ביקורת המדינה על בחירות ומימון מפלגות מבוצעת בידי מבקר המדינה בהתאם לסמכויות שהוקנו לו בחיקוקים שונים (חוק מימון מפלגות, תשל"ג-1973; חוק הרשויות המקומיות (מימון בחירות), התשנ"ג-1993; וחוק המפלגות, התשנ"ב-1992).
במסגרת זו עורך מבקר המדינה ביקורת על החשבונות של המפלגות המתמודדות בבחירות לכנסת, של הסיעות והרשימות המתמודדות בבחירות לרשויות המקומיות, של המועמדים לראשות מועצות אזוריות ושל המועמדים המתמודדים בבחירות מקדימות במפלגות השונות. בנוסף, עורך מבקר המדינה ביקורת על החשבונות השוטפים של המפלגות המיוצגות בכנסת.
בחיקוקים האמורים ובהנחיות שמפרסם מבקר המדינה נקבעו כללים ומגבלות המוטלים על המתמודדים במערכות הבחירות השונות. כחלק מהביקורת בוחן מבקר המדינה האם המפלגות והמועמדים ניהלו את חשבונותיהם לפי החוק והנחיותיו, האם ההוצאות לא עלו על הסכום המרבי המותר בחוק (להלן - "תקרת ההוצאות"), והאם התרומות שהתקבלו עומדות במגבלות שקבע החוק לעניין זהות התורם וסכום התרומה. מבקר המדינה מפרסם דוח על ממצאי בדיקתו, וקובע ביחס לכל מפלגה ולכל מועמד האם פעלו בהתאם להוראות החוק וההנחיות, כלומר האם הדוח בעניינם הוא חיובי או לא. על מועמדים בבחירות מקדימות ועל מפלגות וסיעות שלא התנהלו בהתאם למגבלות החוק ולהנחיות מבקר המדינה מוטלות סנקציות כספיות, בהתאם לממצאי הבדיקה של מבקר המדינה וקביעותיו, לרבות שלילת תשלום חלק מכספי המימון הממלכתי המגיע למפלגות או לסיעות.
הודעות מיוחדות של מבקר המדינה בנושאים עקרוניים הקשורים לביקורת מתפרסמות באתר האינטרנט של משרד מבקר המדינה.
על המועמדים לדווח למבקר המדינה על התרומות שהם מקבלים למימון מערכת הבחירות שלהם ומבקר המדינה מפרסם את המידע האמור לידיעת הציבור באתר האינטרנט של משרד מבקר המדינה. רשימות התורמים, לאחר ביקורת מבקר המדינה, נכללות בדוח המבקר.