חלק מהציוד הרפואי מיועד ע"י היצרנים לשימוש חד-פעמי. אולם, מטעמים של חיסכון כספי יש הממחזרים את הציוד הזה ועושים בו שימוש חוזר. בעולם המערבי השימוש בציוד רפואי חד-פעמי ממוחזר שנוי במחלוקת - יש מדינות שאוסרות למחזר ציוד חד-פעמי, ויש שמתירות למחזרו, על פי תקנים מיוחדים שנקבעו לשם כך ותחת בקרה הולמת. גם בקרב אנשי המקצוע בישראל יש המסתייגים ממיחזור, ויש הסוברים כי אפשר להתירו, אף אם הדבר מנוגד להוראות היצרן.
1. משרד מבקר המדינה אינו נוקט, כמובן, עמדה במחלוקת זו. הביקורת מתייחסת לכך כי משנת 1995 ואילך מינה משרד הבריאות (להלן - המשרד) כמה ועדות בתחום השימוש בציוד רפואי חד-פעמי ממוחזר, אולם משסיימה ועדה את פעילותה מונתה ועדה אחרת תחתיה, בלא שהנהלת המשרד דנה בהמלצות שהגישה קודמתה. עיקרו של דבר, אף שידוע למשרד כי בתי החולים משתמשים בציוד רפואי חד-פעמי ממוחזר, ואף שהוא מכיר את הבעיות והדילמות הכרוכות בכך, הוא נמנע מלקבוע עמדה בשאלה אם יש לאסור או להתיר את המיחזור, ואם להתירו - באילו תנאים ותחת אילו בקרות. המשרד אינו בוחן את פעולות בתי החולים בתחום זה ואינו מפקח עליהן.
2. מרבית בתי החולים בישראל עושים שימוש חוזר בפריטי ציוד רפואי שהיצרן ייעד לשימוש חד-פעמי, לאחר שעברו תהליכי ניקוי ועיקור. חלק מהפריטים האלה משמשים לטיפולים פולשניים. נמצא, שברוב בתי החולים שנבדקו לא נבחנו ההיבטים הכלכליים והרפואיים של תהליך המיחזור; לא נעשו פעולות שמטרתן לוודא שתהליכי המיחזור עומדים בתקני איכות סבירים; אין רישום של השלבים של תהליכי המיחזור - הניקוי, העיקור והבקרות - ושל מספר המיחזורים של כל פריט; ולא נקבעו אמות מידה - כגון המצב הבריאותי של החולה, סוג המחלה והסיכונים הכרוכים בה - להחלטה באילו חולים אסור שהטיפול יהיה בציוד כזה.
3. במרבית בתי החולים אין נהלים בדבר מיחזור פריטי ציוד רפואי חד-פעמי. המיחזור נעשה לרוב לבקשת רופאי המחלקות. במרבית בתי החולים נקבעת שיטת המיחזור בידי מנהל המכון לאספקה סטרילית של בית החולים, ובהחלטה אין מעורב גורם מקצועי בכיר יותר. בין בתי החולים יש שונות רבה באשר לתפקידו ולסמכותו של הגורם שאמור לקבוע את המספר המרבי של השימושים החוזרים בציוד.
4. יש בתי חולים שאינם ממחזרים ציוד רפואי חד-פעמי ששימש לטיפול בחולים שידוע כי הם סובלים ממחלה זיהומית, ואילו בתי חולים אחרים ממחזרים ציוד כזה.
5. כמחצית מבתי החולים נוהגים לבצע עיקור ולהשתמש בציוד רפואי חד-פעמי שמועד התפוגה שלו עבר בלא שנעשה בו שימוש, וכן בציוד שנפתחה אריזתו ולא נעשה בו שימוש. בתי חולים אחרים סבורים, שאין להשתמש בציוד כזה, ואינם נוקטים את התהליך האמור.
6. גם לאחר שפריט רפואי חד-פעמי עובר ניקוי ועיקור יש אפשרות שיוותרו בו רעלנים. אולם הביקורת העלתה, שמרבית בתי החולים אינם עושים בדיקות לאיתור רעלנים בציוד חד-פעמי ממוחזר - אם בשל חוסר מודעות לחשיבות הבדיקה ואם מטעמי חיסכון.
7. המשרד לא קבע הנחיות בנושא. בהיעדר הנחיות של המשרד או של בתי החולים - ביקש משרד מבקר המדינה מבתי חולים להסביר כיצד הם מוודאים שהפריט הממוחזר יעיל ובטוח לשימוש. התשובות שניתנו מעוררות שאלה אם תהליכי הבקרה שמקיימים בתי חולים מבטיחים את תקינותם ויעילותם של הפריטים הממוחזרים, ומחזקות את הצורך בקביעת תהליכי בקרה אחידים ומחייבים.
8. הביקורת העלתה, שבאחדים מבתי החולים בהם אירעו תקלות במהלך טיפולים רפואיים, והרופאים המטפלים העלו את החשש כי השימוש בציוד החד-פעמי הממוחזר גרם להן, נבחנו התקלות בפורומים פנימיים של בתי החולים והוחלט להפסיק את השימוש החוזר בחלק מהפריטים, למרות שלא הוכח קשר סיבתי בין השימוש בציוד הממוחזר לבין התקלה. ההחלטות לא הובאו לידיעת המשרד.