יחסי גומלין בין העיריה לאתו"ס: העירייה ואתו"ס לא הסדירו את יחסי הגומלין ביניהן בנושא הפקת האירועים, המצוי בליבת פעילות החברה. כך למשל בכל הקשור לתהליכי העבודה בין הצדדים, קביעת לוחות הזמנים משלב התכנון ועד גמר הביצוע של... המשך הליקוי בקובץ המצורף.
הרחבת תחומי הפעילות של אתו"ס: העירייה הרחיבה את תחומי פעילותה ואחריותה של אתו"ס שלא על פי ייעודה המקורי, בלי לבחון את ההשפעות שיש לכך על גופים עירוניים אחרים העוסקים באותם תחומי פעילות ואת כפילות התפקידים שנוצרה עקב כך בין אתו"ס לגופים עירוניים אלה.
העברת נכסים ואופן הטיפול בהם: העירייה העבירה נכסים לאחריות אתו"ס ונטלה ממנה אחריות לנכסים ללא הודעה מראש, שלא בהתאם לקבוע בהסכמים ביניהן. האחריות לחלק מהנכסים הועברה בלי שנעשו בדיקות צרכים ובדיקות כדאיות כלכלית, ניהולית או... המשך הליקוי בקובץ המצורף.
התנהלות כספית: העירייה ואתו"ס לא גיבשו תוכנית לסגירת הגירעון המצטבר בחברה שעמד בסוף שנת 2019 על כ-5.2 מיליון ש"ח, והוא עלול לגדול בשנים הבאות. לרוב מרכזי הרווח של החברה יש גירעון; ותלותה בכספים שמעבירה לה העירייה הולכת וגדלה.
תכנית עבודה ותקציב: העירייה והחברה לא התוו לאתו"ס תוכנית עבודה שנתית ורב-שנתית; תקציב החברה לא נקבע על סמך מטרות ויעדים.
מבנה ארגוני ושכר: לחברה אין מבנה ארגוני מעודכן ומאושר. החברה לא קבעה מנגנון לקביעת שכר העובדים.
קבלת תרומות: החברה לא פעלה בנוגע לתרומות שהתקבלו, באמצעות הקרן לחיפה, בהתאם לנוהל משרד הפנים.
גן החיות הלימודי: גן החיות קופא על שמריו במשך שנים, ההכנסות ממנו אינן עולות, ומספר המבקרים בו יורד. מרכיבים חשובים ועיקריים בתוכניות האב שהוכנו לגן החיות לא יושמו.