חוק צער בעלי חיים (ניסויים בבעלי חיים), התשנ"ד-1994 (להלן - החוק), מתיר ניסויים בבעלי חיים אולם מתנה אותם בהיתרים ומטיל עליהם הגבלות כדי למזער את הסבל של בעלי החיים. על פי החוק, הוקמה מועצה לניסויים בבעלי חיים (להלן - המועצה) ונקבע שהיא תהיה ממונה על הניסויים, על מתן האישורים להם ועל הפיקוח על ביצועם. המועצה פועלת במסגרת משרד הבריאות. בשנת 2001 היא התקינה את כללי צער בעלי חיים (ניסויים בבעלי חיים), התשס"א-2001 (להלן - הכללים).
על פי החוק, את ההיתרים לביצוע ניסויים צריכה לתת ועדה שמינתה המועצה (להלן - הוועדה הארצית) או ועדות פנימיות של מוסדות שונים שהמועצה רשאית להתיר להם להקימן. נמצא, כי הוועדה הארצית לא התכנסה כלל במשך יותר משנתיים, מכיוון שיושב הראש שלה התפטר, והמועצה לא מינתה לו מחליף; בשל כך אישרה המועצה, בלי שקבעה קריטריונים בעניין זה, ועדות פנימיות כמעט לכל מוסד.
אחת לשישה חודשים אמורות הוועדות הפנימיות לדווח למועצה על ניסויים שהתירו ולהעביר אליה את כל הפרטים שאישרו; את הדיווחים בוחן יועץ מדעי מטעם המועצה. לא כל המוסדות הקפידו לשלוח למועצה את הדיווחים במועד. הערותיו של היועץ המדעי לא הועברו, לפי נוהלי העבודה של המועצה, לאישור יו"ר הוועדה הארצית ויו"ר המועצה ואף לא הובאו למליאת המועצה.
כדי להבטיח כי לא יתקיימו ניסויים שלא לצורך, התנה החוק את מתן ההיתר לביצוע ניסויים בניסיון מוקדם להשיג את מטרת הניסוי בדרכים חלופיות סבירות (להלן - החלופות). לשם כך פרסמה המועצה נהלים. ממסמכיה לא ניתן ללמוד אם הוועדות הפנימיות והחוקרים ממלאים אחר הנהלים האמורים. מאז הקמתה קיימה המועצה מספר רב של ישיבות בעניין החלופות ואף הקימה לשם כך גם ועדות מיוחדות, אך למעשה נושא החלופות לא התקדם הרבה במשך שמונה שנות כהונתה של המועצה.
על פי החוק, רק חוקר מוסמך שהוכשר בתחום מזעור הסבל לחיות מעבדה יהיה רשאי לבצע ניסויים בבעלי חיים. לפי הכללים, הכשרה כזו צריכה להיעשות במסגרת המוסד בקורס שאושר בידי המועצה. נמצא, כי המועצה לא הקפידה על כך שהמוסדות יעבירו לאישורה את תוכן הקורסים שהם מקיימים, ולמעשה אין היא יודעת אילו מוסדות מקיימים קורסים. המועצה גם לא קבעה מה צריך להיות היקף הלימודים המזערי בקורס, באילו דרישות צריך לעמוד משתתף בו וכד'. החוקרים אף אינם נדרשים בבקשות להיתר לעריכת ניסוי לציין איזה קורס הכשרה עברו.
שר הבריאות מינה רופא וטרינר שיהיה אחראי לפיקוח במוסדות. הווטרינר נהג לבדוק בעיקר את החזקת החיות ואת התפעול של בתי החיות ולא בדק כלל את הניסויים, אפילו לא את אלו שלגביהם היו ליועץ המדעי של המועצה השגות.
על פי החוק, המוסדות מדווחים למועצה אחת לשנה על הניסויים שנערכו בתחומם. רוב המוסדות דיווחו באופן מרוכז רק על המספר הכולל של בעלי החיים ששימשו לניסויים ולא פירטו לאילו ניסויים הם שימשו. המועצה אינה יודעת אילו ניסויים בוצעו בפועל, והיא אינה יכולה לבדוק אם החוקרים חרגו ממכסת בעלי החיים שאושרה להם. הדיווחים השנתיים שהעבירה אוניברסיטת בר אילן למועצה על המספר הכולל של בעלי החיים ששימשו לניסויים אף היו חלקיים.
המועצה הגדירה את תפקידי הוועדות הפנימיות וקבעה, בין היתר, כי עליהן לעקוב אחר הניסויים הנעשים במוסד, אולם היא לא הנחתה אותן כיצד לעשות זאת. למעשה אין המועצה יודעת אם מעקב כזה אכן מתקיים. באוניברסיטה העברית ובאוניברסיטת בר אילן נעשו ניסויים גם במעבדות החוקרים או בבתי חולים מסונפים ולא רק בבתי החיות. לא נמצא כל תיעוד על מעקב מסודר אחר ניסויים אלו.
על פי החוק, בכל מוסד שהוסמך לערוך ניסויים צריך להיות מועסק רופא וטרינר בעל תואר מומחה ברפואת חיות מעבדה, או רופא וטרינר שהוסמך לכך על ידי מנהל השירותים הווטרינרים במשרד החקלאות. המועצה לא ניהלה רישום בעניין ההסמכה של הווטרינרים ולא הקפידה על כך שלכל הווטרינרים במוסדות תהיה הסמכה בת תוקף. היא גם לא הקפידה שהווטרינרים יכתבו דוחות על ביקורי העבודה שלהם ויגישו אותם לווטרינר של המועצה, כנדרש.
הביקורת באוניברסיטת בר אילן העלתה, כי בשנים האחרונות היו לווטרינר המועצה הערות על מצבם הפיסי של בתי החיות באוניברסיטה ועל תפקודם הלקוי של העובדים; התברר, כי מצבם הפיסי של בתי החיות שופר, אולם הליקויים הנובעים מתפקוד לקוי של עובדי בתי החיות חזרו ונשנו.
המועצה לא קבעה כללים ברורים שימנעו מחבריה להימצא במצב של ניגוד עניינים. היא גם לא העבירה למוסדות הנחיות ברורות ומחייבות בעניין קשריהם של בעלי תפקידים בהם וחברי ועדות פנימיות עם גופים הקשורים לסחר בבעלי חיים.