במשרד מבקר המדינה פועלות חמש חטיבות המופקדות על הביקורת בתחומים השונים של המינהל הציבורי: החטיבה לביקורת משרדי הממשלה ומוסדות השלטון; החטיבה לביקורת תחומי החברה והרווחה; החטיבה לביקורת תחומי הכלכלה והתשתיות הלאומיות; החטיבה לביקורת מערכת הביטחון; החטיבה לביקורת השלטון המקומי. נוסף על כך פועל במשרד האגף לביקורת הבחירות ומימון המפלגות. נציבות תלונות הציבור היא יחידה מיוחדת במשרד, ואת מנהל הנציבות ממנה הוועדה לענייני ביקורת המדינה של הכנסת, לפי המלצת מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור.
המשרד הראשי של מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור, לשכת מבקר המדינה, לשכת מנכ"ל המשרד ולשכת מנהלת נציבות תלונות הציבור נמצאים בירושלים; בירושלים נמצאות גם מרבית יחידות המטה - הלשכה המשפטית, אגף התכנון, האסטרטגיה והבקרה, אגף התמיכה המקצועית וחטיבת ההון האנושי והמינהל. בתל אביב נמצאות יחידות מטה נוספות: אגף הלמידה והפיתוח הארגוני ואגף הטכנולוגיות הדיגיטליות והמידע. למשרד לשכות גם בתל אביב, בחיפה, בנצרת, בלוד ובבאר שבע.
עובדי משרד מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור כפופים בעניין תנאי שירותם למרותו של המבקר בלבד. כאמור, מבקר המדינה עצמאי בכל הנוגע למינויים ולפיטורים של עובדי משרדו. שכר עובדי המשרד נקבע בידי המבקר, בהתבסס על המלצותיה של ועדה ציבורית ברשות פרופ' אריה גלוברזון משנת 1978. עקרונות השכר אף עוגנו בהסכם קיבוצי שקיבל תוקף של פסק דין*.
בדצמבר 2021 מנה תקן המשרד 604 משרות קבועות. במשרד הועסקו 534 עובדים במשרות תקן, מהם 302 נשים ו-232 גברים. 437 מכלל העובדים במשרד מדורגים בדירוג הביקורת ומועסקים במשרות מקצועיות - מהן שלוש משרות אמון, שתי משרות שמדורגות בדירוג ייחודי למשרות אמון, משרה אחת בדירוג מוקבל לשופט ושתי משרות לעובדים בדירוג מומחים. כל העובדים המדורגים בדירוג הביקורת הם בעלי השכלה אקדמית במגוון רחב של תחומים, ו-85 מהם הם בעלי השכלה משפטית העובדים בנציבות תלונות הציבור. 92 מעובדי המשרד מועסקים במשרות מינהליות, ו-3 עובדים מועסקים במשרות אמון.
העובדים המקצועיים המועסקים בביקורת, בנציבות תלונות הציבור ובמשרות המקצועיות הם אקדמאים המדורגים בדירוג הביקורת - מהם 6% בעלי תואר ראשון (28 עובדים), 6.5% בעלי תעודה נוסף על התואר הראשון (26 עובדים), 84% בעלי תואר שני (373 עובדים) ו-3.5% בעלי תואר שלישי (15 עובדים).
מספרם הרב של העובדים האקדמאים, שהם בעלי תארים מתקדמים בתחומים מגוונים, נובע מהצרכים המקצועיים של המשרד, הנדרש לבצע את ביקורת המדינה במגוון נושאים והיבטים בכל תחומי העשייה באופן מקצועי, יסודי ומעמיק. מקצועיותם הגבוהה של עובדי משרד מבקר המדינה, ניסיונם העשיר ועצמאותם, הם הערובה הראויה לעומק הבדיקה, לאיכותה ולאובייקטיביות שלה. בשנת 2021 פרשו לגמלאות 16 עובדים**.
תרשים המבנה הארגוני של משרד מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור בקובץ PDF
* עס"ק (עבודה ארצי) 1017/01 מדינת ישראל - הסתדרות העובדים הכללית החדשה - הסתדרות האקדמאים במדעי החברה והרוח (פורסם בנבו, 15.08.2002)
** בסך הכול עזבו את המשרד באותה השנה 61 עובדים, מהם 17 סטודנטים, 6 מתמחים, 16 גמלאים, 15 עובדים בחוזה זמני, 3 עובדים במשרות אמון, 2 עובדים קבועים ו-2 עובדים בתקופת ניסיון.