בסוף שנות השמונים נקלעו קיבוצים ותאגידים רבים הקשורים לשתי התנועות הקיבוציות הגדולות למשבר כלכלי ופיננסי עמוק. כדי לטפל במשבר הגיעו המדינה, הבנקים והתנועות הקיבוציות בשנת 1989 להסדר, ולפיו נתנה המדינה לבנקים מענקים לשם מחיקת חובות הקיבוצים. גם הבנקים מצדם מחקו חובות לקיבוצים, ופרסו את החזרי החובות שלא נמחקו לזמן ארוך, כנגד פיקדונות שהעמידה המדינה לרשותם. הסדר זה לא פתר את המשבר, ובשנת 1996 הגיעו הגורמים שחתמו על ההסדר הראשון להסדר משלים, ולפיו שוב נתנה המדינה מענקים לבנקים לשם מחיקת חובות הקיבוצים, והבנקים שוב מחקו חובות ממקורותיהם. כדי להקטין את הסיכונים שאליהם היתה חשופה המדינה הנובעים מההסדר המשלים יזמה המדינה את תיקונו בשנת 1999.
הסכום הכולל של חובות הקיבוצים שנמחקו הגיע (במחירי דצמבר 2004) לכ-18 מיליארד ש"ח. חלקה של המדינה במחיקת החובות, ובכללם חלקה במחיקת החובות שנמחקו ע"י הבנקים שהיו בבעלותה בעקבות הסדר המניות הבנקאיות, הגיע לסכום של כ-16 מיליארד ש"ח. בתמורה ויתרו הקיבוצים במסגרת ההסדר המשלים על זכויות חכירה בקרקע חקלאית בעלת פוטנציאל לשינוי ייעוד בשטח של כ-19,100 דונם. ייעודו של חלק קטן מקרקעות אלה שונה והקרקע נמכרה, ותמורתה קיבלו המדינה והבנקים 205 מיליון ש"ח.
בשנים 1990-1993 העמידה המדינה לבנקים פיקדונות לשם מתן הלוואות פריסה לקיבוצים, בעלות גיוס ממוצעת של איגרות חוב סחירות. מתן הפיקדונות היה כרוך בסיכון שלא ייפרעו על ידי הבנקים ובהוצאות של גיוס ההון לפיקדונות ולניהולם. המדינה העמידה את הפיקדונות לבנקים בלי לגלם בסכום הריבית את פרמיית הסיכון הכרוכה בכך ואת ההוצאות הנלוות. אחד הבנקים, בנק החקלאות בע"מ, אכן אינו עומד בתנאי החזר הפיקדונות למדינה, שהסתכמו בדצמבר 2004 בכ-377 מיליון ש"ח, ויש חשש שלא יוכל להחזירם כלל.
כבר בהסדר הראשון לא מילאו התנועות הקיבוציות אחר התחייבותן להעמיד מקורות כספיים בסכום כולל של 785 מיליון ש"ח (2,291 מיליון ש"ח במחירי דצמבר 2004), ולכן נאלץ משרד האוצר יחד עם הבנקים (שעיקר הבעלות עליהם הייתה בידי המדינה), להגדיל את סכום הסיוע בהסדר המשלים.
כל קיבוץ שהצטרף להסדר המשלים חתם על כתב התחייבות לסיוע הדדי, ובו התחייב להמחות למדינה ולבנקים 25% מזכויותיו בתנובה. בפועל חלקה של המדינה אמור להגיע לכ-6% מסך כל מניות תנובה. עד ינואר 2006 טרם חתמו 21 קיבוצים (מתוך 210) על כתב התחייבות זה. חלוקת הרווחים של תנובה מקטינה את שוויה ואת שווי המניות שתקבל המדינה בעת הנפקתה. בשנים 1999-2000 חילקה תנובה רווחים, וחלקה של המדינה בהם היה עשוי להיות 3.3 מיליון ש"ח. העובדה שמשרד האוצר והמטה לא הסדירו במפורש את זכויותיהם לתקופה שלפני הפיכת תנובה לחברה פגעה בזכויות העתידיות של המדינה.
גם לאחר שני הסדרי סיוע שניתנו לקיבוצים, לא עמדו כרבע מהם בפירעון חובותיהם, עובדה המעלה ספקות אם אכן הושגה (לגבי חלקם), אחת המטרות העיקריות של ההסדרים - הבראת הקיבוצים.