ביולי 1968 החליטה הממשלה להקים את החברה לשיקום ולפיתוח הרובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים בע"מ (להלן - החברה), כדי לשקם את הרובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים (להלן - הרובע) ולפתחו כאתר לאומי, דתי, היסטורי ותרבותי בעל צביון מיוחד. החברה היא חברה ממשלתית, בשליטת המדינה. הרובע שוכן בשטח המנוהל בידי מינהל מקרקעי ישראל (להלן - המינהל). בשנת 1970 החכיר המינהל את הרובע לחברה בחכירה ראשית. את המבנים למגורים החכירה החברה בחכירת משנה לדורות למשתכנים ברובע, ואת שאר הנכסים החכירה בחכירת משנה לדורות או השכירה לפי העניין.
הבדיקה העלתה כי החברה אינה מנהלת את הנכסים שברשותה כראוי. נכסים רבים תפוסים בידי משתמשים בלא הסכם וזכויות חוכרי משנה, שהשתכנו בנכסים לפני שנים רבות טרם נרשמו על שמם.
עלותו של מיזם ברובע, שחזורו של בית הכנסת "החורבה", הנאמדת בכ-28 מליון ש"ח, לא פורטה למרכיביה. משרדי ממשלה המחויבים על פי החלטת ממשלה להעביר כספים למיזם זה, לא העבירו את חלקם לחברה.
תושבי הרובע סובלים ממחסור במקומות חניה, וזאת, בין היתר, עקב חלוקת תווי חנייה לאנשים שאינם תושבי הרובע. החניון ברובע מופעל בידי החברה, אולם הוא פועל בלא רשיון עסק, הנדרש על פי החוק, ובניגוד להחלטת בית המשפט. החברה תכננה מיזם לבניית חניון ומעליו מפלסים למסחר, אולם טרם הגישה תכנית לוועדה המקומית לתכנון ולבנייה. נוכח העיכוב בהגשת התכנית ונוכח מצוקת החנייה המתמשכת היה על החברה לבחון חלופות אחרות זה מכבר, אך הדבר לא נעשה.
החברה איפשרה לחוכרי משנה ולשוכרים להעביר לאחרים את זכויותיהם בלא הסכמתה, שלא כמוסכם בין הדיירים לבינה. זאת ועוד, החברה אינה אוכפת על חוכרי המשנה והשוכרים שימוש בנכסים על פי הייעוד שהוסכם עמם ולפי החוק, ואף אינה גובה דמי שימוש ראויים, על פי שימוש בפועל.
מאחר שהחברה אינה גובה חובות מרבים מן הדיירים, צברו כמה דיירים במרוצת הזמן חובות כבדים. לעתים החברה אינה יודעת מה סכום החובות הללו, והיא אף לא נקטה צעדים לגבות את החובות, או לפנות את הדיירים האמורים מהנכסים.
בשל חוסר המעש של החברה בגביית חובות במשך עשרות שנים, נגרם לחברה הפסד הכנסה ניכר, שסכומו נאמד על ידי הביקורת בכמה עשרות מיליוני ש"ח. הפסדים אלה לא מצאו את ביטויים במאזן החברה.
החברה פועלת גם מחוץ לרובע, הגם שכתב היועץ המשפטי לממשלה בחוות דעתו לפני שנים כי יש להתנות פעילות כזו בשינוי תזכיר ההתאגדות של החברה. האסיפה הכללית של החברה אישרה בשנת 1999 את שינוי התזכיר; השינוי טרם אושר בידי הממשלה.
הסכומים שכללה החברה בדוחות שלה כהפרשה לתביעות משפטיות נגדה או כהפרשה לחובות מסופקים נקבעו שלא על פי חוות דעת מקצועיות של היועץ המשפטי ורואה החשבון של החברה. החברה מפרטת בדוחותיה הכספיים רק את החובות השוטפים בלי ציון החובות שמקורם פיגור בתשלומים לחברה.
ניהול כוח האדם בחברה לוקה אף הוא בחסר: לא נמצאו בחברה פרטים על דרך גיוסם של העובדים, על כישוריהם ועל השכלתם.
דירקטוריון החברה ממלא את תפקידו פרק זמן ארוך בלא יו"ר, ובניגוד לכללי המינהל התקין.
בנובמבר 1982 המליצה הוועדה לענייני ביקורת המדינה לממשלה למזג שלוש חברות ממשלתיות בירושלים שעסקו בשיקום ירושלים ופיתוחה כדי לחסוך בכוח אדם ולייעל את העבודה. בינואר 1983 אישרה הכנסת את המלצת הוועדה. אולם, אחרי יותר מ-23 שנים מאז אישור הכנסת, טרם נמצאה דרך הולמת לפרק את החברה או חלופה שתאפשר את המשך קיומה.