מאז תחילת מבצע "צוק איתן" התקבלו בנציבות תלונות הציבור עשרות תלונות הנוגעות למבצע, רובן בנושא מקלטים ומרחבים מוגנים. מטבע הדברים, תלונות אלה טופלו באופן מיידי. להלן תיאור שתי תלונות:
1. תושבת גבעת זאב טענה שהמקלט הציבורי הקרוב לביתה משמש חנות למכירת אופניים, וכי המקלט נעול ואינו נגיש לתושבים המתגוררים בסמוך. הנציבות פנתה מיד למועצה המקומית גבעת זאב, ובעקבות כך שלחה המועצה נציגים למקום, ובשיתוף עם משטרת ישראל פונה המקלט והוחזר לשימוש התושבים.
2. דייר בבית משותף בהרצליה הלין על כך שאחת המשפחות בבניין השתלטה על המקלט המשותף ונעלה אותו. הנציבות פנתה בעניין לעיריית הרצליה וזו השיבה כי פקחי העירייה הגיעו למקום ומסרו התראה לפולשים. בביקורת נוספת שערכה העירייה בליווי משטרת ישראל נמצא שהמקלט עדיין נעול. העירייה פרצה למקלט ומצאה אותו מלא בחפצים. לפיכך, הטילה העירייה קנס על הפולשים ודרשה מהם לפנות את המקלט תוך חמש שעות. עוד באותו יום פונה המקלט מחפציהם של הפולשים.