הפעילות העיקרית של "אגד, אגודה שיתופית לתחבורה בישראל בע"מ" (להלן - אגד או האגודה), היא הפעלת קווי תחבורה ציבורית עירונית ובין-עירונית. לאגד חברות בנות אשר גם להן חברות בנות, וכולן עוסקות בעיקר בנסיעות מיוחדות ובתיירות: "אגד תחבורה ציבורית בע"מ" (להלן - אגד תח"צ), "אגד היסעים ושיגור בע"מ" (להלן - אגד היסעים) "אגד החזקות בע"מ" (להלן - אגד החזקות), "אגד נכסים 2000 בע"מ" (להלן - אגד נכסים), "אגד תיור ונופש בע"מ" (להלן - אגד תיור), כל אלה בבעלות מלאה של אגד.
משרד התחבורה העסיק משרד רו"ח לצורך בדיקת הקשר בין אגד ובין אגד תח"צ. במרס 2003 הגיש לו משרד רואה החשבון טיוטת דוח על בדיקתו בעניין מחירי העברה של שירותים שניתנו על ידי אגד לאגד תח"צ. עד דצמבר 2003 טרם העביר משרד רוה"ח למשרד התחבורה דוח מסכם בעניין. נוכח חשיבותו, על משרד התחבורה לפעול לקבלתו בהקדם על מנת לסיים את הבדיקה ולקבוע אם קיים סבסוד צולב בין אגד ובין אגד תח"צ. במאזנה של אגד תח"צ לשנת 2002 נכללה התחייבות של כ-1.7 מיליון ש"ח לאגד בגין הלוואה שהנהלת אגד אישרה. אגד ואגד תח"צ לא הסדירו את תנאי התשלום בגין התחייבויות אלו בהסכם חתום.
לא נמצאו מסמכים המעידים על בחינת חלופות לקבלת שירות הסעות ממתחרים פעילים בשוק ההסעות על מנת לוודא שהשירות באמצעות החברה הבת הוא השירות המיטבי.
באוקטובר 2002 התקשרה אגד החזקות במזכר הבנות עם חמש חברות, שתיים מהן מישראל ושלוש מחו"ל, ועמן ניגשה לשלב הדירוג המוקדם במסגרת הליכי מכרז של רכבת קלה באזור תל אביב בשיטת B.O.T. (Build Operate Transfer), שפורסם על ידי מדינת ישראל.
תנאי המכרז חייבו את מגיש ההצעה בהון עצמי של 150 מיליון ש"ח. כדי לעמוד בתנאי זה, ועל מנת שחברת הבת שלה תוכל לגייס הלוואות מהציבור, החליטה אגד להעמיד לרשות אגד החזקות את ההון הדרוש. בין השאר, העבירה לה אגד מספר נכסים שהושכרו על ידה אח"כ לאגד תמורת דמי שכירות שנתיים בסך כ-8.4 מיליון ש"ח. בגין נכסים אלה נשאה אגד לפני כן רק בהוצאות פחת מבנה. פעולה זו עלולה להעלות את בסיס סל התשומות של אגד לקראת משא ומתן בינה ובין הממשלה כשיפוג תוקף הסכם סל התשומות, ב-31.12.05, מאחר שסל התשומות נקבע בעבר בהתבסס על ההוצאות התפעוליות של אגד למעשה ערב החתימה על הסכם חדש. לדעת משרד מבקר המדינה, היה ראוי שאגד תציג את העסקה למשרד התחבורה ולמשרד האוצר ותקבל מהם אישור מראש לקיימה.
משרד רואי החשבון דיווח למשרד התחבורה באוגוסט 2002 כי אגד סבסדה את אגד תיור בשנת 2001 בכ-3.5 מיליון ש"ח. עד מועד סיום הביקורת, דצמבר 2003, משרד התחבורה לא עמד על כך שאגד תקפיד לקיים את ההסכמים עם הממשלה ולא נקט צעדים כדי למנוע סבסוד זה, אף שחלפה כשנה מאז שהוגש דוח סופי בעניין זה.
בהתחייבות שנתנה חברת "מפעלי תחנות בע"מ" (להלן - מפעלי תחנות) למשרדי האוצר והתחבורה תמורת ביטול מניית האוצר לא אוזכר כלל אופן קביעת דמי השכירות שאגד תשלם עבור הנכסים החדשים שתשכור ממפעלי תחנות, על אף שבתמורה לביטול המנייה התחייבה מפעלי תחנות שלא להעלות את דמי השכירות. דמי השכירות שאגד משלמת למפעלי תחנות עבור נכסים חדשים נקבעו בהסכמה בינה ובין מפעלי תחנות ולא עפ"י קביעת שמאי מקרקעין.