בארץ פועלות כמה חברות העוסקות בשינוע דלק, זיקוקו ואחסונו, בייצור חשמל ובייצור המתבסס על תוצרי זיקוק (להלן - חברות תשתית האנרגיה). הדלקים המוחזקים באתרי החברות והדלקים המשונעים וכן תהליכי הייצור עלולים לגרום לזיהום האוויר, הקרקע, הים ומקורות המים.
על חברות תשתית האנרגיה מוטלת החובה למנוע היווצרות מפגעים סביבתיים בעת פעילותן. חובה זו מעוגנת הן בחקיקה הכללית והן בהוראות פרטניות שנקבעו לכל חברה בידי הרשויות המוסמכות כתנאי לקבלת היתר לפעילותה. בסמכותם של גופים ממשלתיים, כמו המשרד לאיכות הסביבה (להלן - המשרד) ונציבות המים (להלן - הנציבות) שבמשרד התשתיות הלאומיות, לקבוע הוראות שיבטיחו שחברות אלה ישמרו על איכות הסביבה. גופים אלה וכן רשויות רישוי (הרשויות המקומיות והממונה על המחוז במשרד הפנים, במקומות שהוא משמש בהם רשות רישוי) ואיגודי הערים לשמירת איכות הסביבה (להלן - איגודי הערים) שבתחומם מצויים מתקני החברות, אמורים לפקח על החברות כדי לוודא שהן ממלאות את הוראות החוק, ובמידת הצורך להשתמש בסמכויות האכיפה המוקנות להם בחוק.
נמצא, שחברות תשתית האנרגיה אינן מקיימות את מלוא החובות המוטלות עליהן כדי למנוע את זיהום הסביבה. חלק ממתקני החברות פעלו בלא רישיון עסק; החברות גם לא הקפידו על מילוי חלק מהתנאים שברישיונות העסק של האתרים שהיו להם רישיונות. ואולם המשרד, רשויות הרישוי ואיגודי הערים שמפעלי החברות נמצאים בתחומם, לא תמיד הפעילו את מלוא סמכויותיהם ולא אכפו על המפעלים לעמוד בדרישות החוקים ובהוראות שנקבעו להם.
נתוני הנציבות והמשרד על דליפות דלקים מבוססים על מקורות מידע שאינם שלמים, והדבר מעמיד בספק את מהימנותם. למשרד ולנציבות אין מערכת לאיסוף נתוני דליפות המאפשרת בקרה ואימות של הנתונים, ולנציבות גם אין מערכת ניטור ייעודית מקיפה, המאתרת זיהומי דלק במי התהום.
נושאי איכות הסביבה מחייבים תיאום ושיתוף פעולה בין כמה רשויות. במועד סיום הביקורת לא באה על פתרונה הסוגיה של רישוי עסקים לצנרת דלק, וזה שנים נמשכים חילוקי דיעות בשאלה אם את הרישיונות צריכה לתת רשות רישוי מקומית או רשות בדרג ארצי או מחוזי. בעניין מניעת זיהום המים חשוב במיוחד שיתוף הפעולה בין המשרד לבין נציבות המים, ואולם בגלל חילוקי דעות מתמשכים ביניהם על סמכויות, נפגעת יכולת הפיקוח והאכיפה שלהם. גם לאחר שנים של דיונים, טרם הסכימו המשרד והנציבות על תוכנן של תקנות למניעת זיהום המים מקווי צנרת דלק ומחוות מכלים, והתקנות לא הותקנו.
בקרבת אחד ממתקני הדלק המצוי על אחד האקוויפרים, נמצאים מתקנים להפקת מים שפירים המיועדים לשתייה ולהשקיה. בשנת 1987 התגלו במי התהום שבמתחם מזהמים שהתפשטותם מסכנת את איכות המים. בשנת 1992 החליטה הנציבות למנוע סיכון זה באמצעות יצירת חציצה הידרולוגית כוללת למתחם. החציצה הכוללת לא בוצעה, והנציבות הודיעה למשרד מבקר המדינה בסוף שנת 2003 שהיא מצדדת עתה בפתרון חלופי לבעיה האמורה. בנציבות לא נמצאו מסמכים המלמדים אם תכנית החציצה הכוללת אושרה או נדחתה ולא נמצאה החלטה בעניין הפתרון החלופי.
ממסמכי חברת החשמל לישראל בע"מ (להלן - חח"י) עולה, שבחלק מהצנרת של מתקניה המשמשים להזרמת דלקים לא נעשתה בדיקה תקופתית מקיפה מאז הקמתם. במתקנים של חח"י ושל חברת קו צינור אילת אשקלון בע"מ (להלן - קצא"א) היו בשנים האחרונות כמה דליפות של דלק שגרמו לזיהום הים או שפך נחל. המתקנים הימיים שמפעילה חברת תשתיות נפט ואנרגיה בע"מ (להלן - תש"ן) בחיפה נמצאים בתחום נמל חיפה. מנהל הנמל הודיע למשרד מבקר המדינה, כי הנמל אינו ערוך כראוי לטפל בדליפות דלק מאניות מכל הפוקדות אותו.
במועד סיום הביקורת לא הייתה המדינה ערוכה כראוי לטיפול בזיהומי ים חמורים מדלק. טרם הוגשה לאישור הממשלה "תכנית חירום לאומית למוכנות ולתגובה לאירועי זיהום ים מדלק", שעל פי החלטת הממשלה, אמורים היו המשרד וועדת היגוי שמונתה לעניין זה להגיש לאישור הממשלה עד אוקטובר 1999. מרבית המפעלים והגופים האחרים הקשורים לתכנית טרם הגישו את תכניותיהם המקומיות.
הרשויות המוסמכות לא אכפו על תש"ן וקצא"א את הוראות החקיקה הכללית הנוגעות לשמירה על איכות הסביבה ולא את התנאים הפרטניים בעניין פינוי של קרקע מזוהמת לאתרים מורשים שהמשרד דרש מהן.
מפעלי חברת בתי זיקוק לנפט בע"מ בחיפה ובאשדוד ומפעלי חברת גדיב תעשיות פטרוכימיות בע"מ וחברת כרמל אולפינים בע"מ לא עמדו בדרישות לשמירת איכות הסביבה שקבע המשרד; דרישות אלה מקורן ב"הוראות אישיות" למניעת זיהום אוויר, שהוצאו על פי החוק למניעת מפגעים, התשכ"א-1961, והמטילות על מנהלי המפעלים אחריות אישית למילוין. המפעלים גם חרגו מהמגבלות שהוטלו עליהם בהזרמת שפכים תעשייתיים לים ולנחל הקישון.