משרד הבינוי והשיכון (להלן - המשרד או משרד השיכון) על מחוזותיו עוסק בתכנון בתחום הבנייה למגורים, והוא מלווה עבודות תכנון בתחום זה שהוא מזמין מגופי חוץ. בשנת 2003 הזמין המשרד עבודות אלה בהיקף של כ-130 מיליון ש"ח. המשרד מוסר את רוב עבודות התכנון בתחומי האדריכלות וההנדסה האזרחית בדרך של בחירת מתכננים ממאגר שבידיו, ושכר התכנון משולם לפי מחירון שקובע המשרד. לפי הוראות התכ"ם, המועמדים ייבחרו, בין היתר, לפי כישוריהם המקצועיים בתחום המבוקש ולפי עומס העבודות שהוטל עליהם, שלפי הנחיות המשרד הוא ההיקף הכספי של העבודות שהזמין המשרד על יחידותיו ממועמד, ב-36 החודשים שקדמו להתקשרות.
נמצאו פערים ניכרים בין עומסי העבודה שהוטלו על משרדי תכנון שהיו על פי הגדרתם במאגר המתכננים בעלי אותו תחום ורמת התמחות. דהיינו, היו מתכננים שקיבלו עבודות בהיקף ניכר אף שהעומס שהוטל עליהם לפני מועד ההחלטה של ועדת המכרזים היה גדול, ולעומת זאת למתכננים שהוטל עליהם עומס קטן או שלא הוטל עליהם עומס כלל לא נמסרה עבודה. הפערים מלמדים שהמשרד לא הקפיד לקיים סבב מחזורי הוגן בחלוקת עבודות התכנון, כנדרש בתקנות חובת המכרזים, התשנ"ג-1993.
בבדיקה אף נמצאו מקרים שהמחוזות הציעו לוועדת המכרזים ללא דברי הסבר מתכננים בעלי עומס גדול, אף על פי שהיו במאגר מתכננים אחרים בעלי אותו תחום התמחות ואותה רמת התמחות אך בעלי עומס קטן יותר, ויש שהמחוז הציע מתכננים בעלי עומסי עבודה שונים משמעותית; ועדת המכרזים אישרה, ללא הנמקה, התקשרויות עם מתכננים בעלי עומס גדול אף על פי שהיו במאגר מתכננים באותו תחום ורמת התמחות בעלי עומס קטן יותר.
הוראות התכ"ם קובעות, כי החלטות ועדת המכרזים ונימוקיה יירשמו בפרוטוקול. נמצא, שוועדת המכרזים של המשרד לא הקפידה לפעול על פי עקרון השקיפות: בבדיקה של 100 פרוטוקולים של ישיבות הוועדה בשנים 2003-2004 נמצא, שב-94 מהם לא פורטו הנימוקים להחלטותיה.
מנהל מינהל התכנון וההנדסה במשרד (להלן - מנהל המינהל) מכהן כיו"ר ועדת המכרזים. מנהל המינהל השתתף בהליכי הבחירה של חברות שסמוך למועד כניסתו לתפקיד היה להן קשר עסקי עם חברה שהוא היה אחד מבעליה, אגב הפרת הסדר למניעת ניגוד עניינים שחתם עליו עם כניסתו לתפקיד. במקרה אחד פעל מנהל המינהל להסיר מגבלות שיאפשרו לחברה שעמה היה בקשר עסקי סמוך למועד כניסתו לתפקיד לבצע את העבודה בה זכתה במכרז. יצוין כי לבסוף לא נמסרה העבודה לאותה החברה.
על פי הוראות התכ"ם, כל משרד ממשלתי שמעסיק משרדי תכנון ינהל מאגר של מתכננים הכשירים לעבוד אתו, בחלוקה לפי מקצועותיהם והתמחותם המיוחדת. בבדיקת סדרי ניהולו של מאגר המתכננים של משרד השיכון הועלו ליקויים, ובהם: היעדר נימוקים לסיווג של מתכננים; היעדר מודל להערכת נסיונם המקצועי של מתכננים; סיווג מתכננים לתחום התמחות שאינו מתאים להכשרתם; היעדר הערכה שיטתית על פי אמות המידה שנקבעו בטופס ההערכה של המתכננים ועל פי חוות הדעת על המתכננים הניתנות לאחר שביצעו עבודות עבור המשרד.
משרד השיכון כלל משרד תכנון מסוים במאגר המתכננים בלא שעמד בתנאי הסף והעניק לו מעמד של "ספק יחיד" בתחומי הנדסת הכבישים והנדסת התנועה והתחבורה ביהודה, שומרון וחבל עזה, ללא חוות דעת של מנהל התחום הרלבנטי; מעמד זה ניתן לו מאחר שמשרד השיכון מסר לו במשך שנים עבודות בהיקף כספי גבוה לעומת משרדים אחרים בעלי אותו סיווג, שבמסגרתם הוא צבר מידע בסיסי בלעדי. בכך הביא המשרד ליצירת גורם בעל יתרון בתחום האמור ולתלות בו.
המשרד לא ניתח, על יסוד נתונים, את הקשר בין מחיר עבודות התכנון שנקבע בשיטת המכרז לבין איכות התכנון שמתקבלת בשיטה זו; ראוי שהמשרד יבחן מעת לעת את שיטות ההתקשרות שלו עם מתכננים בתחומים השונים, על יתרונותיהם וחסרונותיהם, לעומת דרכי התקשרות חלופיות.
מספר רב של משרדי ממשלה רוכש שירותי תכנון, ובהם: משרדי השיכון, הפנים, הביטחון, התחבורה, ומשרד האוצר. נמצא, כי אין מאגר מתכננים משותף לכלל משרדי הממשלה, ואין תעריפים אחידים לביצוע עבודות התכנון לסוגיהן. פעילות האחדה מעין זאת רוכזה בעבר על ידי החשב הכללי שבמשרד האוצר ולאחר מכן פסקה. ניהול מאגר מתכננים ומערכת תעריפים נפרדת בכל משרד ומשרד גורם לבזבוז משאבים ציבוריים (תקציב, כוח אדם, ציוד ועוד) ופוגע ביעילות תהליכי ההתקשרות עם משרדי התכנון.
תכנון פרויקטים כרוך בגורמי אי-ודאות רבים. עם זאת, חיוני מבחינת סדרי מינהל תקין להכין אומדנים של העלות המלאה של הפרויקטים ושל תזרימי התשלומים שיידרשו לביצועם. הבדיקה העלתה, כי אין המשרד נוהג לקבוע את אומדני עלות הפרויקטים עד לסיומם ואת תזרימי התשלומים שיידרשו לביצועם בשנים הבאות. המשרד גם אינו מציג את הנתונים האמורים לממשלה בשלב הגשת הצעת תקציבו השנתי לכנסת לקראת אישור ההצעה, והדבר פוגע בעקרון השקיפות.
באוקטובר 2001 פרסם המשרד מכרז פומבי לתפקיד מנהל המינהל (להלן - המכרז). התברר, כי המנכ"ל דאז של המשרד ראיין שניים מהמועמדים קודם הופעתם לפני ועדת הבוחנים. את האחד (להלן - המועמד הזוכה) ראיין בעקבות המלצה שקיבל ממנהל מחוז ירושלים של המשרד (להלן - מנהל המחוז), ואת האחר הכיר משירות מילואים משותף (להלן - המועמד הנוסף). על אף ששנים רבות היו לו קשרים עם המועמד הזוכה, שימש מנהל המחוז כבוחן במרכז הערכה של נציבות שירות המדינה לגבי קבוצת מועמדים במכרז, שאחד מחבריה היה המועמד הזוכה. המנכ"ל דאז שימש נציג המשרד בוועדת הבוחנים אשר בחרה את המועמד הזוכה במכרז, ולא דיווח לחברי ועדת הבוחנים בה השתתף, או לנציבות שירות המדינה, את המידע על פגישתו עם שניים מהמועמדים. הפעולות שנקטו המנכ"ל דאז ומנהל המחוז חרגו מכללי מינהל תקין ופגעו בעקרון שוויון ההזדמנויות.