חוק שירות המדינה (מינויים), התשי"ט-1959 (להלן - חוק המינויים), קובע, כי הממשלה תמנה מנכ"ל לכל משרד, על-פי הצעת השר הממונה על אותו משרד, לאחר שוועדת מינויים בראשות נציב שירות המדינה אישרה את המועמד. על מינוי מנכ"ל לא חלה חובת מכרז החלה על עובדי המדינה, ואין מזמנים ועדת איתור לצורך בחירתו, למעט מקרים חריגים.
בדוח שנתי 53ב (עמ' 60) בדק משרד מבקר המדינה את סדרי מינוים של מנכ"לים. ובדוח זה ערך משרד מבקר המדינה ביקורת מעקב בנושא; בדיקת המעקב עוסקת בתקופה שבין 2004 ל-2006 ולהלן הממצאים:
כישורים נדרשים ממנכ"ל משרד ממשלתי
בשירות המדינה נדרשים כישורים ותנאי סף למשרות זוטרות, וגם בחברות ממשלתיות ובתאגידים סטטוטוריים נדרשים כישורים למנכ"לים, אולם, לתפקיד מנכ"ל משרד ממשלתי, השולט לעתים בתקציבים גדולים מאוד, והוא ממונה על כוח האדם במשרד ומיישם מדיניות ממשלתית מורכבת ומגוונת - אין כל דרישה לכישורים. גם ועדת המינויים אשר אמורה לבחון את כישורי המועמדים לא קבעה לעצמה אמות מידה.
מבקר המדינה קבע בשעתו כי משרת מנכ"ל היא אמנם משרה פטורה ממכרז, אך ראוי שגם בנסיבות של פטור ממכרז יעמוד המועמד לתפקיד כה מרכזי במינהל הציבורי, בתנאי סף סבירים שייקבעו על ידי ועדת המינויים ויהיה בעל כישורים ראויים.
כמו כן, לדעת משרד מבקר המדינה, כפי שעולה עוד מהדוח הקודם, מן הראוי שוועדת המינויים תקבע לעצמה קריטריונים כמו דרישות להשכלה מתאימה לתפקיד, ניסיון מקצועי, ניסיון ניהולי וכיוצא בזה.
בפועל עד לביקורת המעקב, יולי 2007, לא קבעה ועדת המינויים לעצמה אמות מידה כאמור. במסגרת ביקורת המעקב פנה משרד מבקר המדינה בנדון ליועץ המשפטי לממשלה. ואכן, בעניין זה חלה התקדמות: המשנה ליועץ המשפטי לממשלה כתב למשרד מבקר המדינה ב-25.9.07 כי לאחר ליבון הדברים עם נציבות שירות המדינה (להלן - נש"מ) הם הסכימו ביניהם כי ועדת המינויים, בראשות הנציב, היא גוף מינהלי שמן ההכרח שיהיו לו אמות מידה סבירות לצורך הפעלת שיקול דעת בהחלטותיו. אשר על כן, על הוועדה לקבוע אמות מידה אשר יהיו מעין תנאי סף למועמדים לתפקיד מנכ"ל משרד ממשלתי.
סדרי עריכת פרוטוקולים של ועדת המינויים
עקרון השקיפות מחייב כתיבת פרוטוקול אשר ישקף את עיקרי הדברים הנאמרים אם באופן מלא ואם באופן מתומצת.
הביקורת העלתה כי מפרוטוקולים של וועדת המינויים אשר בפניה הופיעו מועמדים למשרת המנכ"ל, לא ניתן ללמוד דבר על מהלך הדיונים לפני שהתקבלה ההחלטה, משום שאין רישום של הדיונים ולא ניתן בהם ביטוי לדעותיהם של חברי הוועדה; הדבר חשוב במיוחד כאשר מדובר במועמדים שהוועדה לא המליצה עליהם, או שהיו לגביהם חילוקי דעות בין החברים, או במקרים שהמועמד אושר אף שלכאורה נראה כי כישורי המועמד דלים מהדרוש לתפקיד.
המשנה ליועץ המשפטי לממשלה בתשובתו למשרד מבקר המדינה הסביר, כי מקובל עליהם שיש צורך בפורמט מקובל של פרוטוקולים מישיבת הוועדה שישקף את עיקרי הדברים הנאמרים בדיון; כמו כן מקובל עליהם כי יש מקום שהפרוטוקול או ההחלטה הסופית של הוועדה ישקפו באופן מלא את שיקולי הוועדה בהחלטתה לגבי מועמד פלוני. לדבריו, נש"מ מסרה להם כי להבא תפעל הוועדה ברוח זו.