מבקר המדינה ונציב תלונות הציבור השופט (בדימוס) יוסף חיים שפירא, המסיים בקרוב את כהונתו בת שבע השנים, מתייחס היום ליוזמות לשנות את אופיו ומעמדו של מוסד מבקר המדינה.
המבקר מדגיש כי ישנם הבדלים מהותיים בין ביקורת פנימית לבין מוסד מבקר המדינה.
הביקורת הפנימית כפופה להנהלת הגוף בו מתבצעת הביקורת ותכנית העבודה שלה היא בתיאום עם מנכ"ל הארגון. לעומתה, ביקורת המדינה פועלת מכוח חוק יסוד: מבקר המדינה וחוק מבקר המדינה, ואינה תלויה ברצונם של הגופים המבוקרים.
כך נקבע בסעיף 2(ב) לחוק יסוד: מבקר המדינה -
"מבקר המדינה יבחן את חוקיות הפעולות, טוהר המידות, הניהול התקין, היעילות והחיסכון של הגופים המבוקרים, וכל עניין אחר שיראה בו צורך."
בכנס משותף של איגוד מבקרים פנימיים בישראל- IIA והאיגוד הישראלי לביקורת ואבטחת מערכות מידע - ISACA, הוסיף מבקר המדינה כי גם למי שאינו רואה בביקורת המדינה רשות נפרדת, ברור שביקורת המדינה הינה עזר כנגדה של הכנסת בתפקידה כזרוע המפקחת על הרשות המבצעת.
ביקורת המדינה איננה ביקורת הפנים של ממשלת ישראל!
מוסד מבקר המדינה הינו גוף ממלכתי שתכליתו לשפר את השירות הציבורי לטובת כלל אזרחי ותושבי המדינה.
מכאן, שביקורת המדינה חבה חובת אמונים לא רק כלפי הגופים המבוקרים אלא גם כלפי הציבור בכללותו.
שוני זה, בין הביקורת הפנימית לבין מוסד מבקר המדינה, הינו שוני מהותי מצוי ורצוי.