ביולי 2003 החלה חברת רכבת ישראל בע"מ (להלן - הרכבת או החברה) לפעול כחברה ממשלתית. בשנים האחרונות נרשמה עלייה ניכרת בתנועת הרכבות ובמספר הנוסעים בהן. מטבע הדברים, גדל הסיכון להתרחשות תאונות דרכים שבהן מעורבות רכבות. על פי נתוני הרכבת, בשנים 2000-2005 נהרגו בתאונות רכבת 137 בני אדם ונפצעו 307.
משרד התחבורה טרם יזם תיקוני חקיקה לשם קביעת סמכותו של המשרד לקיים פיקוח ובקרה על פעילות הרכבת. תיקוני החקיקה נדרשו בהחלטת הממשלה מיולי 2002. עניינים חשובים כגון רישוי, אכיפה, פיקוח וחקירת תאונות נותרו ללא פיקוח של משרד התחבורה. למעשה הרכבת עדיין מפקחת על עצמה.
בפברואר 2004 דן הדירקטוריון של הרכבת בדוח שהכינה ועדת משנה שלו. הדוח הצביע על ליקויי בטיחות בתחומים של ניהול התנועה, משמעת, חקירת תאונות והכשרה של בעלי מקצועות רכבתיים לרבות נהגים. המלצות ועדת המשנה הוגשו לדירקטוריון באוגוסט 2004, אולם רק בדצמבר 2005, בעקבות הביקורת, אישר אותן הדירקטוריון.
בעקבות תאונת הבונים ב-1985 החליטה הממשלה על הקמת ועדת היגוי בין-משרדית למפגשי מסילה-דרך. ועדה זו פעלה עד שנת 2005, אולם למעשה היא לא מילאה את התפקיד שנועד לה בהקמתה - להיות הגוף שיקבע את סדרי העדיפויות בשיפור מפגשי מסילה-דרך. במשך 18 שנות פעולתה לא עדכנה הוועדה את הנחיות הבטיחות למפגשי מסילה-דרך. רק במרס 2006, לאחר מועד סיום הביקורת, פורסמו הנחיות לתכנון מפגשי מסילה-דרך.
הרכבת לא ריכזה מידע בסיסי הנדרש לצורך קבלת החלטות וניהול פיקוח ובקרה על מכשולים במסילה ולא ריכזה נתונים על תנועה, על פעולות תחזוקה ועל התאונות במפגשי מסילה-דרך.
מנכ"ל משרד התחבורה מינה ב-1999 ועדה כדי שתמליץ על אמצעים לשיפור הבטיחות במפגשי מסילה-דרך. הוועדה הגישה את המלצותיה לאחר שנתיים וחצי, ביולי 2002. בסוף 2005 לא יושמו עדיין המלצותיה העיקריות: רק ב-36 מכ-160 מפגשי מסילה-דרך נקבעו הסדרי תנועה ובטיחות שאישר המפקח על התעבורה; אכיפת החוק במפגשי מסילה-דרך לא הוגברה; לא הוקמה מערכת שמתריעה לנהג הרכבת על מפגש חסום, ולא נקבעו תבחינים לצמצום מספר המפגשים. רק בחמישה מ-30 מפגשי מסילה-דרך שעליהם המליץ המכון לחקר התחבורה של הטכניון בוצעה הפרדה מפלסית.
ב-2003 קלטה הרכבת 52 עוזרים לנהגי קטרים בתהליך בלתי-תקין אשר פגע בעקרון שוויון ההזדמנויות. למועמד שנכשל, ניתנה הזדמנות להיבחן פעם נוספת בעוד שלאחרים לא ניתנה הזדמנות כזו; מועמד נוסף נבחן לאחר שגובשה כבר רשימת המועמדים.
הנהלת הרכבת לא בחנה מאז 1995 את הכשירות הרפואית הנדרשת ממועמדים לתפקיד של נהג קטר. כשירותו של אדם לנהוג ברכבת, מן הבחינה הרפואית, לא נתונה לפי החוק להערכתו של המכון הרפואי לבטיחות בדרכים. זאת, בשונה ממבקש רישיון נהיגה ברכב ציבורי, שזקוק לאישור המכון על התאמתו מבחינה ציבורית לנהוג ברכב ציבורי. כ-80% מהנהגים לא נשלחו לבדיקות רפואיות, כנדרש בנוהלי הרכבת. הרכבת איננה עושה לנהגים בדיקות ראייה שנתיות. האינטרס של שלום הציבור מחייב את הרכבת ומשרד התחבורה ליצור הסדר ראוי מן הבחינה המשפטית לבדיקת נהגי הרכבת בעניין שימוש בסמים מסוכנים ובאלכוהול, אך הדבר לא נעשה.
בשנת 2004 קוימו לכ-350 נהגים ועוזרי הנהגים רק 639 ימי הדרכה, אף שבנוהלי הרכבת הוקצו לשם כך יותר מ-900 ימים.
באוגוסט 2002 התברר לרכבת שיש צורך בהקמת מערך פיקוח על הנהגים. יחידת הפיקוח החלה לפעול רק בדצמבר 2004 בחטיבת הנוסעים בלבד. הפיקוח נעשה מבלי שהוגדרו לו קריטריונים, ללא תכנית עבודה מאושרת וללא בקרה על תיקון ליקויים. באוקטובר 2005 עדיין לא פיקחה החברה על כ-140 נהגי רכבת בחטיבת מטענים. נהגים מסוימים עברו את המהירות המותרת בשיעורים שבין 12% ל-88%, אך למרות זאת דיווחה יחידת הפיקוח כי הם נהגו כשורה. בעקבות הביקורת הכינה הרכבת נוהל לפיקוח על מהירות הנהיגה.
עבירות בטיחות ברכבת מטופלות כעבירות משמעת. הרכבת הכינה בספטמבר 2004 סולם עונשין חדש המדרג את חומרת עבירות המשמעת ויוצר התאמה בין חומרת העבירות לחומרת העונש. עד ספטמבר 2005 לא יישמה הרכבת את סולם העונשין החדש; באגף משאבי אנוש אין רישום של כל עבירות הבטיחות שעברו נהגים, ואין מעקב אחר נהגים שעברו עבירות רבות.
מינוין, פעולותיהן וסמכויותיהן של ועדות הבירור שממנה שר התחבורה לא הותקנו בתקנות בשל מחלוקת בין משרד התחבורה ובין המשטרה בשאלת הקשר בין חקירה של ועדות בירור ובדיקה ובין חקירה משטרתית מבחינת לוחות הזמנים, חיסיון המידע ועוד.
המשטרה לא חוקרת באופן יסודי ובלתי-תלוי תאונות אשר בהן מעורבת רכבת: חקירת תאונות רכבת בידי המשטרה נסמכת על פענוח נתונים בידי עובדי הרכבת; בתיקי חקירה היו חסרים מסמכי יסוד.
הרכבת חוקרת תאונות ואירועים אחרים בהליך של בירור פנימי. ההליך נושא אופי של חקירה משטרתית: עדויות המעורבים נכתבות בידי חבר ועדת הבירור ונחתמות בידי העדים. במכתבי הזימון אשר נשלחים למוזמנים למתן עדות אין מוסברים להם מהות ההליך והקשר בינו ובין החקירה הפלילית שעשויה לקיים המשטרה, ולא נמסר להם המידע באשר לשמירת זכויותיהם הדיוניות.
הועלה כי הרכבת לא מגישה תלונה למשטרה כנגד נהג שהתרשל בתפקידו אף אם סיכן את בטיחות הנוסעים או את בטיחותם של אחרים ואפילו גרם לפציעתם או תרם בהתרשלותו לכך.