בלי להגיש כתבי אישום. עד יולי 2004 טרם הסתיים הטיפול ב-23 תיקים שנפתחו בשנים 2000-2001 וב-33 תיקים שנפתחו בשנת 2002. למשטרה אין מידע מרוכז בכמה מהם הוגשו כתבי אישום. סיבת הגניזה שנרשמה בכ-61% מהתיקים היתה "עבריין לא נודע", וכ-20% מהתיקים נגנזו בעילה של "חוסר עניין לציבור".
בבדיקה מדגמית של 70 תיקים שהמשטרה גנזה בלא הגשת כתב אישום הועלה, שבכ-80% מהם לא עשתה המשטרה כל חקירה, לרבות ניסיונות לאתר אנשים הקשורים להפעלת התחנה הפירטית, כדי לבסס ראיות להגשת כתבי אישום.
בשנים 1997-2000 חקרה המשטרה ביסודיות, בשיתוף יחידות חקירה מיוחדות ובסיוע פרקליטות המדינה, את כל הגורמים המעורבים בשידור בשלוש תחנות פירטיות. בעקבות ממצאי החקירות גזרו בתי המשפט עונשים משמעותיים על מפעילי התחנות. מאז לא עסקה המשטרה בחקירות מעין אלה, ובעקבות זאת ברוב המקרים ניתנו עונשים קלים.
בנוהלי המשטרה בדבר "הטיפול בעבירות של הפעלת רדיו פירטי" נקבע, כי אם תחנת רדיו מפריעה לקשר האווירי, יש לגבות עדויות ממנהל מגדל הפיקוח ולתפוס את יומן המבצעים שתועדו בו זמן ההפרעה וטיבה, ואת ההקלטות של השיחות בין מגדל הפיקוח ובין הטייסים. נמצא, כי בדרך כלל לא התבקשה רשות שדות התעופה להעביר למשטרה עדויות מעין אלה לצורך החקירה.
על אף ההנחיות שקבעה המשטרה בעניין התחנות הפירטיות, היא לא העמיקה בחקירותיה נגד מפעילי התחנות האלה, לרבות תחנות שהוגשו בעניינן תלונות חוזרות ונשנות. המשטרה גם לא טיפלה במרוכז בתלונות שהוגשו בכמה מחוזות בעניין אותן תחנות, המשדרות בפריסה ארצית, ואולפניהן נמצאים במחוז אחר מזה שמשדריהן נמצאים בו.
בנוהל המשטרתי לטיפול בעבירות של הפעלת תחנה פירטית נקבע, שיש לשתף את נציבות מס הכנסה בחקירה. אולם בפועל לא גובשה מתכונת לשיתוף פעולה בין משרד התקשורת, למשטרה ולשלטונות המס במאבק בתחנות רדיו פירטיות.