נכסי המדינה כוללים, בין השאר, את כל המכרות והמחצבים למיניהם במקרקעין או מתחת להם. על פי החוקים הנוגעים בדבר הפעלה של מכרה טעונה רישוי שניתן למפעיל בידי המפקח על המכרות במשרד התשתיות הלאומיות, אישור של מוסדות התכנון ורישוי עסקים. גם על פי חוזי החכירה של מינהל מקרקעי ישראל כל מחצב הוא נכס של המחכיר או של המדינה, והפעלת מכרה בקרקע שבניהולו מחייבת את הסכמתו המוקדמת של המינהל וקביעת התמלוגים אשר על המפעיל לשלם לו. כרייה ללא היתר היא עבירה פלילית המסבה נזקים סביבתיים ובטיחותיים רבים. משרד מבקר המדינה בדק בחודשים אפריל-ספטמבר 2005 את נושא הכרייה ללא היתר בשטחים חקלאיים. הבדיקה נעשתה במשרד החקלאות ופיתוח הכפר (להלן - משרד החקלאות, המשרד) באגף לשימור קרקע וניקוז (להלן - האגף).
1. הועלה כי בארץ כולה רווחת כרייה בקרקע חקלאית בידי חקלאים או קבלנים מטעמם, זאת בלי שעבודות אלה הותרו כדין. על פי אומדן של האגף, בשנת 2002 היה היקף הכרייה ללא היתר יותר מחמישה מיליון מ"ק (לא כולל כריית חול ים, כורכר וחומר מחצבה), ומזה יותר מארבעה מיליון מ"ק באדמות מדינה. הנזק הכספי הישיר למדינה נובע מאי קבלת תמלוגים ממכירת החומר שנכרה, והנזק העקיף נובע מהכורח לממן בכספי ציבור את תיקון הנזקים שחוללה הכרייה.
2. על הכרייה בקרקע חקלאית ועל הפיקוח עליה מופקדים גורמים רבים: המשרד, מינהל מקרקעי ישראל, יחידת המכרות במשרד התשתיות הלאומיות המשטרה הכלכלית ועוד. אולם, טרם הוסדרה חלוקת הסמכויות והאחריות להיתר הכרייה והפיקוח עליה בין משרד החקלאות לגורמים האחרים. בחוקים ובתקנות אין הגדרה כמותית (למשל: עומק הכרייה) להבחנה מובהקת בין עבודות להכשרת קרקע לחקלאות הכוללות חפירה ובין עבודות כרייה. אי-הבהירות הביאה לכך שהאגף לא שלל כרייה בקרקע חקלאית ונתן לה הכשר במועד האישור של פרויקטים לכרייה ושימור קרקע מבלי להפנות את החקלאי למפקח על המכרות.
3. אין במשרד החקלאות נוהל המסדיר את הליך הפנייה של חקלאי המעונין בכרייה בשדהו ליחידת המכרות במשרד התשתיות הלאומיות, למינהל מקרקעי ישראל ולמוסדות התכנון, והיו מקרים שוועדות מקומיות או מינהל מקרקעי ישראל או המשרד, כל אחד מהם בנפרד, נתנו היתרים לכריית קרקע מבלי להעביר את בקשת הכרייה לגורמים האחרים. כפועל יוצא, כמות ואיכות הקרקע שנכרתה שלא כדין נאמדה לעיתים רק לאחר מעשה, ובמקרים רבים מאלה לא שילמו הכורים את התמלוגים והאגרות בגין הכרייה.
4. המשרד אישר עבודת ניקוז שיזמה רשות הניקוז שרון בתחום קיבוץ געש שעיקרה: העמקת בריכת ניקוז קיימת בעומק נוסף של 2-2.7 מטרים. הועלה כי רשות הניקוז אישרה שלא כדין לקבלן שביצע את העבודות על פי הזמנתה לכרות בעומק גדול יותר. הקבלן הפך את האתר למכרה של חול וכרה כ-500,000 מ"ק ללא היתר של המפקח על המכרות ושל מינהל מקרקעי ישראל, ללא היתר של מוסדות התכנון, ללא רישיון עסק ובלי לשלם למינהל תמלוגים בשיעור של יותר משישה מיליון ש"ח כדין. פעולה זו נעשתה בעצימת עין של המועצה האזורית, של רשות הניקוז ושל מפקחי המינהל. עד לסיום הביקורת, יוני 2005, לא הגיש המינהל תלונה פלילית במשטרה ולא תביעה אזרחית לגביית התמלוגים, אף שהנהלתו החליטה על כך עוד ביולי 2002. גם המשטרה לא פתחה בחקירת האירועים אף שקצין הביטחון של המינהל דיווח לה במרס 2002 על הנעשה.