המרכז לשיתוף בינלאומי (להלן - מש"ב), אגף במשרד החוץ (להלן - המשרד), מופקד על ניהול, תיאום וביצוע של פעולות סיוע למדינות מתפתחות, בעיקר בתחומי החקלאות, הרפואה, הבריאות והחינוך, בשיתוף עם גורמים לאומיים וגורמים בינלאומיים. הסיוע ניתן בהדרכת משתלמים מחו"ל בארץ ובארצותיהם במסגרת קורס נייד (להלן - קנ"ד), בשיגור מומחים לחו"ל לתקופות של שנתיים ויותר, בעיקר לשם הקמה וניהול של מרכזי הדגמה, ובשיגור מומחים לשליחויות קצרות מועד (להלן - שק"מ) לעשיית סקרים ולייעוץ. פעולות הסיוע נעשות בידי שלוחות מקצועיות: שלוש מהן מוחזקות על ידי מש"ב ופועלות בעבורו בלבד, ושאר השלוחות נותנות שירותים קבלניים. "האיגוד, חברה להעברת טכנולוגיה" (להלן - האיגוד), שהוא חברה ממשלתית, מופקד על ניהול השלוחות המוחזקות ועל ניהול ההשתלמויות בארץ מבחינה מינהלית ומבחינה כספית ותקציבו ניתן מתקציב מש"ב וממקורות חוץ.
אין במש"ב מידע על תכניות העבודה של גופים לאומיים ובינלאומיים העוסקים במימון מיזמים במדינות מתפתחות, ואין הוא מקיים מעקב שוטף אחר מכרזים שהם מפרסמים לקבלני משנה מקצועיים. איסוף מסודר של מידע כזה יסייע בידי מש"ב לבחון היכן יכולה ישראל להשתלב בפעולות סיוע שעשויות לשרת גם את האינטרסים שלה.
הנהלת המשרד לא קבעה למש"ב סדרי עדיפויות, ומש"ב אינו מקצה את משאביו על פי אמות מידה שהוגדרו מראש. מש"ב לא הכין תכנית פעולה להשתלבות בסדר היום הבינלאומי: פיתוח בר קיימא הכולל פיתוח כלכלי, פיתוח חברתי והגנה על הסביבה. באורח מסורתי ממשיך מש"ב להתמקד בהדרכה בתחומי החקלאות, הרפואה, הבריאות והחינוך.
שני סוגי ההדרכה למשתלמים - האחד במישור הלימודי-תאורטי והאחר במישור היישומי - ניתנים במסלולים נפרדים, אף שההשתלמויות אמורות, בדרך כלל, להשלים זו את זו. רק לעתים רחוקות אותם משתלמים מקבלים הדרכה תאורטית והדרכה יישומית באותו נושא.
בשנים 2002-2004 הסתמנה מגמת ירידה בהיקף הפעילות של מש"ב בד בבד עם צמצום בתקציבו, שנבע בעיקרו מאי-מימוש ההוצאה המותנית בהכנסה ממקורות חוץ עקב אומדן אופטימי של ההכנסות הצפויות, ולכן ההוצאה המותנית בהכנסה הגיעה לכל היותר ל-54% מהאומדן שנקבע בתקציב שנת 2002. כ-16% מה-54% מקורם בפיקדון מטבע חוץ של המשרד בבנק ישראל ולא מהכנסות באותה שנה. בתקציב 2004 נקבע אמנם אומדן שנחשב קרוב יותר להכנסות הצפויות, שהיה נמוך בכ-80% מאומדן השנה הקודמת, אולם עד תחילת חודש דצמבר אותה שנה נתקבלו הכנסות בשיעור של 40% מהאומדן בלבד.
מש"ב מעדיף את ההשתלמויות שנותנות השלוחות המוחזקות על ידו כדי לאפשר להן פעילות במשך השנה. בתחילת שנת 2003 הייתה העלות החודשית המשוקללת למשתלם בשלוחות אלה גבוהה בשיעורים ניכרים - עד כ-220% - מזו שבשאר השלוחות.
במש"ב לא הקפידו שהמומחים הנשלחים להדרכה בחו"ל יכינו דוח מסכם לאחר שובם, שהדוחות שנכתבו יועברו למש"ב ושיהיו במתכונת שנקבעה בתקנון שירות החוץ. מבדיקת תוכנם של דוחות כאלה עולה, שמרבית הליקויים שעליהם דיווחו הצוותים מקורם בהכנות לא מספיקות ולא קפדניות לפני פתיחת ההשתלמות, שהאחריות להן מוטלת בעיקר על מש"ב. הליקויים בהכנות, כמו הצורך להחליף את נושאי ההשתלמות לאחר תחילתה, חיפוש אחר מתורגמן מקומי מאנגלית לשפת המקום וכו', אשר אותם ציינו המומחים, השפיעו על המשך ההשתלמות. רבים מהמומחים דיווחו גם שמשך ההשתלמויות היה קצר מדי, לא השתתף בהן איש מהשגרירות הישראלית והן לא זכו לסיקור תקשורתי, ובכך נמנע הישג תדמיתי לישראל.
היו מיזמים ארוכי טווח שהתקציב שמש"ב הקצה להם לא הספיק להשלמתם, במיוחד באלה שמרבית המימון שלהם או כולו היו מתקציבו, והוא נאלץ לחרוג ממנו במיליוני שקלים.
חלק מהוצאות מש"ב על פעילותו מותנות בהכנסות. הכספים המתקבלים ממקורות חוץ מופקדים בחשבון מטבע חוץ בבנק ישראל (להלן - הפיקדון); החשבון משמש את מש"ב במשך שנים רבות. רישום התקבולים של מש"ב בתקציב המדינה לשנה מסוימת נעשה רק כאשר משתמשים בהם והם נרשמים כהוצאה. אין בתקציב ביטוי לכל התקבולים של אותה שנה. הם אינם מצוינים בדברי ההסבר המצורפים להצעת התקציב השנתי של המשרד, אינם מובאים לידיעת הכנסת, ואין הם מקבלים את אישורה במסגרת אישור תקציב המדינה. נתונים אלה גם לא נכללו בדוח על הכנסות והוצאות של הממשלה שאותו מגיש שר האוצר לכנסת ולמבקר המדינה, על פי חוק מבקר המדינה, התשי"ח-1958 [נוסח משולב].
מאז נוסד לפני כ-40 שנה פועל האיגוד עבור מש"ב בלבד, אולם מעולם לא מוסדו יחסי הגומלין ביניהם בנוהל, הן מבחינת הפעולות הן מהבחינה הכספית. מסוף 1999 ועד אוקטובר 2003 לא הייתה לאיגוד מועצת מנהלים, ומטבע הדברים גם לא היו לו ועדות, וניהולו השוטף נעשה בידי סמנכ"ל האיגוד והמנכ"ל (שמשמש בתפקיד ללא שכר), שהוא גם סמנכ"ל מש"ב. מינואר 2000 לא מונה לאיגוד מבקר פנים. פעילות האיגוד תקופה כה ארוכה ללא מועצת מנהלים מהווה פגם בניהולה התקין של החברה ובשמירה על עניינו של הציבור.