1. אגרקסקו חברה ליצוא חקלאי בע"מ (להלן - אגרקסקו או החברה) היא חברה מעורבת, כהגדרתה בחוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975. מדינת ישראל מחזיקה במחצית אמצעי השליטה בחברה, והיתר מוחזק בעיקר בידי מועצות הייצור החקלאיות. אגרקסקו מובילה ומשווקת תוצרת חקלאית לחו"ל ומהתמורה שהיא מוסרת לחקלאים מגדלי התוצרת (להלן - המגדלים) היא מנכה את ההוצאות הכרוכות בכך וכן עמלה. לפי תקנון החברה היא אינה מפיקה רווחים ואם יהיו עודפים הם יתווספו לתמורה שמקבלים המגדלים או ישמשו לכיסוי גירעונות החברה.
2. את מרבית התוצרת החקלאית מובילה אגרקסקו לחו"ל בהובלה ימית. שנים רבות (עד שנת 2004) ביצעה אגרקסקו את ההובלה הימית בין היתר באמצעות שתי אניות קירור ישנות שחכרה מתאגיד חברות ספנות (להלן - תאגיד א'). בשנת 1997 החליטה אגרקסקו כי עקב מצבן של אניות אלה לא יהיה אפשר להשתמש בהן עוד זמן רב ויש להחליפן. ב-1999 החליטה אגרקסקו להתקשר עם חברת ספנות שוודית (להלן - החברה השוודית) במיזם משותף לבניית שתי אניות חדשות שיותאמו לצרכי אגרקסקו. התברר כי המאמצים שהשקיעה אגרקסקו בבחינת חלופות היו מועטים - היא הסתפקה בהעברת בקשה להצעה לשלוש חברות, ולא ניהלה עמן משא ומתן המשכי. עוד יצוין כי יוזם ההתקשרות עם החברה השוודית, ששימש כיועץ לאגרקסקו בנושא ההתקשרות ובניית האניות, עבד באותה עת בסוכנות שייצגה את החברה השוודית בישראל והיה ממונה על הקשר עמה. בעניין זה נמצא טעם לפגם. כמו כן, הדבר לא הובא לידיעת הדירקטוריון כראוי.
3. בשנת 2000, לאחר שהחברה השוודית חזרה בה מהתחייבותה להשתתף במיזם, חתמה אגרקסקו על הסכם עם חברה גרמנית ובו נקבע כי החברה הגרמנית תממן את בניית שתי האניות עבור אגרקסקו ותחכיר לה אותן ל-12 שנה בתמורה לדמי חכירה ותפעול שנתיים. ב-2004, לאחר שנשלמה בניית האניות, החלה אגרקסקו להוביל בהן תוצרת. בשנת 2005, עקב בעיות הנוגעות להפעלת האניות באמצעות החברה הגרמנית, הציעה אגרקסקו לתאגיד א' להחליף את החברה הגרמנית ולהחכיר את האניות לאגרקסקו במקומה. בסוף אותה שנה מכרה החברה הגרמנית את זכויותיה באניות לחברה שבשליטת תאגיד א'. נקבע שתאגיד א' יחכיר לאגרקסקו (באמצעות חברות שבשליטתו) את האניות ל-14 שנה, ובסופן אגרקסקו תרכוש אותן מידיו. הבדיקה העלתה כי אגרקסקו הפנתה את ההצעה האמורה רק לתאגיד א'.
לדעת משרד מבקר המדינה, בנסיבות העניין, עקב ההשקעה הניכרת הכרוכה בעסקה (שמסתכמת במאות מיליוני ש"ח) ועקב היותה עסקה ארוכת טווח, היה מקום שאגרקסקו תפעל לקבלת הצעות של כמה מציעים אחרים, אף שהיא אינה חייבת לבצע הליך מכרז פורמלי. אין זה מן הנמנע שבדיקת הצעות עם מספר מציעים וניהול משא ומתן עמם במקביל לניסיונה לפתור את הבעיות שנוצרו, היו מאפשרים לאגרקסקו בסופו של דבר להשיג תנאי התקשרות נוחים יותר.
4. במסמך שהגישה הנהלת אגרקסקו לדירקטוריון ובו הוצגה ההשוואה בין העסקה עם החברה הגרמנית לעסקה עם תאגיד א' לא צוינו כל ההיבטים הכספיים שמקורם בהבדלים בתנאי העסקות: לא הובהר שהערך המהוון של התשלומים לתאגיד א' בתקופת החכירה (לרבות תשלום עבור הרכישה בסוף תקופת החכירה) גבוה בכ-4 מיליון אירו מהערך המהוון של התשלומים לחברה הגרמנית. כמו כן לא הובהר שבמסגרת העסקה עם תאגיד א' אגרקסקו לא תקבל בתקופת החכירה ריבית (המוערכת בכ-2.7 מיליון אירו מהוונים) על מקדמה לרכישת האניות ששילמה לתאגיד א' עם ביצוע העסקה.
5. בעקבות העסקה בין אגרקסקו לתאגיד א' התברר לאגרקסקו שעליה לרשום בדוחותיה הכספיים את האניות האמורות כנכס. אולם אגרקסקו העדיפה להימנע מלעשות כן עקב מדיניות החברה שלא להחזיק אניות בבעלותה, ומאחר שאילו הייתה נרשמת בדוחותיה התחייבות לשלם דמי חכירה באירו תקופה ממושכת היא הייתה נחשפת לסיכון בגין הפרשי מטבע. כדי להימנע מרישום זה נעשה תיקון להסכם ולפיו אגרקסקו רשאית שלא לרכוש את האניות, תמורת תוספת עלות מסוימת. לפי חישובי משרד מבקר המדינה, תסתכם תוספת העלות שאגרקסקו תישא בה אם לא תרכוש את האניות בכ-6 מיליון אירו. יש להדגיש שתיקון ההסכם והיבטיו הכספיים לא הוצגו לדירקטוריון כדי שיבחן אם יש מקום לאשרו.
בעקבות הערות משרד מבקר המדינה נעשה בהסכם שינוי ולפיו בוטלה תוספת העלות האמורה ועדיין אגרקסקו אינה מחויבת לרכוש את האניות. בסוף נובמבר 2006, לאחר שנעשה בהסכם השינוי האמור, אישר הדירקטוריון את תיקון ההסכם.
6. על ההתקשרות עם נותן שירות להיעשות לפי נוהלי החברה ולפי סדרי מינהל תקין. ואולם, התברר כי סדרי העסקתו של היועץ החיצוני שאגרקסקו התקשרה אתו לצורך פיקוח על בניית האניות לקו בחסר: אגרקסקו לא חתמה עמו על חוזה התקשרות ולא קבעה כללים להעסקתו, ומנכ"ל החברה אישר לו בשנת 2006 שכר טרחה למפרע תמורת עבודתו בשנים 2006-2000 בסכום כולל של 300,000 דולר. כמו כן שילמה אגרקסקו בשש השנים האמורות את הוצאותיו של היועץ, שהסתכמו בכ-745,000 ש"ח. בהיעדר כללים אי-אפשר לוודא שיש יחס הולם בין שכר הטרחה שנקבע בעד הייעוץ ובין העבודה שנעשתה.
7. אגף תכנון, תקציב ובקרה של אגרקסקו ממונה על הכנת התקציב להוצאות ההובלה הימית. בתקציב מצוינים גם תעריפי ההובלה הימית המשמשים למימון הוצאות החברה, ולפיהם מחייבת החברה את המגדלים. בכל שנה מגיש האגף את התקציב להנהלת החברה ולדירקטוריון כדי שיקבע אם יש מקום לאשרו. על מנת לקבוע את התעריפים ליעדי ההובלה יש לחשב את הסכום הכולל של ההוצאות הצפויות על ההובלות לכל יעד ולחלקו במספר יחידות התוצרת (משטחים) שיש להוביל לאותו יעד. אשר על כן חשוב לקבוע מה הן ההוצאות על ההובלות לכל אחד מיעדי ההובלה הימית של התוצרת החקלאית ולוודא שהן נזקפו לחובת היעד הנכון. נמצא כי התקציב מוצג לפי סוגי ההוצאות ולא לפי הוצאות ההובלה הצפויות לכל יעד. עקב כך אי-אפשר לוודא שהתעריף שנקבע עבור כל יעד הוא התעריף הנדרש למימון הוצאות ההובלה הצפויות ליעד.
8. בסוף כל שנה, לאחר שהחברה מסכמת את הכנסותיה והוצאותיה באותה שנה, עליה להשוות בין הכנסותיה והוצאותיה בפועל לפי יעדי ההובלה ובין ההכנסות וההוצאות הצפויות שצוינו בתקציב לאותה שנה, ואם אין התאמה בין הסכומים האמורים עליה לחשב את ההפרשים ביניהם. הבדיקה העלתה כי החברה אינה עושה את ההשוואה האמורה לצורך בקרה על התקציב, אינה מנתחת את הכנסותיה והוצאותיה בפועל לפי יעדי ההובלה לעומת ההכנסות וההוצאות הצפויות לכל יעד לפי התקציב וממילא אינה מציגה נתונים אלה להנהלה ולדירקטוריון.
9. בתקציב הוצאות ההובלה הימית של אגרקסקו נכללת תוספת להוצאות. התוספת משמשת מקדם ביטחון, ונועדה להבטיח שאם ההוצאות בפועל בעד ההובלה הימית יהיו גבוהות מההוצאות הצפויות, יהיה אפשר לממנן. בתקציב לא הוצגה התוספת בנפרד ולא צוין הסבר על אופן החישוב של מקדם הביטחון ועל השפעתו על תעריפי ההובלה שבהם מחויבים המגדלים. יש להציג לדירקטוריון את התוספת להוצאות בשקיפות ובנפרד כדי שהוא יביאה בחשבון בעת שישקול אם יש מקום לאשר את תעריפי ההובלה.
10. באניות החדשות המובילות תוצרת חקלאית ליעד א' מובלת גם כמות גדולה של מטענים שאינם חקלאיים. מטענים אלה מובלים עבור חברות אחרות, והרווחים מהובלתם נועדו להקטין את עלויות ההובלה של התוצרת החקלאית, ובהתאם לכך להוזיל את תעריף ההובלה. התברר כי הרווחים הצפויים מהובלת המטענים האמורים אינם מקוזזים מהוצאות ההובלה הימית ליעד זה לצורך חישוב תעריף ההובלה הנוגע לו. הדבר לא הוצג בשקיפות הנדרשת בתקציב לשנת 2006.