מאז שנת 1989 התקיימו דיונים ונעשו פעולות במשרדי האוצר והתחבורה, ברשות החברות הממשלתיות (להלן - רשות החברות) ובאל על במגמה לקדם את הפרטת חברת אל על נתיבי אויר לישראל בע"מ (להלן - אל על). לשם הגנת האינטרסים החיוניים של המדינה הוחלט שהדבר ייעשה באמצעות מניית מדינה מיוחדת (להלן - מניית מדינה). הכנת נוסח המניה החלה בתחילת שנות התשעים של המאה העשרים, ובשנת 1995 אישרה ועדת השרים לענייני הפרטה (להלן - ועדת השרים) נוסח סופי ומלא שלה. עם חידוש המאמץ להפרטת אל על בסוף שנות התשעים גיבשה רשות החברות נוסח מתוקן של מניית מדינה. ב-1.5.03 החליטה ועדת השרים להגן על עניינים חיוניים של המדינה באל על באמצעות מניית מדינה. ביום 10.6.03 הונפקו מניות אל על לציבור בדרך של הצעת מניות רגילות והצעת מכר של מניותיה על ידי מדינת ישראל. ביוני 2004 ירד שיעור מניות אל על שבידי המדינה אל מתחת ל-50%, והחברה חדלה להיות חברה ממשלתית כמשמעותה בחוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975 (להלן - חוק החברות הממשלתיות).
רק לאחר ההנפקה, בפברואר 2004, התריע משרד הביטחון כי ההגנה על ענייניה החיוניים של המדינה באל על באמצעות מניית המדינה מוגבלת וביקש לתקן זאת.
בדיון שהתקיים בסוף פברואר 2004 אצל מנהל רשות החברות בהשתתפות המשנה ליועץ המשפטי לממשלה ונציגי משרדי הביטחון והתחבורה, שירות הביטחון הכללי והממונה על ההגבלים העסקיים נדונה האפשרות להוציא צו המחייב שצוות האוויר של צי הברזל יהיה ישראלי כדי להבטיח שיהיה אפשר לגייסו בשעת חירום. נמצא כי לא הוכן פרוטוקול של ישיבה חשובה זו ולא הוצגו בישיבה ניירות מטה המנתחים את העדיפות של הוצאת הצו על פני הכנסת שינויים ברישיון ההפעלה המבצעית של אל על. כמו כן לישיבה זו לא הוזמנו נציגי מינהל התעופה האזרחית, שהוא הגוף האחראי למתן רישיון ההפעלה, כדי להציג את עמדתם בנושא.
רשות החברות ומשרד התחבורה לא עמדו על כך שברישיון ההפעלה המבצעית של אל על לא נכללה הדרישה להעסיק צוותי אוויר ישראליים כפי שהיה בתוקף עד 2002.
אין במשרדי מינהל התעופה האזרחית מסמכים המצביעים על השיקולים שבגללם הושמטה מהרישיון של אל על הדרישה להעסיק צוותי אוויר ישראליים. אין גם מסמכים המלמדים מי היו הגורמים במינהל התעופה האזרחית ומחוץ לו שנועצו בהם בתהליך השינוי. היעדר המסמכים והעובדה שלא כל הגורמים הנוגעים בדבר שותפו בשינוי תנאי הרישיון מצביעים על תהליך קבלת החלטות לקוי במינהל התעופה האזרחית.
רשות החברות ומשרד התחבורה לא שיתפו את מינהל התעופה האזרחית, בתהליך קבלת ההחלטות על הפרטת אל על, אף על פי שהמינהל משמש גורם פיקוח בתחומים שונים, ובהם הענקת רישיונות, היתרים ואישורים בתחום התעופה האזרחית לפי דיני הטיס, ומייעץ לשר התחבורה בתחומים הקשורים לתעופה האזרחית.
עמדת מערכת הביטחון, שקיבלה ביטוי במניית המדינה, נקבעה בלי שנבחנה העלות למדינה של הבטחת יכולת הובלה אווירית בעתות חירום, ובלא שנעשה ניתוח עלות-תועלת בעניין זה, אף על פי שעוזר ראש אג"ת לתכנון בצה"ל המליץ על כך עוד ביוני 2001. יתר על כן, ניתוח חשוב כזה לא נעשה לא ברשות החברות ולא במשרד התחבורה לפני קביעת תנאי מניית המדינה.
עד יולי 2005 לא נקבעו מנגנוני פיקוח ובקרה נאותים, ובכלל זה ביצוע בדיקות בעין, לשם שמירה על ענייניה החיוניים של המדינה באל על.
לא נמצאו מסמכים שיש בהם כדי להסביר מדוע ערב פרסום תשקיף ההנפקה של מניות אל על הפחית שר התחבורה דאז מר אביגדור ליברמן את השיעור המזערי הנדרש של מניות אל על שבבעלות ישראלים מ-76% ל-51%.
למרות הערות שהעיר מבקר המדינה כבר באוקטובר 2000, גם לקראת ההנפקה של מניות אל על בשנת 2003 לא הכינו רשות החברות ומשרד התחבורה מסמכי בדיקה המלמדים כיצד התמורה הצפויה ממכירת מניות אל על, תושפע מהקצאת מניית המדינה, ומההגבלות שהיא מטילה על החברה כדי לשמור על העניינים החיוניים של המדינה.