השלמת תוכניות אסטרטגיות ועסקיות של חברות הנמל הממשלתיות הקיימות - חיפה ואשדוד - התעכבה. הדבר עלול להביא לכך שבמועד תחילת פעולת הנמלים החדשים, הנמלים הקיימים לא יהיו ערוכים לתחרות.
חנ״י צמצמה את השקעותיה בנמלים הקיימים חיפה ואשדוד מכ-247 מיליון ש״ח בממוצע בשנים 2005 - 2010 לכ-32 מיליון ש״ח בממוצע בשנים 2011 - 2018. בשל כך ובהיעדר מקורות מימון חלופיים, ספק אם תתאפשר התאמת התשתיות בנמלים הקיימים לתחרות.
טרם הוחל בהתאמת התשתיות של נמל חיפה לפקידתן של אוניות מכולה גדולות, ונראה שהפיתוח עלול להידחות אף לשנת 2033.
קיים ספק בדבר יכולתה של חנ״א לעמוד בלוחות הזמנים להתאמת התשתיות של נמל אשדוד לקליטת אוניות גדולות במועד תחילת התחרות בשנת 2021.
היעדר הסכמה על מכסת הפורשים מחנ״א וחנ״ח עלול לחשוף את החברות לסיכון, שלא תבוצע פרישה בהיקף שיבטיח את האיתנות הפיננסית של החברות ואת יכולתן להתייעל כנדרש.
טרם הושלמה ההסדרה של העברת מחלקות הים בנמלי חיפה ואשדוד לחנ״י, שהיא תנאי לתחרות שוויונית בין מפעילי הנמלים השונים, הגם שחנ״י והנהלות חנ״ח וחנ״א קידמו את הנושא באופן משמעותי.