נבדקו סדרי קבלת עובדים חדשים במשרד החקלאות ופיתוח הכפר (להלן - משרד החקלאות) ובתאגידים סטטוטוריים מסוימים הקשורים אליו: הרשות לפיקוח חקלאי, מועצת הצמחים ומועצת הלול; בתאגידים הסטטוטוריים נבדקו גם סדרי התקשרות עם נותני שירותים, וכן תוכנית להקמת מרכז להכשרת חקלאים בגן הבוטני בירושלים.
משרד החקלאות
במשך תקופה ארוכה לא מונה למשרד יועץ משפטי קבוע, או ממלא מקום מקרב עובדי לשכת הייעוץ המשפטי.
במשרד החקלאות וברשות לפיקוח חקלאי היתה לעיתים מעורבות בלתי תקינה של יועץ השר מר מיכאל אילון (להלן - יועץ השר או מר אילון) בקליטתם של עובדים, שלרובם זיקה פוליטית לשר ולמפלגתו. חלקם מונו למשרות הפטורות מחובת מכרז בשל היותן משרות זוטרות. מסגרות העסקה אלה נוצלו אפוא לרעה לביצוע מינויים פוליטיים; אחרים מונו כממלאי מקום למשרות החייבות במכרז, לפרק הזמן שעד סיום הליכי המכרז, והניסיון שצברו עד המכרז הקנה להם יתרון על מועמדים אחרים.
לכמה משרות הכפופות למר יוסי ישי, מנכ"ל המשרד, מונו אנשים שהייתה להם זיקה פוליטית לשר בהליכים בלתי תקינים.
משרת עוזר מנכ"ל הינה משרה המכונה "משרת אמון" והמנכ"ל רשאי למנות לתפקיד עובד שהוא רוחש לו אמון אישי. הביקורת העלתה, כי יועץ השר מינה לתפקיד זה עובדת שיש לה זיקה פוליטית לשר, בתקופה שמשרת המנכ"ל לא היתה כלל מאוישת. בפועל היא עבדה בצוות שתפקידו היה לעזור לשר בנושא מכסות החלב.
לתפקיד מנהל תחום ביטחון (להלן - קב"ט) במשרד נבחר מועמדו של השר. מועמד זה היה היחיד שזומן לוועדה לבחינת מועמדים, אף על פי שהמשרד איתר עוד שני מועמדים ראויים.
מועצת הצמחים
מועצת הצמחים הוקמה על פי חוק ואיגדה ארבע מועצות ייצור צמחיות (מועצת הפירות, מועצת הירקות, מועצת הצמחים והמועצה לשיווק פרי הדר) למועצה אחת. על פי חוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975, מנכ"ל של תאגיד סטטוטורי ימונה לתפקידו לאחר אישור הוועדה לבדיקת מינויים.
המינהלה הזמנית המאוחדת של מועצת הצמחים (להלן - המינהלה המאוחדת) בישיבתה הראשונה מינתה את יועץ השר למנכ"ל מועצת הצמחים. נמצא, כי יועץ השר שימש מנכ"ל בפועל ובתואר למן הקמת מועצת הצמחים, עוד קודם שהמינהלה המאוחדת והוועדה לבדיקת מינויים אישרו את מינויו.
הוועדה לבדיקת מינויים דחתה את מועמדותו של יועץ השר לתפקיד מנכ"ל מועצת הצמחים. בעקבות זאת, אישרה המינהלה המאוחדת, מסמך שבו הוגדר תפקידו של מר אילון כיו"ר צוות ההקמה של מועצת הצמחים בסמכויות מנכ"ל. המינהלה הזמנית קבעה שהמסמך הוא חלק בלתי נפרד מפרוטוקול הישיבה הראשונה. פעולה זו, שנועדה על פניה לתת בדיעבד תוקף לפעולות שעשה מר אילון בעת שפעל כמנכ"ל ללא אישור כדין, אינה עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין.
לאחר דיון נוסף, אישרה הוועדה לבדיקת מינויים את מועמדותו של מר אילון למנכ"ל זמני. העובדה שמר אילון שימש בפועל מנכ"ל (כאמור, בלא אישור) שימשה בדיעבד העילה המרכזית למתן האישור למינוי הזמני על ידי הוועדה לבדיקת מינויים שקבעה קודם לכן שאינו כשיר לשמש מנכ"ל קבוע.
מר אילון בתפקידו כמנכ"ל מועצת הצמחים מינה במועצה בהליכים בלתי תקינים שלושה עובדים חדשים שיש להם זיקה פוליטית לשר.
המועצה לענף הלול
בעקבות שינויי חקיקה בחוק המועצה לענף הלול (ייצור ושיווק), התשכ"ד-1963, מונתה ביולי מינהלה זמנית של חמישה חברים ובראשה עומד שר החקלאות. ביוני 2003 מינתה המינהלה הזמנית אדם לממונה של הארגון מחדש על מועצת הלול (להלן - הממונה) והעניקה לו סמכויות של מנכ"ל. הממונה הוא בעל זיקה פוליטית לשר.
לצורך מילוי תפקידו ביקש הממונה שמועצת הלול תתקשר עם חברה בשליטת בני משפחתו בחוזה קבלני, כדי שלא יתקיימו בין הצדדים יחסי עובד ומעביד. היועץ המשפטי של מועצת הלול חיווה דעתו שהתקשרות כזאת היא אפשרית בנסיבות מיוחדות ולפרק זמן מוגבל של חודשים אחדים. בפועל הועסק הממונה לפי חוזה זה כשנה וחצי בלא שפורטו הנסיבות המיוחדות שהצדיקו זאת, זולת רצונו.
ראוי כי מי שמנהל את ענייני המועצה ומייצג אותה יועסק כעובד המועצה וימונה כדין. הגדרת תפקיד העובד כממונה על הארגון מחדש אף שהיו לו סמכויות של מנכ"ל ושולם לו שכר של מנכ"ל תאגיד סטטוטורי, איפשרה לקבע מינוי של מנכ"ל בעל זיקה פוליטית, בלי שכישוריו וזיקתו הפוליטית נבחנו על ידי הוועדה לבדיקת מינויים.
הממונה עצמו מינה אנשים המקורבים לו לתפקידים במועצה ללא מכרז או הליך תחרותי אחר ובניגוד לנוהלי מועצת הלול לגיוס עובדים.
התקשרות עם נותני שירותים
מועצת הצמחים כמו גם מועצת הלול התקשרו עם נותני שירותים בהליכים לא תקינים המנוגדים לחוק חובת המכרזים ותקנותיו.
תכנית להקמת מרכז להכשרת חקלאים בגן הבוטני בירושלים
הגן הבוטני בירושלים (להלן - הגן הבוטני) בשיתוף משרד החקלאות ומועצת הצמחים יזמו הקמת "מרכז להכשרת חקלאים" (להלן - המרכז). משרד החקלאות ומועצת הצמחים הסכימו להתקשרות זו ללא דיון בעצם הצורך בכך. הם גם לא קיימו מכרז או בחנו כמה הצעות הבאות בחשבון, בטרם בחרו להתקשר עם הגן הבוטני דווקא למימוש התוכנית. הפרויקט לא נדון במינהלה המאוחדת של מועצת הצמחים, וממילא לא אושר.
מנכ"ל הגן הבוטני ומנכ"ל מועצת הצמחים הם אחים. על כל אחד מהם היה לדווח על הקשר המשפחתי ביניהם למוסדות המתאימים כדי להביא לאישורם הסדר למניעת ניגוד עניינים. אולם הם לא עשו זאת, וכל אחד מהאחים החליט כהבנתו כיצד ינהג.
מנכ"ל הגן הבוטני סיכם בעצמו עם המשנה למנכ"ל מועצת הצמחים את עיקרי התכנית להקמת המרכז, אף שלפי המגבלות שנטל על עצמו בשל ניגוד עניינים האמור, היה על המדען הראשי של הגן לעסוק בכך.
באוגוסט ובספטמבר 2004 העבירה מועצת הצמחים לגן הבוטני 140,000 ש"ח, אף שלא נחתם ביניהם הסכם כלשהו בעניין הקמת המרכז. כמו כן נתנה מועצת הצמחים לגן הבוטני תרומה של 175,000 ש"ח לתמיכה בפסטיבל פרחים, ללא קבלת אישור המינהלה המאוחדת של מועצת הצמחים. יצוין, כי בשנת 2003 השתתפות מועצת הירקות במימון פסטיבל הפרחים היתה 20,000 ש"ח בלבד.
במקביל ליוזמה להקמת המרכז, מינה הגן הבוטני לתפקיד מנהל המרכז אדם בעל זיקה פוליטית לשר. הוא נבחר בהיותו מועמד יחיד לתפקיד.