בדצמבר 1993 הונחה אבן הפינה ליישוב מודיעין, וביולי 1996 החל אכלוסו. שטח השיפוט של העיר מודיעין-מכבים-רעות (להלן - מודיעין) משתרע על פני כ-56,000 דונם. מיום היווסדה גדלים אוכלוסיית העיר והיקף הבנייה בה במהירות.
נוכח הבנייה והקמת התשתיות המואצת, בדק משרד מבקר המדינה בין נובמבר 2004 למרס 2005 את הליכי הטיפול בפסולת בניין ובעודפי עפר בעיר מאז הקמתה. התברר כי מ-1995 עד 2003 הסתיימה בנייתם של כ-1,480,000 מ"ר בעיר מודיעין; בתקופה זו נוצרו בה כ-300,000 טון פסולת בניין, ורוב רובה נותר בתחומי העיר. בשטח השיפוט של מודיעין איתרה העירייה לפחות 16 אתרים פירטיים, אשר בהם הושלכה פסולת בניין. פסולת בניין שהופקרה בתחומי העיר מודיעין גורמת מפגעים סביבתיים, בריאותיים וכלכליים כגון סיכון מי התהום ופגיעה בנוף ובערכי טבע.
אין בידי עיריית מודיעין פתרון הולם לבעיית סילוק פסולת הבניין ועודפי העפר. הסדרת הטיפול בפסולת בניין לקויה כבר זמן רב; עיריית מודיעין אינה מקיימת פעולות פיקוח ואכיפה יעילות בנושא.
למרות איתור מקומות לעודפי עפר עוד בשנת 1998, מוסדות התכנון במודיעין לא פעלו לאישור אתרים מוסדרים לעודפי עפר בתחומי העיר.
"החברה הכלכלית לפיתוח מודיעין עיר העתיד בע"מ" (להלן - החברה הכלכלית) היא חברה עירונית, בשליטה מלאה של העירייה. החברה הכלכלית טיפלה, בין היתר, בנושא סילוק עודפי עפר ופסולת בניין בתחומי העיר מודיעין, ואף התקשרה עם חברה א' בנוגע להפעלת אתר לגריסת עודפי העפר של העיר. התנהלות החברה הכלכלית והמועצה המקומית ובהמשך עיריית מודיעין בנוגע להסדרת פינוי עודפי העפר ופסולת הבניין ממרחבי העיר לאתר הגריסה לקתה בחסר. כתוצאה מכך, בין היתר, נמשכת הטמנת פסולת הבניין ועודפי העפר בשטח השיפוט של הרשות המקומית ולא באתר מוסדר, כמתחייב. עד שנת 2004 החברה הכלכלית והעירייה לא פעלו להשגת האישורים וההיתרים הנדרשים על פי דין להפעלת אתר לטיפול בפסולת בניין ובעודפי עפר.
למרות החלטת המועצה המקומית מודיעין להקים תחנת מעבר לפסולת יבשה, התחנה לא הוקמה, ולכן ההתחייבות הכספית של המשרד לאיכות הסביבה בעניין זה בוטלה; במועד סיום הביקורת עדיין לא הוקמה בעיר תחנת מעבר לפסולת יבשה.
הוועדה המקומית לתכנון ולבנייה מודיעין אינה מפקחת על פינוי עודפי העפר לאתרים המורשים ואינה אוכפת זאת. העדר פיקוח ואכיפה מאפשר היווצרותם של אתרים פירטיים של עודפי עפר במודיעין. לוועדה המקומית אין מידע על כמויות עודפי העפר הצפויות בעבודות הטעונות היתר בנייה. העדר מידע פוגם ביכולת הפיקוח והאכיפה של העירייה וגורם לאובדן השליטה על הנעשה בתחום הטיפול בעודפי עפר.
לרשות עיריית מודיעין עומדים דברי חקיקה שונים אשר באמצעותם היא יכולה להתמודד עם מפֵרי החוק המזהמים את העיר בפסולת בניין ובעודפי עפר. למרות היתרונות הגלומים בניהול הליכים על פי חוק שמירת הניקיון, התשמ"ד-1984, נמנעה העירייה מלפעול מכוחו בשטח שיפוטה ולא הוציאה צווי ניקוי. גם המשרד לאיכות הסביבה לא הוציא צווי ניקוי בשטח השיפוט של עיריית מודיעין. נוכח כמויות פסולת הבניין ועודפי העפר הגדולות הפזורות בשטח השיפוט של מודיעין נעשה שימוש מוגבל יחסית גם בחוקי העזר העירוניים הרלוונטיים.
בפברואר 2003 קבעה הממשלה, בין היתר, כי שישה משרדים, ובהם משרד הבינוי והשיכון, יקצו בשנת 2003 שלושה מיליון ש"ח כל אחד למשרד לאיכות הסביבה לשם ניקוי השטחים המזוהמים בפסולת בניין ברחבי ישראל. המשרד לאיכות הסביבה ייעד חלק מתקציב זה לניקוי העיר מודיעין. במועד סיום הביקורת טרם הקצה משרד הבינוי והשיכון את הסכום למשרד לאיכות הסביבה, ועד מועד סיום הביקורת טרם החל ניקוי השטחים המזוהמים.
ניתן לנצל את עודפי העפר לשימושים שונים כמו למשל גריסה ומכירה של החומר הגרוס לשימוש בתעשיית הבנייה. למרות ניסיונותיה לא השכילה עיריית מודיעין לנצל את הפוטנציאל הכלכלי הטמון בעודפי העפר.