מספנות ישראל בע"מ עמדה לביקורת מבקר המדינה לפי סעיף 9(5) לחוק מבקר המדינה, התשי"ח-1958 [נוסח משולב] בהיותה גוף, שהממשלה השתתפה בהנהלתו.
בינואר 1986 הגישה מספנות ישראל בע"מ בקשה לפירוק עסקיה על ידי בית המשפט, וניהול ענייניה עבר לידי הכונס הרשמי, שמונה למפרק זמני. מצב זה נמשך כתשע שנים. באפריל 1995 מחק בית המשפט את בקשת הפירוק וביטל את מינויו של המפרק הזמני, והממשלה מכרה את כל מניות החברה למשקיעים פרטיים.
מספנות ישראל בע"מ היתה עד מכירתה חברה ממשלתית, כמשמעותה בחוק החברות הממשלתיות, התשל"ה-1975. שר התחבורה היה השר האחראי לענייניה לפי חוק זה ובידו, יחד עם שר האוצר, היו הסמכויות המפורטות בחוק בענייני החברה.
דין וחשבון זה של מבקר המדינה מסכם ביקורת, שנערכה לסירוגין בשנים 1993-1995, על הפעלת מספנות ישראל בע"מ בתקופה שהיתה בפירוק זמני, בעיקר מההיבט של סיוע הממשלה לחברה באותה תקופה. במסגרת ביקורת זאת לא נבדקה מערכת השיקולים שעל פיה ניהל משרד האוצר את הליכי המכירה של החברה.
פרסום הדוח במועד זה, חרף מכירת החברה, בא כדי שהגורמים הממשלתיים יפיקו ממנו לקחים בעניין שיפור סדרי קבלת ההחלטות ודרכי הפיקוח והבקרה שלהם על גופים בבעלות המדינה הנתונים בקשיים.