היעדר גורם מתכלל - שבאחריותו לקבל, לאסוף ולנתח את מלוא המידע הקיים אצל כלל הגופים המשתתפים בשרשרת האכיפה הכלכלית (ובכלל זה המשטרה, הפרקליטות, רשות המיסים והאפ"כ) באופן שיאפשר לקבל תמונה שלמה ומהימנה ולגזור מדדי אפקטיביות למערכת כולה.
צוואר בקבוק במעבר התיקים מהיחידות החוקרות לגורם המטפל בתביעות ובמימוש - נמצא פער ניכר בין הגידול בתיקי החקירה שנפתחים במשטרה וברשויות חוקרות אחרות ובתפיסות הרכוש ובין היכולת של גופי התביעה ויחידת החילוט לטפל באותם התיקים ולהביא המשך קריאה בקובץ המצורף.
עומסי התדיינות ופגיעה אפשרית בזכות הקניין ובקופה הציבורית כתוצאה ממשכי זמן ארוכים בטיפול וניהול ההליכים המשפטיים בתיקי אכיפה כלכלית ובעבירות מס חמורות - בפרקליטות ממתינים למעלה משנה תיקי חקירה רחבי היקף, עם תפוסים בסך כולל של המשך קריאה בקובץ המצורף.
צורך בניהול יעיל של הכספים התפוסים זמנית - בשנים 2018-2014 הופקדו במערכת הכספית של חשבות המשטרה כ-350 מיליון ש"ח ללא הבחנה בין כספים המיועדים לחילוט לבין כספים אחרים שנתפסו כמוצגים. כספי התפיסה מופקדים על ידי המשטרה עד לסיום המשך קריאה בקובץ המצורף.
אי הפקדת כספים בקרן איסור הלבנת הון - נמצא כי בשנים 2018-2015 לא הופקדו כ-80 מיליון ש"ח בקרן, זאת בין היתר, בשל חסמים משפטיים במימוש נכסים, קושי מחשובי ברשות האכיפה והגבייה לזהות את הגורם המתאים אליו יש להעביר את הקנסות והכספים המחולטים.
תפיסת נכסים בחו"ל - למרות המאמצים שמקדישים גופי המודיעין, החקירה והאכיפה לצורך זיהוי, איתור ותפיסה של נכסים בחו"ל, לא הועברו לישראל כספי חילוט מחו"ל.