היעדר חלופות בעבודת מטה (עמ"ט) - מסמכי העמ"ט להקמת מערך בריאות תעסוקתית בצה"ל לא כללו בחינה של חלופות אפשריות להסדרת התחום, לרבות הצגה של היתרונות והחסרונות של כל חלופה תוך השוואה ביניהן ובחינת משמעותן, דוגמאות ונימוקים לדרך הפעולה הנבחרת.
טרם אוישו ארבעה תקנים מתוך שבעה שאושרו לשנת 2018 להקמת מינהל הבריאות התעסוקתית בצה"ל - אגף הטכנולוגיה והלוגיסטיקה (אט"ל) לא אייש תקן רמ"ד בריאות תעסוקתית שאושר לו וזרוע היבשה לא העמידה וממילא לא איישה תקן לתפקיד זה. המשך קריאה בקובץ המצורף.
מתקיים שיתוף פעולה חלקי בלבד בין מינהל הבריאות התעסוקתית במקרפ"ר למפקדת קצין הבטיחות הראשי ומבק"א יבשה.
מקרפ"ר אינה מבצעת בקרה כדי לוודא שמיישמים את הנחיותיה לאיסור שימוש במתקן, בציוד או בחומר המסכנים את בריאותו של אדם. כמו כן, ענף בריאות תעסוקתית אינו מקיים ביקורות מטכ"ליות בתחום הבריאות התעסוקתית.
מערכת מידע לתחום הבריאות התעסוקתית פותחה באופן חלקי ואינה נותנת מענה מספק בתחום ניהול המידע. כמו כן, במקרפ"ר אין פעילות שיטתית לשימור הידע הקיים בצה"ל בתחום הבריאות התעסוקתית ולשיתופו בקרב כלל הגופים הרלוונטיים בצה"ל.
אין ממלאים בקפידה את הוראת קרפ"ר בנוגע לשימור השמע של חיילים, בפרט באימונים של חילות זרוע היבשה.