דוח 54א עוסק ברובו בביקורת על מערכת הביטחון. ביקורת זו כוללת 20 פרקים. לא כל הפרקים הונחו בשלמותם על שולחן הכנסת ופורסמו ברבים, זאת לשם שמירה על ביטחון המדינה או כדי למנוע פגיעה ביחסי חוץ או בקשרי מסחר בין-לאומיים שלה.
הביקורת נערכה במחצית השנייה של שנת 2002 ותחילת שנת 2003, ובמרכזה נושאים הקשורים למלחמה בטרור, אשר מטבע הדברים הייתה לה השפעה על סדר היום הלאומי-ביטחוני. במסגרת זו נבדקו היבטים שונים: הברחות אמצעי לחימה, מיגון, אבטחה ושימוש בנשק פחות קטלני בהפרות סדר.
בפרק הדן בהתמודדות עם הברחת אמצעי לחימה לגורמים עוינים, נמצאו ליקויים בהתמודדות עם הברחת אמצעי לחימה, הן של גורמי מערכת הביטחון והן של המערכות האזרחיות הנוגעות בדבר.
בתחום המיגון נבדקו שלושה מכלולים הנוגעים לעימות ולהיערכות לחירום: המיגון האישי ללוחמים ומיגון כלי הרכב הצבאיים והאזרחיים, מיגון רכב-קרב משוריין כבד בצה"ל וכן ערכות המגן לאוכלוסייה האזרחית.
בדוח ממצאים הנוגעים לפעילות החטיבה להכוונת האבטחה בשירות הביטחון הכללי, בהמשך לדוח 53א שדן באבטחת אישים ומשלחות. הפעם התמקדה הביקורת באבטחת הנציגויות והתעופה, והתייחסה לסוגיות באבטחת המעברים והספנות.
נערכה ביקורת מעקב בנושא מרחב התפר. בביקורת המעקב עלה, כי ליקויים מרכזיים, שעליהם התריעה הביקורת הקודמת, לא תוקנו. היעדרה של תכנית שלמה המאושרת על ידי הממשלה, המשלבת את כלל המרכיבים - קביעת התוואי, המעברים, השליטה, התקצוב, הטיפול בשוהים בלתי חוקיים והיבטים נוספים הנגזרים מתכנית זו - פוגעת ביכולת ליישם את החלטות הממשלה בעניין זה.
עוד בדוח שלושה פרקים הדנים בהיערכות לחירום. פרק אחד דן ברמות מלאי של תחמושת כבדה עבור כוחות היבשה לשעת חירום. פרק שני דן באחת מהתכניות המרכזיות של צה"ל. הפרק השלישי בתחום זה דן בהיערכות מערך הכבאות וההצלה למצבי חירום.
קיצוץ תקציב הביטחון, במסגרת קיצוץ תקציב המדינה, מגביר את הצורך בהקפדה על ניהול יעיל וחסכוני ומבוקר של התקציב ועל שימוש מיטבי בכספי המדינה. בהקשר זה נבדקו במשרד הביטחון מספר נושאים:
פרק אחד דן בנושא ההקפאות בתקציב הביטחון. נושא נוסף בתחום זה הוא התקשרויות עם קבלנים ופיקוח על עבודות בינוי. פרק אחר דן בהתחשבנות כספית בגין שירותי הטסה וחילוץ של חיל האוויר. נושא נוסף שנבדק בצה"ל ובמערכת הביטחון הינו דירוג עובדי המחקר.
בפרק אחר נבדקו היבטים בפעולות עוזר שר הביטחון להתיישבות, תשתית ואזורי פיתוח. ממצאי הביקורת בתחומי הסיוע לרשויות המקומיות במימון מיגון ומרכיבי ביטחון ביישובים, בתחום המימוש המשותף של פרויקטים של משרדי ממשלה אחרים, ובתחום שינוע מבנים יבילים, מתארים תמונת מצב של פעילות בלתי תקינה החורגת מכללי המינהל התקין.
כפועל יוצא מהמצב הביטחוני והעומס המוטל על חיילי צה"ל, עלה על סדר היום ביתר שאת נושא התרומות לחיילי צה"ל. במסגרת דוח זה נבדק גיוס התרומות עבור צה"ל והשימוש בהן.
בתחום התעשיות הצבאיות נבדקו כמה נושאים. ברפא"ל נבדק פרויקט לפיתוח ולייצור מערכת מתקדמת. בתעשייה האווירית נבדקו הליכים למינוי נציג רכש. בדוח נוסף על התעשייה האווירית נבדק מימון ייצור מטוסי מנהלים. בתעשייה הצבאית נבדקה מכללת תעש לאבטחה וללוחמה בטרור.
גם בחלקו השני של הדוח פרק הקשור לאירועי הטרור - תשלומים לנפגעי פעולות איבה על ידי המוסד לביטוח לאומי. הפרקים האחרים בחלק זה דנים בתמיכות למוסדות תרבות ואמנות על ידי מינהל התרבות במשרד החינוך, התרבות והספורט; בהסדר עקרוני לשימוש בנכסים עם תום הזיכיון של בתי הזיקוק לנפט; בהשקעות ברכוש קבוע בחברת פי גלילות; ובענייני כספים ותכנון בנמל אילת.
התקופה אליה מתייחס הדוח טעונה מאוד וקשה במישור הביטחוני-מדיני ובמישור הכלכלי-חברתי. בנסיבות אלו, עלולה להתפתח נטייה להמעיט בחשיבותם של דפוסי מינהל תקין, ולדחוק אותם לפינה. בשעה כזאת יש לביקורת המדינה משנה חשיבות לעמוד על משמר קיומן של נורמות מחייבות ושל תקינות ציבורית.
אליעזר גולדברג
מבקר המדינה
ונציב תלונות הציבור
ירושלים, ד' בתשרי התשס"ד
30 בספטמבר 2003