בנק ישראל הוא תאגיד סטטוטורי ייחודי שהוקם בחוק בנק ישראל, התשי"ד-1954, ובו נקבעו, בין היתר, תפקידיו וסמכויותיו של הבנק; הגופים שינהלו אותו והרכבם; וסדרי האישור של תקציבו. הבנק שונה מתאגיד סטטוטורי "רגיל" בין השאר בכך שלא קיימת זיקה בין בנק ישראל לשר מסוים. מטעמים אלה מוקדש לו פרק נפרד מהדוח הכללי על הליכי משמעת בתאגידים סטטוטוריים.
בחודשים אפריל-אוקטובר 2005 בדק משרד מבקר המדינה לסירוגין את הליכי אכיפת המשמעת בבנק ישראל.
1. הנהלת בנק ישראל החליטה עוד בספטמבר 1994 לפעול להחלת חוק שירות המדינה (משמעת), התשכ"ג-1963 (להלן - חוק המשמעת) על עובדי הבנק. בעקבות מגעים שהתנהלו בין בנק ישראל למשרד המשפטים ולנש"ם גובשה באוגוסט 1999 הצעת החלטה לממשלה להחלת חוק המשמעת על הבנק, אך היא לא הוגשה לממשלה. במועד סיום הביקורת, אוקטובר 2005, לא הסתיים הטיפול בנושא.
2. נמצא כי מערכת הנורמות בנושא משמעת בבנק ישראל לוקה בחוסר פירוט, וחסרים בה כללים ונהלים המסדירים את נושא המשמעת בתאגיד, ובכלל זה חסרים נהלים וכללים בדבר סדרי הבירור והחקירה של תלונה או חשד לעבירת משמעת; סדרי הטיפול בתלונות שיש בהן חשד לעבירות פליליות, לרבות העברת תלונה למשטרה; סדרי הדיווח להנהלת הבנק על מצב המשמעת בארגון; נוהלי התיעוד והשמירה של מידע הנוגע לעבירות משמעת.
3. כאשר מוגשת לגוף בשירות הציבורי תלונה כל שהיא, לרבות תלונה אנונימית, סדרי מינהל תקין מחייבים שהגורמים המוסמכים בארגון ייתנו את הדעת על הטענות שהועלו בתלונה ויכריעו באשר לאופן הטיפול בה. אפשר שיוחלט שלא להמשיך בטיפול משום שהמידע המובא בתלונה מופרך או משום שהיא נראית קטנונית וקנטרנית; אפשר שיוחלט להתחיל בבדיקה סמויה של התלונה או בבדיקה גלויה שלה בארגון עצמו; ואפשר שיוחלט להעביר את התלונה לחקירת המשטרה. בכל מקרה, תהליך הטיפול בתלונה, תהא אשר תהא ההחלטה בעניינה, חייב להיות מנומק ומתועד. אולם, הבדיקה בבנק העלתה שלגבי 11 מ-26 תלונות שהוגשו בשנים 2000-2005 נגד עובדי בנק ישראל, לא התקבלה החלטה של גורם כלשהו, באשר לאופן הטיפול בתלונה, והתלונות לא טופלו.
4. מתלוננים שמסיבה כלשהי חוששים להזדהות מגישים תלונות בעילום שם - תלונות אנונימיות. לדעת משרד מבקר המדינה כללי מינהל תקין וחובת הנאמנות של הרשויות הציבוריות כלפי הציבור מחייבים לטפל גם בתלונות כאלה, ואם לאחר בירור ראשוני הוחלט שלא לבדוק תלונה מסוימת - יש לנמק זאת ולתעד את ההחלטה. בדיקה בבנק ישראל לגבי הטיפול בתלונות אנונימיות העלתה שבשנים 2000-2005 התקבלו בהנהלת הבנק עשר תלונות אנונימיות שנסבו, בין השאר, על ענייני משמעת; חמש מהתלונות לא נבדקו, ותלונה אחת נבדקה רק באופן חלקי.
5. ריכוז המידע על תלונות יספק תמונה מהימנה על ממדי התופעה של הפרות המשמעת, על סוגיהן, שכיחותן, חומרתן וצעדי האכיפה שנקטו בעקבותיהן, ועשוי לסייע בהערכת ממדי התופעה ומידת האפקטיביות של צעדי האכיפה והמניעה הננקטים כדי להביא לצמצומה. כמו כן הוא עשוי לשפר את הבקרה על הנעשה בתחום המשמעת בבנק.
הועלה כי בבנק ישראל אין רישום מלא ומרוכז של הנתונים על הפרות משמעת; כמו כן אין בבנק מעקב אחר הטיפול בהליכי המשמעת שננקטו.