שה"ם לא ערך מיפוי של הצרכים ושל הפערים בקרב החקלאים בכל הנוגע לפעילותו בתחום החקלאי היישומי ובתחומים נוספים, ולא יזם בדיקת משוב לבחינת שביעות רצונם של החקלאים מפעולותיו.
אין בשה"ם נהלים תקפים שמפרטים את העקרונות והשיטות לפעולתו, אף כי שה"ם מפעיל יותר ממאה מדריכים בענפי החקלאות השונים העוסקים בייצור ידע והפצתו.
ידע רב שנצבר מניסיון של מדריכים לאורך שנות עבודתם בשה"ם לא תועד באופן מלא וסדור ולא היה זמין לשימושם של מדריכים וחקלאים אחרים.
היעדר פיקוח, בקרה ותיעוד על עבודת המדריכים ועל המענה והשירות שהם מעניקים לחקלאים: אין תיעוד בדבר זהות החקלאים מקבלי השירות, לא נבחנו אופני הייעוץ וההדרכה, ולא נשמר תיעוד של משך הזמן ממועד פניית חקלאי לשה"ם ועד מתן מענה עבורו.
בקשרי הגומלין בין שה"ם למחוזות משרד החקלאות - עלו קשיים בממשקי העבודה בין הנהלת שה"ם למנהלי המחוזות בנושאים הקשורים בפעולות המחוזות ושיש בהם כדי להשפיע על הדרכות שה"ם.
תחומי מחקר במרכז מחקר והפיתוח (מו"פ) שבבעלות שה"ם - מתוך המחקרים שבוצעו בשנת 2018, רק כמחצית היו בתחום ייעודו של מו"פ שה"ם - השפעת השימוש במי קולחין באיכויות שונות על התוצרת החקלאית, וכמחציתם עסקו בעיקר בבחינת זנים חדשים ובהשבחת זנים קיימים.
מבנה ההדרכה והחממות במו"פ הוזנחו מזה זמן רב, והם לא הוחזרו למינהל הדיור הממשלתי לבחינת שימוש חילופי על ידי המדינה, בנוסף שה"ם מסרה שטח לשימוש גורם חיצוני ללא הסכם בר תוקף לכל תקופת השימוש, ומבלי שנגבתה כלל התמורה המגיעה למדינה.