בעיות התחבורה במטרופולין תל אביב מעסיקות את המדינה ואת ראשי הערים במטרופולין עשרות שנים. כבר ב-1973 החליטה ממשלת ישראל על הקמת רכבת תחתית בתל אביב, אך לא הוחל בתכנונה. כעשרים שנה לאחר מכן החלה עיריית תל אביב-יפו במהלכים להקמת רכבת תחתית בעיר. ב-1995 הצטרף משרד התחבורה למהלך, והוקמה מנהלה משותפת למשרד ולעירייה לשם ליווי תהליך בחינת היתכנות תוך כדי הרחבת מסגרת העבודה למטרופולין כולה. הממשלה הקימה ב-1997 את "חברת נת"ע - נתיבי תחבורה עירוניים להסעת המונים בע"מ" (להלן - נת"ע) על מנת שתסייע בהליכים להקמת מערך קווים לרכבת קלה במטרופולין תל אביב.
ב-1998 אושרה תכנית מתאר ארצית השומרת, בין השאר, זכויות דרך למערך קווים לרכבת הקלה. בשלב א' מתוכננים ארבעה קווים. הפרויקט לא הוכרז כפרויקט לאומי ולא ניתנו סמכויות הפקעה לגורם מרכזי אחד.
בעקבות אישור תכנית המתאר הוגשו תביעות, לפי חוק התכנון והבניה התשכ"ה-1965, בהיקף של מאות מיליוני ש"ח. נת"ע עשויה לשאת בעלות של 70% מסכום הפיצויים, אם התביעות תתקבלנה (בתשלום יתר הפיצויים אמורות לשאת הרשויות המקומיות שבתחומן תעבור הרכבת הקלה). התחייבות משרד התחבורה לשפות את נת"ע בגין דרישות הוועדות המקומיות לא אושרה על ידי משרד האוצר ולא תוקצבה.
רק ביולי 2000 נחתם הסכם בין שר האוצר ושר התחבורה ובין ראש עירית תל אביב-יפו על התוואי והטכנולוגיה של הקו הראשון - "הקו האדום" - שיצא מפתח תקווה דרך בני ברק, גבעתיים ותל אביב-יפו ויגיע לבת ים. באוגוסט 2000 אישרה ממשלת ישראל את תוואי הקו.
התכנון המפורט של הקו ארך מספר שנים. עלות הקמת ק"מ מסילה בתוואי התת-קרקעי ותחנה אחת יקרה פי ארבעה-חמישה מעלות הקמת ק"מ מסילה עם שתי תחנות על פני הקרקע. במהלך התכנון גדל התוואי התת-קרקעי משישה ק"מ לעשרה ק"מ, ועלות הקמת הקו גדלה בהתאם. עלות הקמת הקו מוערכת במיליארדי ש"ח. הפרויקט נבדק ונמצא שיש כדאיות כלכלית לביצועו. נת"ע העריכה כי הקמת הקו תארך כשש שנים.
באוגוסט 2000 אישרה הממשלה הקמת ועדת מכרזים בין-משרדית בראשות סגן החשב הכללי במשרד האוצר לבחירת זכיין לבניית והפעלת הקו בשיטת B.O.T. רק בנובמבר 2003 אישרה ועדת השרים לענייני כלכלה לפרסם בקשה לקבלת הצעות מחברות שעברו את שלב המיון המוקדם. ההתמודדות בין החברות היא, בין השאר, על שיעור המענק המבוקש מהמדינה ועל פרמטרים הנדסיים ופיננסיים.
החל מאוגוסט 2004 נדחה מועד קבלת ההצעות מהקבוצות, אשר אליהן פנתה הוועדה, מספר פעמים, ולאחרונה הוא נקבע לסוף פברואר 2006, כחמש וחצי שנים לאחר קבלת אישור התוואי על ידי הממשלה וכ-32 שנים לאחר החלטת הממשלה על הקמת רכבת תחתית במטרופולין תל אביב. ההפסד למשק מדחיית הקמת "הקו האדום" בשנה אחת מוערך במאות מיליוני ש"ח.
המדינה כיסתה את כל הוצאות נת"ע בגין פינוי השטח וקידום זמינויות לתוואי הרכבת, כ-300 מיליון ש"ח, ואת הוצאותיה בגין עבודות תכנון הנדסי וטכנולוגי והוצאות הנהלה, כ-348 מיליון ש"ח.
נת"ע התקשרה ב-1998 עם שלוש חברות, חברה ישראלית (להלן - חברה א') ושתי חברות זרות שהיו שותפות ב"מיזם משותף". ההתקשרות הייתה אמורה לסייע לה בניהול הפעילות התכנונית וההנדסית של הפרויקט. נת"ע העריכה את תקופת ההתקשרות ב-12 חודשים, אך בעת הביקורת היא עדיין נמשכה. עד סוף 2004 שילמה נת"ע לחברות כ-133 מיליון ש"ח.
בחוזה שחתמה נת"ע עם החברות השותפות במיזם נקבעו המטלות בצורה כללית: "ניהול הפרויקט, ניהול התכנון, בקרת הפרויקט, תיאום בין רשויות מקומיות". המטלות לא פורטו, דבר שפגע ביכולת לקיים בקרה על השלמת שלבי העבודה על פי התשומות והתפוקות בפרויקט.
באפריל 2000 אישרה נת"ע את המשך ההתקשרות עם החברות השותפות במיזם בתנאים הקבועים בחוזה עד השלמת כל מטלותיהן. מאז ההתקשרות הראשונה חלו שינויים רבים הן בהיקף ההתקשרות והן במהותה ובאופייה, ולמרות זאת לא עיגנה נת"ע בכתב את השינויים ואת הארכת ההתקשרות עם החברות השותפות במיזם, כנדרש על פי כללי מינהל תקין. עד ספטמבר 2005 לא נחתם חוזה התקשרות חדש.
בדצמבר 2000 אישרה נת"ע לשלם לחברות השותפות במיזם תוספת בשיעור 30% בעבור "תקורה ורווח קבלני" על עלות השכר של מהנדסים שיתקבלו לעבודה. בנת"ע אין מסמכים המבהירים איך נקבע שיעור התוספת. לא נמצא כי נת"ע בדקה את סבירות רכיבי התוספת או וידאה אם הם כלולים בסעיפי ההוצאות שהיא משלמת, בהתאם לסעיפים אחרים בחוזה.
"הקו האדום" הוא הקו הראשון במערך הקווים המתוכנן. במהלך תכנונו שילמה המדינה עבור ידע אשר עשוי לסייע לה גם בהקמת הקווים הנוספים. בעת ההתקשרות עם החברות השותפות במיזם העבירה למעשה המדינה באמצעות נת"ע לחברה פרטית את ליבת הפעילות ואת הידע שנרכש. מצב זה עשוי לפגוע בתפעולה העצמאי אם ייעשו שינויים מבניים במערך הארגוני והניהולי של הפרויקט.