לפי סעיף 221 לפקודת מס הכנסה [נוסח חדש], התשכ"א-1961, מנהל רשות המסים בישראל (להלן - הרשות) רשאי לקחת כופר כסף (להלן - כופר) מאדם שעבר עבירות מסוימות, בהסכמתו של אותו אדם, במקום לנקוט נגדו הליך פלילי. בשנת 2004 היו רשומים ברשות כ-600,000 נישומים - עצמאים וחברות; והוטל כופר על 135 נישומים, בסכום כולל של 11.7 מיליון ש"ח. ברשות פועלות שתי ועדות הדנות בהטלת כופר - ועדה עליונה וועדה רגילה. בדיקת טיפולה של הרשות בהטלת כופר על העלמת הכנסות העלתה את הממצאים האלה:
1. דיונים על הטלת כופר, שעל פי נוהל שקבעה הרשות היו צריכים להיעשות בוועדה העליונה, נעשו בוועדה הרגילה (להלן - הוועדה).
2. הוועדה דנה במספר גדול יחסית של מקרים בכל ישיבה והיא קיבלה את החלטותיה בהסתמך רק על תמציות של דוחות חקירה ולא על סמך עיון במסמכים שבתיקים ובסיכומי החקירות. בפרוטוקולים של הוועדה לא פורטו מהלך הדיונים והנימוקים להחלטותיה.
3. בבדיקת החלטות על הטלת כופר במקרים בעלי מאפיינים דומים נמצאו הבדלים ניכרים בין שיעורי הכופר שהטילה הרשות יחסית לסכומי ההכנסות שהועלמו.
4. משרדי שומה לחקירות חתמו עם נישומים על הסכמים בדבר הטלת כופר אף שעל פי הפקודה הם אינם מוסמכים לכך.
5. החלטות בגין הטלת כופר אינן מתפרסמות.
במתן סמכות לרשות המסים לשקול הטלת כופר על עברייני מס הוקנתה למעשה סמכות מעין עונשית לרשות מינהלית. כדי להבטיח שהחלטות הרשות בעניין הטלת כופר יהיו שוויוניות, ראוי שבעת השימוש בסמכות זו תקפיד הרשות הקפדה יתרה על קיום הוראות החוק והוראות נהליה, תקיים דיונים מעמיקים יותר ותנמק את החלטותיה, כדי להבטיח שמירה על הוגנות ועל עקרון השוויון. כמו כן על הרשות לפרסם את פרטי מקרים אלה, ובכלל זה את שמות הנישומים שהוטל עליהם כופר.