דלדול הקרקע וירידה מתמשכת בפוריותה הם בעיה כלל עולמית, ומאז ומתמיד נעשו ניסיונות להתגבר עליה. פוריות הקרקע נפגעת בעיקר מסחף של שכבת הקרקע העליונה ומהמלחה וזיהום שמקורם באיתני הטבע ובפעולות אנוש. הדלדול גורם לצמצום מגוון הגידולים ולהפחתת היבול החקלאי. עיבוד לקוי של הקרקע ופעולות הסחף ממעיטים את חלחול מי הגשם, פוגעים בניקוז הטבעי וגורמים להפצת שרידים של חומרי דישון והדברה למקומות בלתי רצויים. הנזק השנתי המצטבר ממניעת החלחול בלבד עקב עיבוד לא ראוי של הקרקע נאמד בישראל בכ-6.85 מיליון דולר. פעולות לשימור איכות הקרקע נועדו למנוע את דלדולה ולשמר את כושר הייצור שלה לטווח הארוך. במשרד החקלאות ופיתוח הכפר (להלן - משרד החקלאות, המשרד) פועל האגף לשימור קרקע וניקוז (להלן - האגף). תפקידיו של האגף הם: לשמור על הקרקעות החקלאיות במדינה כאמצעי ייצור, למנוע בהן את הסחף, להעלות את רמת הפוריות של הקרקע ולספק נתוני יסוד לתכנון חקלאי. משרד מבקר המדינה בדק בחודשים פברואר-נובמבר 2005 את יעילותו של האגף ואת סדירות פעילותו. הביקורת נעשתה במטה המשרד.
1. סקר קרקעות ארצי נועד ליצור מסד נתונים של הקרקעות על פי טיבן, להעריך את הפוטנציאל החקלאי שלהן, לקבוע את הגידולים המתאימים להן ולתחם את השטח הראוי לעיבוד חקלאי. סקר ארצי מצפון הארץ ועד הר הנגב נעשה לאחרונה ב-1954. על אף התמורות שחלו בפיתוח הארץ לא ביצע האגף סקר קרקעות ארצי חדש ומפורט באותה מידה שיספק נתונים עדכניים על שיעור סחף הקרקע ודלדולה. בהיעדר נתונים מעודכנים אין לאגף תמונה כוללת של הבעיות ואין הוא מסוגל לדרגן על פי חומרתן לצורך קביעת העדיפויות בהגדרת מדיניותו.
2. הגדרת מדיניותו של המשרד בעניין שימור איכות הקרקע חיונית לצורך גיבוש מסגרת לפעולותיו בנושא. ב-1988 גיבש צוות במשרד מסמך מדיניות לשימור קרקע שאושר בידי מנכ"ל המשרד דאז. משרד מבקר המדינה העלה כי מסמך המדיניות לא יושם ולא הומר באחר. גם במסמכי המדיניות הכוללת של המשרד בעניין עתידו של המרחב הכפרי, שנכתבו בשנים האחרונות, לא עלה כמעט עניין שימור הקרקע.
3. תכנית עבודה שנתית היא בסיס להקצאה וחלוקה של המשאבים הכספיים, משאבי זמן וכוח האדם הנחוצים למימושה. תכנית העבודה היא גם אחד המדדים של השגת היעדים המקצועיים והתקציביים ושל יעילותו של האגף. משרד מבקר המדינה העלה כי בשנים 2004-2005 לא היו לאגף תכניות עבודה שנתיות או רב-שנתיות, ועבודת האגף ומחוזותיו נעשתה ללא תכנון מוקדם.
4. מנתוני התקציב של האגף בשנים 2000-2005 עולה כי חלה ירידה ניכרת בתקציב הייעודי של האגף למענקים לשימור קרקע והוא קוצץ ב-2005 עד עשרה אחוזים בקירוב משיעורו חמש שנים קודם לכן. כתוצאה מכך הוקפאו הפעולות לשימור קרקע בראשית השנה כמעט לחלוטין וחודשו בעיקר עם הגדלת התקציב בסוף חודש אוגוסט 2005. הניצול התקציבי בשנים האחרונות היה נמוך, כ-50% בלבד, מה שמלמד על חוסר יעילות בתפקודו של האגף ועל היעדר יוזמות מצידו.
5. מאז קום המדינה נעשתה הפרדה בחוקים ובתקנות הנוגעים לענף הניקוז ולענף שימור הקרקע. כך יצאה נפסדת הראייה האגנית, המחייבת את שימור הקרקע כבסיס לניקוז, לאצירת מי הגשמים, למניעת הסחף ונזקיו ולהפחתת הנגר העילי. במרס 2003 מינה מנכ"ל משרד החקלאות ועדה בין-משרדית לליווי היישום של חוק ניקוז חדש, לרבות חקיקה בנושא שימור הקרקע. עד ספטמבר 2005 לא סיימה הוועדה את עבודתה.