מדינת ישראל עוסקת בשיקום סוכנים שפעלו למענה בקהילת המודיעין וכן בשיקום אנשי צד"ל . הגוף המרכזי והממלכתי, אשר עוסק בכך הוא "המינהלת הביטחונית לסיוע" (להלן - מנב"ס), הפועלת במסגרת השב"כ. ברם, גם גופים אחרים בקהילת אגף המודיעין בצה"ל ובמוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים - עוסקים בשיקום סוכנים; וכן, למשרדי ממשלה (בעיקר, המשרד לקליטת העלייה ומשרד החינוך) ורשויות ציבוריות אחרות, חלק בפעילות שיקום הסוכנים ואנשי צד"ל.
מקור הסמכות לפעילות מנב"ס הוא החלטת ממשלה מ-1994 (ב/118) לשקם סוכנים, שבה נקבע, בין השאר, כי "הסדרי השיקום נעשים לפנים משורת הדין ומטעמים הומניטריים מובהקים", וכי "תפקידה של המינהלת יהיה לטפל בשאלות השיקום של הסייענים ויצירת בסיס לקיומם בישראל". בחלוף השנים נוספו לכך החלטות ממשלה, אשר נבעו בעיקר מן הצורך להתמודד עם בעיות חדשות שצצו, נוכח שיתוף הפעולה שקיימה ישראל עם צד"ל, כמו גם נהלים והנחיות עבודה של הגופים המשקמים.
בתקופה אוקטובר 2004 עד ספטמבר 2005, לסירוגין, ביצע משרד מבקר המדינה ביקורת בתחום שיקום הסוכנים ואנשי צד"ל, והטיפול במאוימים .
הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, בהתייעצות עם מבקר המדינה, החליטה שלא להניח פרק זה במלואו על שולחן הכנסת, ולפרסם רק את עיקרי התקציר שלו, לשם שמירה על ביטחון המדינה, בהתאם לסעיף 17 לחוק מבקר המדינה, התשי"ח-1958 [נוסח משולב].
בביקורת עלה, כי הגורמים השונים העוסקים במלאכה מבצעים פעילות נרחבת ומועילה, כדי לעמוד ביעדים, אותם הציבה ממשלת ישראל. ברם, עלו גם ליקויים בפעילות הגופים המשקמים ובמישקי הפעילות ביניהם.
לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי, כי ראשי קהילת המודיעין יבחנו מהי צורת השיקום המיטבית שיש לפעול בהתאם לה. ראוי, כי מסקנותיה של בחינה זו תובאנה לדיון ולאישור ועדת השרים לענייני ביטחון לאומי.
תחום חשוב בו עוסקת מנב"ס הוא תחום הדיור. מחד גיסא, זה תחום עתיר משאבים כספיים; מאידך גיסא, זה תחום משמעותי המסייע בשיקום סוכן. בתחום זה בלט, כי אין עדיין החלטה בנוגע לפתרון הדיור לאנשי צד"ל. לבד מכך, נמצא, כי דירות שהמינהלת רכשה באמצע שנות התשעים באותן שכונות, עמדו ריקות במשך שנים אחדות ובסופו של דבר הוצעו למכירה במחירי הפסד.
לצד זאת, בלטו ליקויים, בהם משמעותיים עד מאוד, הכרוכים בעבודת מנב"ס, כגוף השייך לשב"כ ומנוהל בידי ראש השב"כ, בהם כאלה המעידים על התנהלות המנוגדת לסדרי מינהל תקין, ויש לשרשם. כך, למשל: מנב"ס נמנעה מלדווח למשרד האוצר אודות מימוש תקציבה (כולל בעניין תקנים לא מאוישים); כמו כן, התגלו חריגות גדולות בין התקן לבין המצבה בנושא כוח אדם, כלי רכב וציוד. מנב"ס לא ביטלה תקנים עודפים בתחומים אלה, אלא השאילה אותם לגוף האב, השב"כ.
גם בעבודת אגף המודיעין שבצה"ל נתגלו ליקויים, אשר הבולטים בהם התמקדו באי-מילוי הוראות נוהל במקרים רבים; כמו כן, לוחות הזמנים בתכניות השיקום לא הוגדרו, ולא פורטה השיטה לבקרה ולמעקב אחר ביצוע השיקום.
בנוסף על אלה, בדק משרד מבקר המדינה את סוגיית "המאוימים". בעניינה עלה, בין השאר, כי אין בידי הוועדה לטיפול במאוימים הפועלת ביחידת מתאם הפעולות בשטחים, הסמכות או היכולת להחליט על מתן פתרונות למאוימים בתחומי מדינת ישראל החורגים ממתן היתר שהייה בישראל, כגון: בנושאי סיוע כלכלי, מציאת מקומות מגורים, תעסוקה, ובעזרה בקבלת שירותי רווחה ובריאות; עוד נמצא, כי פעילותה נתקלת בסחבת בטיפול בפניות, כך שמשך הזמן הממוצע למתן מענה לפונים, קרי, קבלת החלטה על ידי הוועדה, עמד על חודשים ארוכים (חצי שנה עד שנה, לדוגמה, בנובמבר 2004). יצוין, כי בית המשפט העליון מתח, לא אחת, ביקורת על אופי הטיפול ב"מאוימים", אף שזו לא הביאה עד כה לתיקונו.
בהיעדר פתרון הולם עד כה לסוגיית המאוימים, לדעת משרד מבקר המדינה, ראוי, כי שר הביטחון יבחן סוגיה זו ויביאה להכרעת ועדת השרים לענייני ביטחון לאומי בהקדם האפשרי, כדי למנוע המשך פגיעה בתנאי הקיום של המאוים ובני משפחתו, מחד גיסא ופגיעה אפשרית במדינה, מאידך גיסא.