כפל תפקידיו של משרד הבריאות כמאסדר וכבעליהן של כמחצית ממיטות האשפוז הכלליות בארץ יוצר מתח מובנה בין פעולותיו המשפיעות על ההכנסות של בתי החולים שבבעלותו, לבין היותו שותף לעדכון התמחור של הפעולות והשירותים הרפואיים מתוקף מעמדו כמאסדר.
בשנים 2014 עד 2018 נוצרה שחיקה של כ-600 מיליון ש"ח בין הכנסותיהן של קופות החולים במסגרת סל הבריאות לבין הוצאותיהן המשולמות, בהתאם למחיר יום אשפוז. שחיקה זו נובעת מהפרשי השינויים בין מדד מחיר יום אשפוז למדד יוקר הבריאות, המשך קריאה בקובץ המצורף.
תדירות ההתכנסות של ועדת המחירים אינה מוסדרת. הביקורת העלתה כי בשנים 2018 עד 2016 מיעטה ועדת המחירים להתכנס כדי לתמחר פעולות רפואיות חדשות ולעדכן מחירים. עולה חשש שהסיבה לתדירות הנמוכה להתכנסות ועדת המחירים היא חילוקי דעות המשך קריאה בקובץ המצורף.
הגם שמחיר צנתור לב לפי מחירון משרד הבריאות גבוה פי שניים ממחיר צנתורי הלב לפי תמחור שירותי בריאות כללית (כ-39,000 לעומת כ-19,000), ועדת המחירים לא דנה בצורך לעדכן את מחירי הצנתורים. גם בתחומים אחרים, כגון הפרעות אכילה המשך קריאה בקובץ המצורף.
בשנת 2017 הסתכמו גירעונות בתי החולים הממשלתיים ב-1,550 מיליארד ש"ח. עולה כי עד שנת 2017, למרות הסיוע התקציבי שניתן להם לכיסוי גירעונותיהם, לא דרשו מהם משרדי האוצר והבריאות להתייעל.