בראשית שנות התשעים החל תהליך של הקלות בפיקוח על מטבע חוץ (להלן - מט"ח); במאי 1998 הונהגה ליברליזציה בפיקוח על מט"ח, וחל גידול ניכר בתנועות הון מישראל לחו"ל. בינואר 2003 הונהגה רפורמה במס, שעיקרה אימוץ שיטה של מיסוי פרסונלי, ולפיה הוטל מס על הכנסות של תושבי ישראל שמקורן בישראל ובחו"ל.
נציבות מס הכנסה ומיסוי מקרקעין (להלן - הנציבות) לא נערכה כראוי בעקבות הליברליזציה במט"ח לגביית המס המתחייב מתשלומים לתושבי חוץ: ועדה שמינתה הנציבות בשנת 2001 לעסוק בעניין זה, לא סיימה את עבודתה.
הנציבות לא הרחיבה את מאגר המידע שהיא מנהלת, כדי שיכלול מידע גם על הכנסות של תושבי ישראל שמקורן בהשקעות בחו"ל, בהתאם להמלצות של ועדה פנימית שאומצו על ידי הנציבות.
קיימת מחלוקת משפטית בין הנציבות לבין הבנקים לגבי היקף המידע שהנציבות רשאית לדרוש מן הבנקים על קשריהם העסקיים עם לקוחותיהם. במצב זה חסרה הנציבות מידע על השקעות של לקוחות הבנקים בחו"ל ועל ההכנסות שהן מניבות.
בשנת 1998 קבעה הנציבות הסדר לתקופת ניסיון של שנתיים עם כ-230 "חברות מיוחדות" ולפיו לא יידרש אישור מרשויות המס על שיעור הניכוי הנדרש מתשלומים שהן מעבירות לחו"ל. ההסדר הזמני הפך לקבוע בלי שהנציבות וידאה שהמס נגבה כיאות. ביקורות של משרדי השומה בקשר לניכויי המס בחברות אלה, לא נעשו על פי ההנחיות של מחלקת הניכויים שבנציבות.
בעקבות הליברליזציה שהונהגה בשנת 1998 התירה הנציבות לבנקים שלא לבקש עוד מסמכים מאמתים בדבר מהות התשלום, ממי שמבקשים להעביר תשלומים לחו"ל באמצעותם. הנציבות לא קבעה אמצעי בקרה חלופיים שיבטיחו כי התשלומים המועברים לחו"ל באמצעות הבנקים נבדקו וסווגו במדויק, כדי שינוכה מהם המס המתחייב, בעת הצורך.
הנציבות לא הייתה ערה לכך, שנישומים שמנכים מס במקור אינם מדווחים בדוחות השנתיים שעליהם להגיש לה על תשלומים ששילמו לתושבי חוץ ועל המס שנוכה מהם; אי-הדיווח על תשלומים אלה אינו מאפשר לנציבות לבדוק אם נוכה מהם מלוא המס המתחייב.
הנציבות ומשרדי השומה אינם בודקים מידע המצוי אצלם על אישורים שניתנו לנישומים בדבר שיעור המס שיש לנכות במקור מתשלומים ששילמו לתושבי חוץ; כדי לאתר אישורים שלכאורה לא נקבע בהם שיעור המס המתחייב, על פי מהות התשלום והוראות אמנה למניעת כפל מסים, אם הייתה כזו.
הנציבות אינה בודקת את ההתאמה בין הדיווחים החודשיים לדיווחים השנתיים שחייבים להגיש לה מי שמנכים מס במקור. עקב כך אין ביכולתה לאתר מקרים שבהם לא הועבר לה המס שנוכה.