בשנים 2005 - 2018 האריך משרד המשפטים את ההתקשרות עם חברות זכייניות שהפיצו עבורו מידע ממאגר המידע של רשם החברות, בפטור ממכרז ובלי שהבטיח קבלת מלוא התשלום המגיע לו בגין השימוש שהן עשו בנתוני המרשם.
משרד המשפטים לא ניהל בצורה מיטבית את ההתקשרויות עם החברות הזכייניות, לא קיים בקרה הולמת על פעילותן ולא פעל כדי לאכוף עליהן עמידה במלוא תנאי ההסכמים שנחתמו עימן בנוגע לגובה העמלות שהן גובות מהציבור וכן עמידה ביתר הוראות הדין בנוגע להבטחת ההגנה על הפרטיות.
משרד המשפטים לא היה מודע לשימוש החוזר במידע שהופק באמצעות הגישה הישירה והייחודית למאגריו, שניתנה לחברות מסוימות שעימן התקשר, וממילא לא העריך את השווי הכלכלי הגלום בגישה זו.
בדצמבר 2019 עמדו חובות החברות לרשם החברות בגין אגרה שנתית ובגין עיצום כספי על כ-1.161 מיליארד ש"ח, מתוכם כ-11.8 מיליון ש"ח בגין עיצומים כספיים. מתוך סכום זה הועברו לגביית המרכז לגביית קנסות (וטרם נגבו) כ-730 מיליון ש"ח.
משרד המשפטים נמנע מלהגביל את גובה העמלה בעת מכירת נסח חברה. כפועל יוצא מכך החברות גבו עבור השירות מחיר המשקף פער של כ-170% עד 350% מעל גובה האגרה שנקבעה בתקנות.
קיימים כמה תחומים שבהם יש חולשה בהגנה על מאגר המידע של רשם החברות מפני דיווחים לא מהימנים; היקף המידע העומד לעיון הציבור בנסח חברה ובשירות "חיפוש הפוך" שמספק רשם החברות, אינו מיטבי; יש צורך בשיפור המהימנות והרלוונטיות של המידע המשך קריאה בקובץ המצורף.
האסדרה (הרגולציה) בכל הנוגע להגשת דוח שנתי של חברות לרשם החברות אינה מיטבית, נוכח העובדה שיותר מ-90% מהדוחות מוגשים ידנית.
מתחילת שנות האלפיים, לרבות במכרז חדש המיושם משנת 2019, רשם מאגרי המידע ברשות להגנת הפרטיות שבמשרד המשפטים ורשם החברות לא הקפידו לאכוף את הוראות הדין - בעניין הפצת מידע שמקורו במאגר המידע של רשם החברות, הכולל מידע המוגן על פי דין המשך קריאה בקובץ המצורף.