משרד הבינוי והשיכון (להלן - המשרד) מסייע ליישובים כפריים בתכנון, בבנייה ובשיפוץ של מבני ציבור ותשתיות ובפיתוח שטחי קרקע להרחבת יישובים. על תחומים אלה מופקד המינהל לבנייה כפרית ויישובים חדשים שבמשרד (להלן - המב"כ). את העבודות הללו עושות בדרך כלל המועצות האזוריות.
לא נמצאו קריטריונים לקביעת סכומי הסיוע ושיעוריהם בפרויקטים שונים. המשרד גם אינו נוהג לקבוע מראש, כשהוא מאשר את הפרויקטים שהוא מתכוון לסייע במימונם, מהו סכום הסיוע או שיעורו בכל סוג של פרויקט. הדבר מנוגד לעקרונות השוויון והשקיפות המחייבים את המשרד. תקציב המב"כ ארצי ונתוניו אינם ערוכים לפי אזורים. לא ניתן ללמוד ממנו כמה כסף מקצה המשרד לפעולות פיתוח באזור זה או אחר או ביישוב זה או אחר בשנה מסוימת, ומה היו הוצאותיו בו בשנים קודמות. בהעדר פרוגרמה רב-שנתית, אין מידע נאות על סך ההקצאה של המשרד לכל פרויקט.
המשרד אמור לסייע במימון פרויקטים על ידי מימון שיעורים מסוימים מעלויותיהם, והמועצות האזוריות או היישובים שבהם מוקמים הפרויקטים אמורים לשאת בשאר העלויות. משרד מבקר המדינה העלה, כי במקרים מסוימים היו סכומי הסיוע של המשרד ושל גופים ציבוריים אחרים (פעמים יחד עם התשלומים של רוכשי מגרשים לבנייה) גדולים מעלויות של הפרויקטים שהוצגו למשרד.
כללי ניהול כספי נאות מחייבים שהמשרד יקבל מידע מהימן על כל המקורות הכספיים למימון הפרויקטים שבמימונם הוא מתבקש לסייע. אולם כאשר המשרד קבע לאילו פרויקטים הוא יסייע, הוא לא וידא מה היו מקורות המימון של המועצות, ואם ניתן להן מימון ממקורות ציבוריים או פרטיים נוספים. כאשר נעתר המשרד לבקשות של מועצות אזוריות לשלם את סכום הסיוע או חלק ממנו הוא אמנם דרש מהן לצרף לבקשותיהן אישורים שיש להן תקציב בלתי רגיל (תב"ר) לביצוע הפרויקטים, אולם המחוז לא עמד על כך שאישורי התב"רים שמסרו לו המועצות האזוריות יפרטו את כל מקורות המימון, לרבות היקף הגבייה הצפוי מרוכשי מגרשים (בפרויקטים של הרחבות יישובים). באישורי התב"רים צוינו רק סכומי הכסף שבהם היה עתיד המשרד לסייע.
המשרד לא וידא שסכומי הסיוע שהעביר למועצות האזוריות בפרויקטים של הרחבות יישובים אכן הפחיתו את עלויות הפיתוח למשתכנים, כמתחייב מנהליו.
מועצות רבות הצהירו כי לאחר שהמשרד יעביר להן את סכומי הסיוע, הן יממנו בעצמן את יתרת העלויות של העבודות. המחוז לא עמד על כך שהמועצות יממשו את הצהרותיהן כשביקשו תוספות מימון לאותן עבודות, ובדרך כלל העביר את המימון הנוסף.
מתן כספי הסיוע צריך להיעשות על פי התקדמות העבודות. המשרד לא שילם למועצות יחסית להתקדמות העבודות אלא, בדרך כלל, הוא העביר להן את הסכומים שדרשו עד שיעור של 90% מסכום הסיוע המובטח, ולעתים 98%, כבר בשלבי הביצוע הראשונים. המשרד גם לא עמד על כך שהמועצות יבצעו את הפרויקטים כפי שהצהירו כשביקשו את סיועו. כתוצאה מכך ביצעו לעתים המועצות פרויקטים רק באופן חלקי בהתאימן את הביצוע לסכומי הסיוע של המשרד, והן חדלו מביצועם משמוצה הסיוע; אם ניתן סיוע נוסף, המשיכו המועצות האזוריות בביצוע הפרויקט.
כשהמשרד מתחייב לתת סיוע לעבודה הוא משריין בעבורה כספים מתקציבו. אולם אם הפרויקט אינו מסתיים במשך תקופה ארוכה, כספי הסיוע אינם מנוצלים. בשנים 1996-2002 לא פנו מועצות אזוריות למשרד לקבל ממנו את מלוא הסכומים שהיו נקובים ב-221 התחייבויות שהוא העביר להן, שהסתכמו בכ-16.7 מיליון ש"ח. למעשה לא ברור למשרד באילו שלבים מצויים הפרויקטים הללו, והמחוז שבתחומו התנהל הפרויקט לא נקט צעדים לבירור מצבם.