ענף החלב הוא אחד הענפים המרכזיים בתעשיית המזון בישראל: ייצור החלב הגולמי בישראל הוא כ-1.1 מיליארד ליטר בשנה; במונחי מחיר לצרכן המחזור הכספי של מוצרי חלב הוא כ-7 מיליארד ש"ח בשנה.
בספטמבר 2003 החליטה הממשלה על צמצום המונופולין בענף החלב. היא הטילה על שר החקלאות ופיתוח הכפר ועל שר האוצר (להלן - השרים) למנות "ועדה ציבורית לבחינת הפיקוח על מחירי החלב ומוצריו לצרכן" (להלן - הוועדה) שתגבש המלצות, בין היתר לעניין "שיטת הפיקוח הרצויה על מחירי החלב ומוצריו לצרכן, הרכב סל המוצרים המפוקחים" ותגיש אותן לממשלה.
1. בהחלטתה קבעה הממשלה כי הוועדה תכלול נציג מהאקדמיה שיכהן כיו"ר הוועדה וחמישה חברים נוספים ובהם נציג ציבור בעל רקע בתחום החלב. את הוועדה מינו שר האוצר דאז, מר בנימין נתניהו, ושר החקלאות ופיתוח הכפר דאז, מר ישראל כץ. אך, בפועל הרכבה היה שונה מזה שקבעה הממשלה: ליו"ר הוועדה מינו השרים איש עסקים ומנהל חברות, מר רן קרול (להלן - יו"ר הוועדה) ונוסף עליו, ארבעה חברים בלבד. נציג ציבור בעל רקע בתחום החלב לא מונה כחבר בה. משרד האוצר ומשרד החקלאות ופיתוח הכפר (להלן - משרד החקלאות) והשרים הנוגעים בדבר לא ביקשו מן הממשלה אישור לשינוי ההרכב, והם לא דיווחו לה על כך. דבר זה נוגד סדרי מינהל תקין.
2. יו"ר ועדה ציבורית אמור להיות אובייקטיבי וחסר פניות, ועליו לשקול באופן ביקורתי ובלתי-תלוי את המסקנות ואת ההמלצות המקצועיות של היועצים - נותני השירותים, בטרם יחליט לקבלן או לדחותן. במקרה דנן אישר אגף התקציבים שבמשרד האוצר (להלן - אגף התקציבים) ליו"ר הוועדה להעסיק ממועד מינויו חברה שבבעלותו (להלן - חברה א') לשם מתן שירותי ייעוץ לוועדה. לצורך כך העסיקה החברה בתשלום את יו"ר הוועדה עצמו. העובדה שיו"ר הוועדה היה גם יועץ בשכר שלה הביאה אותו לידי ניגוד עניינים מובהק בשל תפקידו בוועדה מצד אחד ובהיותו יועץ לה מצד אחר. כמו כן, יכולת הפיקוח והבקרה שלו והאפשרות לשקול את רמת העבודה של נותן השירותים ואת תוצריה באופן בלתי-תלוי עלולה להיפגע. דבר זה איננו תקין מבחינה ציבורית, והיה בו כדי להביא לפגיעה ביכולת הבדיקה וההכרעה של הוועדה כולה. נוסף על כך, חוק חובת המכרזים, התשנ"ב-1992, קובע שעל המדינה חלה חובה להתקשר לביצוע עבודה או לרכישת שירותים במכרז. אך, שירותיה של אותה חברה נרכשו ללא מכרז ועל אף התנגדות משרד החקלאות להעסיק את חברה א'.
3. את אישורה של ועדת המכרזים המשרדית שבמשרד האוצר להעסקתה של חברה א' ביקש סגן הממונה על התקציבים דאז במשרד האוצר, מר אמיר לוי. אך, בקשתו הוגשה בספטמבר 2004, כתשעה חודשים לאחר תחילת עבודתה, ולאחר שרובה של העבודה כבר בוצע. בנוסף, ועדת המכרזים עצמה כשלה משום שלא הבחינה בניגוד העניינים שיו"ר הוועדה היה שרוי בו כאשר כיהן במקביל כיועץ לה.
4. סגן החשב הכללי במשרד האוצר וכן רכזת חקלאות באגף התקציבים אישרו לחברה א' תשלום בדיעבד של כ-360,000 ש"ח. הדיווח של החברה על העבודה לא כלל את ציון שעות העבודה בכל חודש ואת המטלות שביצעה; כמו כן, התעריף שאושר לה לתשלום היה גבוה מתעריפי התשלום ליועצים לניהול שקבע החשכ"ל עצמו. לפי חישוב של משרד מבקר המדינה, כתוצאה מהעדר בקרה ראויה החברה קיבלה לפחות 114,000 ש"ח יותר מן הסכום שהייתה אמורה לקבל.
5. בפברואר 2005 התפטר נציג משרד החקלאות מחברותו בוועדה, ובעקבות התפטרותו הוקפאה במארס 2005 פעילותה, על פי בקשת שר החקלאות. במקביל העביר יו"ר הוועדה באותו חודש לשרים את "טיוטת דוח הועדה". באוגוסט 2005 הגיש אגף התקציבים לשר האוצר הצעה להחלטת ממשלה (להלן - הצעת ההחלטה) הכוללת דברי הסבר בעניין שינוי הפיקוח על המחירים בענף החלב בהתבסס על "טיוטת דוח הועדה". באותו חודש אישרה הממשלה את הצעת ההחלטה. בהצעת ההחלטה צוין שהיא מתבססת על "מסמך המרכז את עבודת הועדה". מניסוח זה אפשר להבין שלכאורה אישרה הוועדה את "טיוטת דוח הועדה" ואף גיבשה ואישרה מסמך מרכז, ולא היא. הנוסח שהכין אגף התקציבים והניחו בפני הממשלה היה בו אפוא כדי להטעות.
6. לפי ההצעה שהגיש אגף התקציבים לממשלה ושאותה היא אישרה יהיו בפיקוח ארבעה מוצרי חלב בלבד. הצעת ההחלטה האמורה הסתמכה, בין השאר, על המלצות חברה אחרת (להלן - חברה ב') שבחנה עבור הוועדה את התחרות בשוק בין מוצרי החלב השונים. אולם חברה ב' המליצה להשאיר בפיקוח שישה מוצרים נוספים על אלה שנכללו בהצעת ההחלטה, אלא שאגף התקציבים לא הביא בדברי ההסבר את המלצתה המלאה של חברה ב'.
7. המלצות חברה ב' ניתנו לאגף התקציבים לאחר שמשרד החקלאות פרש מן הוועדה ולאחר הקפאת פעילותה כך שהן כלל לא נדונו בה. אולם עובדה זו לא צוינה בהצעת ההחלטה ובדברי ההסבר שהגיש אגף התקציבים לשר האוצר ולממשלה. כלומר, דברי ההסבר להצעת ההחלטה אותה הגיש אגף התקציבים, לא הציגו למקבלי ההחלטות את העובדות במלואן.