השירות הציבורי מושתת על עובדים קבועים שאינם מתחלפים כל אימת שמתחלף השר הממונה עליהם, ומתמנים לתפקידם על פי כישוריהם המקצועיים ללא קשר לשיוכם הפוליטי. אחד החריגים לכלל זה הן משרות העובדים בלשכות שרים וסגני שרים, המכונים לעתים משרות אמון. משרות אלה נועדו לאפשר לשרים להסתייע בלשכותיהם בעובדים שמינו לפי שיקול דעתם ועל פי מידת האמון האישי שהם רוחשים להם. במאי 2004 היה התקן המאושר לעובדים אלה, בכלל משרדי הממשלה, 370 משרות, ובפועל היו מאוישות 325 משרות. עלות השכר החודשית להעסקתם הייתה כ-3.2 מיליון ש"ח. ברוב המקרים אוישו משרות האמון באנשים ממפלגתו של השר.
בדיקת סדרי המינוי וההעסקה של עובדים במשרות אמון במשרדי ממשלה אחדים (להלן - המשרדים שנבדקו) העלתה, כי נציבות שירות המדינה (להלן - הנציבות) ומשרדי הממשלה שנבדקו לא הסדירו נושאים מרכזיים העוסקים בענייני עוזרים ויועצים בלשכות שרים, עד תום הביקורת.
הנציבות קבעה תקנים אחידים למשרות אמון לשרים, לסגני שרים ולשרים בלי תיק וככלל אישרה להעסיק את המספר המרבי המאושר של עובדים אלה בלי הבחנה עניינית בין המשרדים. הנציבות גם לא עמדה בכללים שקבעה, ולעתים אישרה חריגה מהמספר המרבי של העוזרים והיועצים או מרמת השכר המרבית המאושרת.
למרות מספרם הרב של היועצים והעוזרים במשרות האמון, תחומי עיסוקם וסדרי עבודתם לא הוגדרו: הנציבות לא קבעה למשרות אלה תיאור תפקיד ודרישות משרה; במשרדים שנבדקו תפקידיהם נקבעו בידי השרים ולא נמסרו לידיעת הסמנכ"ל למינהל ולמשאבי אנוש או לדרגים המקצועיים במשרד.
המשרדים שנבדקו לא אכפו על עובדים במשרות אמון את הסייגים והמגבלות על פעילות מפלגתית הקבועים בחוק שירות המדינה (סיוג פעילות מפלגתית ומגבית כספים), התשי"ט-1959 והתקשי"ר: לא כל העובדים נדרשו להפסיק להיות חברים בגוף בוחר; וחלקם עסקו בפעילות מפלגתית מובהקת וישירה לקידום עניינים פוליטיים של השר.
גם במישור המקצועי לא אכפו המשרדים שנבדקו, במידה מספקת, על היועצים והעוזרים במשרות האמון את המגבלות שתכליתן הפרדה בין הדרג הפוליטי לדרג המקצועי במשרד: במשרדים אחדים התערבו היועצים בפעולות ביצוע שבאחריות הגורמים המקצועיים של המשרד, בעיקר בנושאי כוח אדם, כספים ובטיפול פרטני בפניות ציבור. מרבית המנהלים הבכירים במשרדים שנבדקו ציינו, כי אין בידם די כלים למנוע התערבות של היועצים בהליכי הביצוע והצביעו על אי בהירות ביחסי הגומלין בין היועצים לדרגים המקצועיים.
במרבית המשרדים שנבדקו לא נמצא תיעוד לעבודתם של היועצים והעוזרים במשרות האמון. נוכח היעדר הגדרות תפקידים ונהלי עבודה בינם ובין הגורמים המקצועיים, לא ניתן לדעת במה בפועל עסקו היועצים בלשכות השרים, ובאיזו מידה הם סייעו לשר בניהול ענייני המשרד ובקביעת מדיניותו.