בעקבות אכלוסה הנרחב והמואץ של רמת בית שמש גדל מספר השטחים הציבוריים ומבני הציבור שבתחום שיפוטה של עיריית בית שמש (להלן - העירייה), והיא החליטה להיעזר בשירותים קבלניים לצורך תחזוקתם השוטפת. בין היתר הוחלט שפינוי האשפה והטיאוט בעיר ייעשו בידי חברות קבלניות בפיקוח האגף לשיפור פני העיר ולתברואה. משרד מבקר המדינה בדק את התקשרות העירייה עם חברות קבלניות המספקות שירותים בתחום התברואה, ולהלן עיקרי הממצאים שהועלו.
טיאוט: במאי 2003 זכתה חברה א' במכרז פומבי של העירייה למתן שירותי טיאוט (מכני וידני) בבית שמש, אך ביצוע העבודה היה מלווה בתקלות רבות. העירייה לא פיקחה כראוי על חברה א' ולא השתמשה בסמכויות שהקנה לה ההסכם שחתמה עם החברה, ולפיכך היא אינה מצליחה לספק לתושבי בית שמש שירותי ניקיון רחובות ברמה נאותה.
הועלה, כי העירייה לא יכלה לעמוד בגובה התשלומים לחברה, בהיותה נתונה במצב כספי קשה, ולכן נאלצה במהלך ההתקשרות עם החברה לקצץ ב-25% את היקף העסקת החברה במתן שירותי הטיאוט ובניקיון העיר.
פינוי אשפה: בשכונות הוותיקות של בית שמש העירייה מפנה את האשפה בעצמה, והאשפה מועברת מהבתים לתחנת מעבר לפסולת שנמצאת באזור התעשייה הצפוני של העיר (להלן - תחנת המעבר). ברמת בית שמש, לעומת זאת, מנובמבר 1999 מפנה את האשפה חברה ב', והאשפה מועברת ישירות לאתר לסילוק פסולת.
העירייה לא קבעה נוהל עבודה לפינוי של האשפה בבית שמש הוותיקה; נוהל כזה הוא כלי חשוב לניהול פינוי האשפה, והיעדרו פוגע ביעילות הפינוי.
תפקודה של חברה ב' בכל הנוגע לתדירות פינוי האשפה ולניקיון השטח שסביב מכולות האשפה ברמת בית שמש היה לקוי. העירייה לא פיקחה כראוי על החברה, לא קבעה לה נוהל עבודה ולא התערבה בסדרי עבודות הפינוי, ועקב כך חזרו ונשנו הליקויים האמורים במשך כל שנות ההתקשרות עם החברה.
תחנת המעבר: העירייה הפעילה במשך שנים תחנת מעבר לפסולת באזור התעשייה הצפוני של בית שמש ללא תשתיות מתאימות, ובין היתר גרם הדבר לזיהום סביבתי. בעקבות התקנת תקנות רישוי עסקים (תחנת מעבר לפסולת), התשנ"ח-1998 נדרשה העירייה על ידי המשרד לאיכות הסביבה להכשיר בה תשתיות מתאימות; הכשרת התחנה הסתיימה ביולי 2001. החל באפריל 2002 מפעילה את תחנת המעבר חברה ב', שנבחרה במכרז שפרסמה העירייה. נמצא שהפעלת התחנה אינה נעשית בהתאם לתקנות אלו ולתנאי רישיון העסק.
תחנת המעבר פועלת במתחם פתוח ופולטת לסביבה ריחות ואבק, המהווים מפגע תברואתי. בקרבת התחנה הולך ומתפתח אזור מסחרי, והדבר מחייב לשדרג את התחנה ולבנות לה מבנה סגור כדי למנוע את פליטת הריחות והאבק או להעתיק אותה למקום אחר. ואולם העירייה לא שדרגה את התחנה ולא איתרה לה מקום חלופי.
ביולי 2004 הוגש נגד העירייה ובעלי תפקידים בה כתב אישום, שבו הואשמו, בין השאר, בהפעלת תחנת המעבר בלי תשתיות מתאימות ובתפעול לקוי של התחנה בשנים 1999 עד 2002. בפברואר 2005 הוגש כתב אישום גם נגד חברה ב' מאחר שהליקויים בתפעול התחנה נמשכו גם לאחר העברתה לאחריות החברה. במועד תום הביקורת, אפריל 2005, עדיין לא תוקנו הליקויים שבגינם הוגשו כתבי האישום.
עוד הועלה שהעירייה אינה עושה בקרה על תהליך שינוע האשפה באמצעים כגון שקילת האשפה ופיקוח על משאיות הנכנסות לתחנה ויוצאות ממנה, ולכן אינה יכולה לאמת את החשבוניות שמגישה לה חברה ב' בגין שירותיה.
פינוי פסולת בניין ועודפי עפר: חברה ג' עוסקת שנים רבות בפינוי פסולת בניין באזור בית שמש. נמצא כי בגלל היעדר אמצעי בקרה בתחנת המעבר העירונית, נצפו על ידי עובדי היחידה האזורית לאיכות הסביבה "שורק" משאיות של החברה שופכות בה פסולת בניין, ללא אישור, אף שהיא מיועדת לאשפה בלבד. כמו כן נמצא שהחברה מניחה מכולות מלאות פסולת מאתרי שיפוצים בצדי כבישים ובמפרצי חנייה, והמכולות מפריעות לתנועת כלי הרכב ומלכלכות את המקומות שהונחו בהן. העירייה והמשרד לאיכות הסביבה אינם בודקים אם מכולות אלה מפונות לאתר פסולת מוסדר.
עוד נמצא שבמשך שנים החברה משתמשת בשטחים שאינם שלה ושלא הורשו לשמש כאתרי פסולת או כאתרים לאיחסון מכולות. העירייה אינה משתמשת בכלי האכיפה העומדים לרשותה, כדי להפסיק פעילות זו.