במשרד הביטחון (להלן - המשרד) פועלת מאז שנת 1959 יחידת הוצאה לאור (להלן - הוצל"א) במעמד של אגף. על פי הוראות המשרד יש לה ייעוד כפול:
"1. לייצר, לשווק ולמכור ספרים, חוברות וכתבי עת המוצאים לאור על ידי מערכת הביטחון.
2. לספק שירותי הוצאה לאור עבור גופי מערכת הביטחון (תכנון וביצוע של עבודות דפוס, צילום, כריכה, עריכה וגרפיקה)."
הגדרת תפקידיה העיקריים של ההוצל"א בהוראת המשרד רחבה יותר מהגדרת ייעודה האמורה, וכוללת, בין השאר, גם הפצה ומכירה של ספרים, חוברות, כתבי עת ופרסומים אחרים, שאינם מוצאים לאור על ידי מערכת הביטחון, וביניהם פרסומי ממשלה. ההוצל"א פועלת כמשק סגור המבוסס על הכנסותיו ממכירת ספרים ופרסומים, ומדמי טיפול (עמלות) בגין מתן שירותים לגופי מערכת הביטחון.
משרד מבקר המדינה ערך במחצית השנייה של שנת 2004 ביקורת על מספר תחומים מרכזיים בפעילותה של ההוצל"א משנת 2000 ואילך, בדגש על הייצור והשיווק של ספרים ובחינת מידת ההתאמה של פעילות זו לייעוד ולמטרות הליבה של משרד הביטחון, כפי שהוא מגדיר אותם. להלן עיקרי הממצאים:
1. זה ארבע שנים מסיימת ההוצל"א את שנת הפעילות שלה בהפסד תפעולי, שרובו נובע מפעילות ההוצל"א להספקת שירותים לגופי מערכת הביטחון. באוגוסט 2003 הנחה המשנה למנכ"ל המשרד, שאליו כפופה ההוצל"א, להתניע תהליך לבחירת גוף חיצוני, שיבצע בדיקה כלכלית של ההוצל"א. עד סוף שנת 2004 לא הותנע התהליך, וממילא גם לא נערכה בדיקה כאמור.
2. מגזר הספרים:
א. אין בהוראות המשרד או בנוהלי ההוצל"א כללים לעניין תהליכי קבלת ההחלטות ואמות מידה שלאורם על ההוצל"א לקבל את החלטותיה בנוגע להפקת ספרים, וביניהם, הגורמים המוסמכים לקבל את ההחלטות, נושאי הספרים וסוגיהם המתאימים להפקה על ידיה ואופן מימון הפקתם.
ב. אין בהוצל"א תיעוד שיטתי ומסודר של ההחלטות שהיא מקבלת, בין השאר, בעניין בחירת ספרים להפקה, גודל המהדורה הראשונה, אופן מימון ההפקה ושיעור התגמולים למחברים. בהיעדר הוראות ותיעוד סדורים, לא ניתן לעמוד באופן מלא על העקרונות, השיקולים ואמות המידה שלאורם מתקבלות ההחלטות. בהיעדרו של תיעוד שיטתי ומסודר מהישיבות בהן מתקבלות ההחלטות, יש כדי לפגוע הן בבקרה על ההחלטות של מערכת ההוצל"א ובמעקב אחר ביצוען והן בדפוסי המינהל התקין.
ג. נוכח מצבה הכלכלי של ההוצל"א, קיימת בה מגמה של הגדלת נתח ספרי הפקה עבור גורמים שאינם קשורים במערכת הביטחון ובנושאים החורגים מאלה ששימשו בסיס להקמתה - צבא וביטחון. מגמה זו מצמצמת את הזיקה של ההוצל"א אל מערכת הביטחון, מרחיקה את פעילותה מייעודה המקורי, כמוגדר בהוראות המשרד, וממטרותיו של המשרד, כפי שהמשרד מגדיר אותן.
ד. ההוצל"א מממנת הפקת ספרים, גם בעזרת סיוע כספי שמקורו הן בגורמים שמחוץ למערכת הביטחון והן בתקציב הביטחון. אין בהוראות המשרד או בנוהלי ההוצל"א כללים המסדירים את נושא הסיוע הכספי; וקבלתו מתקציב הביטחון אינה נעשית בהתאם למגבלות הקבועות בהוראות המשרד לעניין סדרי התמיכה מתקציב הביטחון בספרים שאינם צפויים להיות רווחיים.
3. מגזר הספקת שירותים לגופי מערכת הביטחון:
ההוצל"א גובה עמלה בגין השירותים שהיא מספקת לגופי מערכת הביטחון בלא שההצדקה העקרונית והכלכלית לעצם הגבייה ולגובהה נבדקו, בין השאר, אל מול עלותם בפועל של השירותים שהיא מספקת ויעילותם.