על פי אומדן הלשכה לשיקום נכים במשרד האוצר (להלן - הלשכה), בישראל חיים כ-250,000 ניצולי שואה. כ-50,000 ניצולי שואה מקבלים תגמולים מהלשכה; כ-57,000 ניצולי שואה מקבלים תגמולים מממשלת גרמניה וממשלות אחרות וכן מוועידת התביעות ; כ-143,000 ניצולים אינם מקבלים תגמול כלל, היות ורובם אינם עומדים באמות המידה לקבלת תגמולים מהגופים המפורטים לעיל.
הקרן לרווחה לנפגעי השואה בישראל (להלן - הקרן) היא המוסד העיקרי המסייע לשיפור מצבם של ניצולי השואה בישראל. הקרן הייתה אמורה לקבל ממשרד האוצר תוספת תקציב בסך כ-21.6 מיליון ש"ח ביוני 2006, אולם בפועל אושר מתן התוספת רק בסוף שנת הכספים 2006, ועקב כך נוצלו רק כ- 34% ממנה (כ-7.4 מיליון ש"ח). בשל התנהלות זו נפגעה יכולת הקרן להעניק סיוע למספר גדול יותר של ניצולי שואה באותה שנה.
מרכז הארגונים של ניצולי השואה בישראל (להלן - מרכז הארגונים או המרכז) מאגד את כל הארגונים של ניצולי השואה בישראל, ובמסגרת חברותו בוועידת התביעות הוא עוסק, בין היתר, בהשגת פיצויים אישיים לניצולים. בשנת 2004 הוציא החשב הכללי במשרד האוצר הנחיה כללית ולפיה יוגבל שיעור הוצאות ההנהלה והכלליות של מוסדות ציבור הזכאים לתמיכה. עקב אופי הפעילות המיוחד של מרכז הארגונים, שיעור הוצאות ההנהלה והכלליות שלו גבוה מזה שהוגבל בהנחיה. לפיכך, מאותה שנה המרכז אינו מקבל סיוע לפעילותו מתקציב התמיכות של משרד האוצר. אי-תקצוב כאמור משתק את פעילותו של המרכז, ובהיעדר יחידת מטה חלופית במסגרת אחד ממשרדי הממשלה עלול שיתוק זה לפגוע ביכולתם של הממשלה ושל המרכז לקיים משא ומתן עם ממשלות בחו"ל כדי לקדם את נושא הסיוע לניצולי שואה.
ב-9.10.05 ניתן פסק דין גרנות . לצורך יישום פסק הדין היה על הלשכה לבחון אם גירושים שהתבצעו בבולגריה במלחמת העולם השנייה נחשבים 'שלילת חירות' מהסוג המזכה בפיצויים. סוגיה נוספת שעמדה לדיון הייתה האופן שבו יכול תובע להוכיח שהוא סובל מטראומה נפשית ואת הקשר הסיבתי שלה לרדיפות הנאצים. תשעת החודשים שעברו ממתן פסק הדין ועד שהיה באפשרותה של הלשכה לאשר מתן פיצוי למגורשים שהגישו תביעה הם פרק זמן ארוך מדי בהתחשב בכך שמדובר באוכלוסייה מבוגרת וחולה.
נוהלי הלשכה אינם קובעים פרקי זמן מרביים לנקיטת פעולות לטיפול בשלבים השונים של תיקי תביעות לקבלת תגמולים. בנוסף, הנתונים במערכת הממוחשבת לניהול תיקים אינם מעודכנים דיים. מאחר שהלשכה אינה מבצעת בקרה על מצב הטיפול בתיקים, אין באפשרותה לזהות 'צווארי בקבוק' בשרשרת הטיפול ולהקצות ביעילות כוח אדם למחלקות השונות בלשכה. בקרה כזו עשויה לקצר את משך הטיפול בתיקים ולשפר את רמת שביעות הרצון בקרב התובעים. בבדיקה שערך משרד מבקר המדינה בלשכה נמצא, כי 58% מהתיקים שהלשכה לא סיימה לטפל בהם עד ינואר 2007 (2,565 תיקים) הוגשו יותר משנה לפני כן, וכי 760 מהתיקים האמורים הוגשו לפני מתן פסק דין גרנות, דהיינו יותר משבע שנים לפני מועד סיום הבדיקה האמורה. בנוגע לתיקים שהוגשו ללשכה לפני מתן פסק דין גרנות והטיפול בהם הסתיים עד מועד סיום הבדיקה האמורה, נמצא כי הטיפול בהם נמשך שנתיים בממוצע. היות ומדובר באוכלוסיה מבוגרת, לא מן הנמנע כי תובעים ילכו לעולמם לפני שיסתיים הטיפול בתביעותיהם.
החברה לאיתור ולהשבת נכסים של נספי השואה בע"מ (להלן - החברה) הוקמה לפי חוק נכסים של נספי השואה (השבה ליורשים והקדשה למטרות סיוע והנצחה), התשס"ו-2006, ומטרותיה העיקריות הן איתור נכסים של נספי שואה, השבתם ומתן סיוע לניצולי שואה. הקמת החברה ארכה כשמונה חודשים, עד לחודש אוגוסט 2006. לדעת משרד מבקר המדינה, הקמת החברה ארכה זמן רב מהנדרש בהתחשב בכך שאחת ממטרותיה היא סיוע לניצולי שואה באמצעות השימוש בנכסים של נספי שואה שיורשיהם ובעלי הזכויות בהם לא אותרו על אף המאמצים לאיתורם. נתון זה חמור גם בהתחשב בכך שמדינת ישראל היא בין המדינות האחרונות שעדיין לא נקטו צעדים ממשיים להשבת רכוש הנספים ליורשיהם.
בדיקת משרד מבקר המדינה העלתה כי הגורמים היחידים במדינה, המחזיקים בנכסים של נספי שואה, שמסרו לחברה חלק מהנכסים שברשותם הם קרן קיימת לישראל והאפוטרופוס הכללי. שאר הנכסים - כגון פיקדונות כספיים, מקרקעין וחפצי אומנות - מוחזקים בידי גורמים שונים במדינה, ובהם בנקים, מינהל מקרקעי ישראל, מוזיאונים, גופים ציבוריים וגורמים פרטיים. החברה נמצאת בשלבים שונים של משא ומתן עם גופים אלה לצורך קבלת פרטים על הנכסים שברשותם. עוד העלתה הבדיקה, כי ועדת הערר לפי חוק נכסים של נספי השואה (השבה ליורשים והקדשה למטרות סיוע והנצחה), התשס"ו-2006, שהחוק מקנה לה סמכויות אכיפה, מונתה כעשרה חודשים לאחר הקמת החברה לאיתור ולהשבת נכסים של נספי השואה בע"מ. לדעת משרד מבקר המדינה, התמשכות המשא ומתן עם הגורמים המחזיקים בנכסים של נספי שואה ואי-מינוי הוועדה תוך פרק זמן סביר פגעו ביכולתה של החברה ליישם את הוראות החוק.